Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 07, 2017 3:18 pm

Я сделал чтение экранирования на фиктивных атомах. Теперь хотелось бы найти файл с расчётом частот, в котором тоже печатаются фиктивные атомы (наверняка будут глюки, которые надо исправить, из-за того что для фиктивных атомов колебаний нет).

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение EvgeniX » Вт мар 14, 2017 11:48 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт мар 07, 2017 3:18 pm
Я сделал чтение экранирования на фиктивных атомах. Теперь хотелось бы найти файл с расчётом частот, в котором тоже печатаются фиктивные атомы (наверняка будут глюки, которые надо исправить, из-за того что для фиктивных атомов колебаний нет).
В ПРИРОДе такого нет. Ведь экранирование в точке может быть, а вот колебание пустоты с нулевой массой - это не из области квантовой химии.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 16, 2017 11:19 am

Я делаю новую фичу: когда отображается колебательный спектр, полосы могут быть раскрашены в зависимости от того, какие атомы участвуют в displacement данного колебания:
spec.JPG
Это спектр силикона. В текущей схеме атомы водорода имеют синий цвет, соответственно колебания, в которых движутся в основном атомы водорода, на спектре отображены синим цветом.
Возникает вопрос, по какому алгоритму выбирать цвета. Сейчас у меня реализовано так: для каждого атома подсчитывается вес, пропорциональный квадрату смещения этого атома в текущей моде, и цвета всех атомов усредняются с этими весами. Но тогда для молекулы этана колебание, отвечающее растяжению связи C-C, будет тоже показано скорее синим цветом (а не цветом углерода), поскольку в моде этого колебания движется вся группа CH3. Можно при усреднении использовать ещё весы, соответствующие атомным массам. А можно анализировать, какие связи в наибольшей степени меняются в колебании. Т.е. наверно правильно будет сделать несколько вариантов раскрасок, тут есть над чем подумать. Прошу совета у тех, кто работает с колебательными спектрами.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Чт мар 16, 2017 2:25 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт мар 16, 2017 11:19 am
Я делаю новую фичу: когда отображается колебательный спектр, полосы могут быть раскрашены в зависимости от того, какие атомы участвуют в displacement данного колебания
Интересная задумка! Но Вы сами отметили подводные камни. Еще более вопиющий случай, с тем же этаном - вращение вокруг связи С-С. Углероды вообще неподвижны, движутся только водороды, которые к данному колебанию отношения, в общем то, не имеют.

Еще можно решать обратную задачу: найти колебания (отметить в табличке частот и/или на спектре), в которых участвуют атомы из выделенной группы. У меня есть программа, которая решает подобную задачу, но она консольная (ненаглядно, и консолью не все умеют пользоваться, особенно под Windows). Между тем, такая постановка задачи, вроде бы, актуальна (упомянутая программа была написана по запросам трудящихся, ею и сейчас кто-то пользуется кроме меня самого).

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Пт мар 17, 2017 9:31 am

Vit Nhoc писал(а):
Чт мар 16, 2017 11:19 am
Сейчас у меня реализовано так: для каждого атома подсчитывается вес, пропорциональный квадрату смещения этого атома в текущей моде, и цвета всех атомов усредняются с этими весами.
Может представлять нормальное колебание в масс-взвешенных координатах, и вклады различных атомов вычислять в них же? :very_shuffle:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт мар 17, 2017 10:54 am

madschumacher писал(а):
Пт мар 17, 2017 9:31 am
Может представлять нормальное колебание в масс-взвешенных координатах, и вклады различных атомов вычислять в них же? :very_shuffle:
Я это и имел в виду.
Я думаю, стоит сделать ещё такой режим: цвет полос будет определяться цветом атомов, а яркость полос - тем, насколько сильно меняются длины связей в колебаниях. Для деформационных колебаний длины связей меняются мало, соответственно полосы будут тёмные.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Пт мар 17, 2017 1:22 pm

Можно сделать проще (хотя не знаю, проще ли в реализации): в виде гистограммы. Разделить длину полосы, на блоки, соответствующие каждому типу атомов. Цвет блока = цвет атома, длина блока (относительная) -- процентный вклад каждого типа атомов, расположение блоков: снизу вверх от более длинных, к более коротким.

А то понять, что за атомы внесли вклад, если там их много, становится сложно, если цвет один.

P.S. масс-взвешенные -- это не просто ~m, а ~√m. :wink:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение iAlex » Ср мар 22, 2017 10:44 pm

del
Последний раз редактировалось iAlex Чт мар 23, 2017 10:28 am, всего редактировалось 1 раз.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср мар 22, 2017 11:11 pm

iAlex писал(а):
Ср мар 22, 2017 10:44 pm
Полученные таким способом геометрические данные можно будет сразу загонять на расчеты и не мудрить с поиском основного состояния.
Возможно я чего то не понимаю, но каким образом максимальносимметричный огрызок кластера связан со свойставми непрерывной фазы и при чем тут основное состояние?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 23, 2017 10:16 am

iAlex писал(а):
Ср мар 22, 2017 10:44 pm
Хотелось бы увидеть в программе поиск нейтральных симметричных фрагментов из кристаллографических данных.
Открываете cif файл в Chemcraft, выделяете какой-нибудь атом, и далее нажимаете "Crystallography tools/Show structural subinit extracted from 5*5*5 duplicated cell by selected atoms". Далее нажимаете +, и вполне возможно получите симметричный кусок молекулы.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср мар 29, 2017 8:21 pm

У меня вопросы по графику сходимости ССП (для DFT и других методов):
1) Часто бывает, что вначале этот график уходит в минимум, а последняя точка оказывается значительно выше этого минимума по энергии. Я вначале думал, что это расчёт нашёл возбуждённое состояние вместо основного. Если не так, говорит ли такая особенность графика ССП о чём-то интересном, чтобы стоило заставить Chemcraft выделять такие места в файле?
2) Можно ли по графику сходимости ССП как-то оценить, не нашёл ли расчёт возбуждённое состояние вместо основного? Или просто проанализировать этот график и сделать какой-то вывод.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение surius » Чт мар 30, 2017 10:43 am

Vit Nhoc, не могли бы вы дать правильную форму цитирования для кемкрафта, a то цитировать как URL это грустно :lol:
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 30, 2017 10:56 am

Я всем отправляю её по email или в LC. sirius-у тоже отправил ЛС.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт апр 11, 2017 5:43 pm

У меня такой вопрос.
Насколько я знаю, когда считают термохимию, колебания с низкими частотами создают проблемы. Эти колебания обычно очень ангармоничны, поэтому они вносят небольшую ошибку в ZPE и большую в рассчитываемую энтропию. Всё правильно?
Тогда можно сделать в Chemcraft расчёт термохимии, в котором можно будет выбросить некоторые частоты (пользователь их укажет вручную). Это найдёт спрос?
И ещё в тему: как вообще считается энтропия активации, если есть расчёт седловой точки с одной отрицательной частотой? Gaussian может для такого расчёта выдать энтропию?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Вт апр 11, 2017 7:57 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт апр 11, 2017 5:43 pm
У меня такой вопрос.
Насколько я знаю, когда считают термохимию, колебания с низкими частотами создают проблемы. Эти колебания обычно очень ангармоничны, поэтому они вносят небольшую ошибку в ZPE и большую в рассчитываемую энтропию.
По-разному бывает. Некоторые низкочастотные движения оказываются что ни на есть самыми гармоническими в системе. :lol: И поэтому ошибку могут они вносить разную.
Vit Nhoc писал(а):
Вт апр 11, 2017 5:43 pm
Тогда можно сделать в Chemcraft расчёт термохимии, в котором можно будет выбросить некоторые частоты (пользователь их укажет вручную). Это найдёт спрос?
Наверняка. :up:
Vit Nhoc писал(а):
Вт апр 11, 2017 5:43 pm
И ещё в тему: как вообще считается энтропия активации, если есть расчёт седловой точки с одной отрицательной частотой? Gaussian может для такого расчёта выдать энтропию?
Может: отрицательная мнимая частота всегда выкидывается из термохимического расчёта. Там даже достаточно на модель гармонического осциллятора посмотреть, чтобы понять, что ничего хорошего её учёт не даст, если считать по формулам для этого самого осциллятора. :very_shuffle:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт апр 11, 2017 8:08 pm

А есть какие-то более продвинутые способы решить проблему ангармоничностей (без усложнения расчёта), чем просто выкинуть низкие частоты? Я слышал про программу GoodVibes (https://github.com/bobbypaton/GoodVibes), но не знаю что она собой представляет.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Вт апр 11, 2017 9:08 pm

А выкидывание частот не решает проблему ангармоничности, это просто убирает (под ковёр) эффекты от совсем критичного фейла модели гармонических колебаний. :lol:
Не -- ну чтобы учесть ангармонизм надо так или иначе получить ангармонический потенциал. :roll:
Есть всякие методы получения каких-то силовых полей на основе каких-то параметризаций (весьма банальное -- взять какое-то силовое поле из молекулярной механики, MM2 или AMBER какой-нть :lol: ).
А самая банальная вариация на тему подбора каких-то эффективных параметризаций -- это тупо поиск нужных масштабирующих множителей для частот, но и там не всё так уж и гладко (см. вот эту статью, например).

Можно делать какие-то экстраполяции на основании каких-то левых соображений. Использование криволинейных внутренних координат, реализованное, например в программе Shrink, которую Вы можете знать -- это как раз песня из этой оперы. Ну или там всякие учёты ангармонизма валентных колебаний по потенциалу Морзе для модельных двухатомных молекул. :very_shuffle:

Короче, если дешево -- то результат вероятно может оказаться соответствующим. Но и сложные расчёты не означают гарантированный результат. :wink:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт апр 13, 2017 10:31 pm

В соседней теме завели разговор о расчётах электронных спектров, и для чего это бывает нужно. Я слышал, в ряде задач требуется с грубой точностью оценить цвет красителя. В связи с этим такой вопрос: насколько будет полезно, если Chemcraft сможет раскрасить график электронного спектра в соответствии с актуальным цветом для каждой длины волны, плюс показать суммарный цвет вещества (проинтегрировав весь график). И если я это буду делать, мне потребуются таблицы актуальных цветов (т.е. компонентов RGB) для каждой длины волны в видимой области.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт апр 13, 2017 11:55 pm

Если окно кемкрафта открыто на полэкрана то часть надписей и кнопок наезжает друг на друга, в частности невозможно скопировать геометрию:
Screenshot_54.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Shorku » Чт май 11, 2017 5:10 pm

Добрый день, я опять с глупым вопросом: а можно ли как-то выделить атом с определенным номером? (Скажем, у меня здоровый кластер на много-много одинаковых атомов, который я проанализировал маленькой утилиткой и обнаружил, что у атомов с какими-то номерами не все ок, но вот чтобы найти их на картинке требуется пара минут усиленного вглядывания)
Make quantum chemistry, not war

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей