Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я сделал чтение экранирования на фиктивных атомах. Теперь хотелось бы найти файл с расчётом частот, в котором тоже печатаются фиктивные атомы (наверняка будут глюки, которые надо исправить, из-за того что для фиктивных атомов колебаний нет).
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
В ПРИРОДе такого нет. Ведь экранирование в точке может быть, а вот колебание пустоты с нулевой массой - это не из области квантовой химии.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я делаю новую фичу: когда отображается колебательный спектр, полосы могут быть раскрашены в зависимости от того, какие атомы участвуют в displacement данного колебания:
Это спектр силикона. В текущей схеме атомы водорода имеют синий цвет, соответственно колебания, в которых движутся в основном атомы водорода, на спектре отображены синим цветом.
Возникает вопрос, по какому алгоритму выбирать цвета. Сейчас у меня реализовано так: для каждого атома подсчитывается вес, пропорциональный квадрату смещения этого атома в текущей моде, и цвета всех атомов усредняются с этими весами. Но тогда для молекулы этана колебание, отвечающее растяжению связи C-C, будет тоже показано скорее синим цветом (а не цветом углерода), поскольку в моде этого колебания движется вся группа CH3. Можно при усреднении использовать ещё весы, соответствующие атомным массам. А можно анализировать, какие связи в наибольшей степени меняются в колебании. Т.е. наверно правильно будет сделать несколько вариантов раскрасок, тут есть над чем подумать. Прошу совета у тех, кто работает с колебательными спектрами.
Это спектр силикона. В текущей схеме атомы водорода имеют синий цвет, соответственно колебания, в которых движутся в основном атомы водорода, на спектре отображены синим цветом.
Возникает вопрос, по какому алгоритму выбирать цвета. Сейчас у меня реализовано так: для каждого атома подсчитывается вес, пропорциональный квадрату смещения этого атома в текущей моде, и цвета всех атомов усредняются с этими весами. Но тогда для молекулы этана колебание, отвечающее растяжению связи C-C, будет тоже показано скорее синим цветом (а не цветом углерода), поскольку в моде этого колебания движется вся группа CH3. Можно при усреднении использовать ещё весы, соответствующие атомным массам. А можно анализировать, какие связи в наибольшей степени меняются в колебании. Т.е. наверно правильно будет сделать несколько вариантов раскрасок, тут есть над чем подумать. Прошу совета у тех, кто работает с колебательными спектрами.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Интересная задумка! Но Вы сами отметили подводные камни. Еще более вопиющий случай, с тем же этаном - вращение вокруг связи С-С. Углероды вообще неподвижны, движутся только водороды, которые к данному колебанию отношения, в общем то, не имеют.
Еще можно решать обратную задачу: найти колебания (отметить в табличке частот и/или на спектре), в которых участвуют атомы из выделенной группы. У меня есть программа, которая решает подобную задачу, но она консольная (ненаглядно, и консолью не все умеют пользоваться, особенно под Windows). Между тем, такая постановка задачи, вроде бы, актуальна (упомянутая программа была написана по запросам трудящихся, ею и сейчас кто-то пользуется кроме меня самого).
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Может представлять нормальное колебание в масс-взвешенных координатах, и вклады различных атомов вычислять в них же?
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я это и имел в виду.madschumacher писал(а): ↑Пт мар 17, 2017 9:31 amМожет представлять нормальное колебание в масс-взвешенных координатах, и вклады различных атомов вычислять в них же?
Я думаю, стоит сделать ещё такой режим: цвет полос будет определяться цветом атомов, а яркость полос - тем, насколько сильно меняются длины связей в колебаниях. Для деформационных колебаний длины связей меняются мало, соответственно полосы будут тёмные.
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Можно сделать проще (хотя не знаю, проще ли в реализации): в виде гистограммы. Разделить длину полосы, на блоки, соответствующие каждому типу атомов. Цвет блока = цвет атома, длина блока (относительная) -- процентный вклад каждого типа атомов, расположение блоков: снизу вверх от более длинных, к более коротким.
А то понять, что за атомы внесли вклад, если там их много, становится сложно, если цвет один.
P.S. масс-взвешенные -- это не просто ~m, а ~√m.
А то понять, что за атомы внесли вклад, если там их много, становится сложно, если цвет один.
P.S. масс-взвешенные -- это не просто ~m, а ~√m.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
del
Последний раз редактировалось iAlex Чт мар 23, 2017 10:28 am, всего редактировалось 1 раз.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Возможно я чего то не понимаю, но каким образом максимальносимметричный огрызок кластера связан со свойставми непрерывной фазы и при чем тут основное состояние?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Открываете cif файл в Chemcraft, выделяете какой-нибудь атом, и далее нажимаете "Crystallography tools/Show structural subinit extracted from 5*5*5 duplicated cell by selected atoms". Далее нажимаете +, и вполне возможно получите симметричный кусок молекулы.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
У меня вопросы по графику сходимости ССП (для DFT и других методов):
1) Часто бывает, что вначале этот график уходит в минимум, а последняя точка оказывается значительно выше этого минимума по энергии. Я вначале думал, что это расчёт нашёл возбуждённое состояние вместо основного. Если не так, говорит ли такая особенность графика ССП о чём-то интересном, чтобы стоило заставить Chemcraft выделять такие места в файле?
2) Можно ли по графику сходимости ССП как-то оценить, не нашёл ли расчёт возбуждённое состояние вместо основного? Или просто проанализировать этот график и сделать какой-то вывод.
1) Часто бывает, что вначале этот график уходит в минимум, а последняя точка оказывается значительно выше этого минимума по энергии. Я вначале думал, что это расчёт нашёл возбуждённое состояние вместо основного. Если не так, говорит ли такая особенность графика ССП о чём-то интересном, чтобы стоило заставить Chemcraft выделять такие места в файле?
2) Можно ли по графику сходимости ССП как-то оценить, не нашёл ли расчёт возбуждённое состояние вместо основного? Или просто проанализировать этот график и сделать какой-то вывод.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Vit Nhoc, не могли бы вы дать правильную форму цитирования для кемкрафта, a то цитировать как URL это грустно
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я всем отправляю её по email или в LC. sirius-у тоже отправил ЛС.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
У меня такой вопрос.
Насколько я знаю, когда считают термохимию, колебания с низкими частотами создают проблемы. Эти колебания обычно очень ангармоничны, поэтому они вносят небольшую ошибку в ZPE и большую в рассчитываемую энтропию. Всё правильно?
Тогда можно сделать в Chemcraft расчёт термохимии, в котором можно будет выбросить некоторые частоты (пользователь их укажет вручную). Это найдёт спрос?
И ещё в тему: как вообще считается энтропия активации, если есть расчёт седловой точки с одной отрицательной частотой? Gaussian может для такого расчёта выдать энтропию?
Насколько я знаю, когда считают термохимию, колебания с низкими частотами создают проблемы. Эти колебания обычно очень ангармоничны, поэтому они вносят небольшую ошибку в ZPE и большую в рассчитываемую энтропию. Всё правильно?
Тогда можно сделать в Chemcraft расчёт термохимии, в котором можно будет выбросить некоторые частоты (пользователь их укажет вручную). Это найдёт спрос?
И ещё в тему: как вообще считается энтропия активации, если есть расчёт седловой точки с одной отрицательной частотой? Gaussian может для такого расчёта выдать энтропию?
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
По-разному бывает. Некоторые низкочастотные движения оказываются что ни на есть самыми гармоническими в системе. И поэтому ошибку могут они вносить разную.
Наверняка.
Может:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
А есть какие-то более продвинутые способы решить проблему ангармоничностей (без усложнения расчёта), чем просто выкинуть низкие частоты? Я слышал про программу GoodVibes (https://github.com/bobbypaton/GoodVibes), но не знаю что она собой представляет.
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
А выкидывание частот не решает проблему ангармоничности, это просто убирает (под ковёр) эффекты от совсем критичного фейла модели гармонических колебаний.
Не -- ну чтобы учесть ангармонизм надо так или иначе получить ангармонический потенциал.
Есть всякие методы получения каких-то силовых полей на основе каких-то параметризаций (весьма банальное -- взять какое-то силовое поле из молекулярной механики, MM2 или AMBER какой-нть ).
А самая банальная вариация на тему подбора каких-то эффективных параметризаций -- это тупо поиск нужных масштабирующих множителей для частот, но и там не всё так уж и гладко (см. вот эту статью, например).
Можно делать какие-то экстраполяции на основании каких-то левых соображений. Использование криволинейных внутренних координат, реализованное, например в программе Shrink, которую Вы можете знать -- это как раз песня из этой оперы. Ну или там всякие учёты ангармонизма валентных колебаний по потенциалу Морзе для модельных двухатомных молекул.
Короче, если дешево -- то результат вероятно может оказаться соответствующим. Но и сложные расчёты не означают гарантированный результат.
Не -- ну чтобы учесть ангармонизм надо так или иначе получить ангармонический потенциал.
Есть всякие методы получения каких-то силовых полей на основе каких-то параметризаций (весьма банальное -- взять какое-то силовое поле из молекулярной механики, MM2 или AMBER какой-нть ).
А самая банальная вариация на тему подбора каких-то эффективных параметризаций -- это тупо поиск нужных масштабирующих множителей для частот, но и там не всё так уж и гладко (см. вот эту статью, например).
Можно делать какие-то экстраполяции на основании каких-то левых соображений. Использование криволинейных внутренних координат, реализованное, например в программе Shrink, которую Вы можете знать -- это как раз песня из этой оперы. Ну или там всякие учёты ангармонизма валентных колебаний по потенциалу Морзе для модельных двухатомных молекул.
Короче, если дешево -- то результат вероятно может оказаться соответствующим. Но и сложные расчёты не означают гарантированный результат.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
В соседней теме завели разговор о расчётах электронных спектров, и для чего это бывает нужно. Я слышал, в ряде задач требуется с грубой точностью оценить цвет красителя. В связи с этим такой вопрос: насколько будет полезно, если Chemcraft сможет раскрасить график электронного спектра в соответствии с актуальным цветом для каждой длины волны, плюс показать суммарный цвет вещества (проинтегрировав весь график). И если я это буду делать, мне потребуются таблицы актуальных цветов (т.е. компонентов RGB) для каждой длины волны в видимой области.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Если окно кемкрафта открыто на полэкрана то часть надписей и кнопок наезжает друг на друга, в частности невозможно скопировать геометрию:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Добрый день, я опять с глупым вопросом: а можно ли как-то выделить атом с определенным номером? (Скажем, у меня здоровый кластер на много-много одинаковых атомов, который я проанализировал маленькой утилиткой и обнаружил, что у атомов с какими-то номерами не все ок, но вот чтобы найти их на картинке требуется пара минут усиленного вглядывания)
Make quantum chemistry, not war
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей