Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
9
26%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
3%
Белый фон, серые атомы углерода
10
29%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
4
11%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
9%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
17%
Всё равно
2
6%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 35

Reginmaister
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Reginmaister » Ср янв 03, 2018 5:40 pm

Vit Nhoc писал(а):
Ср янв 03, 2018 3:16 pm
Пока нет ни того, ни другого.
Но может быть можно выбрать шрифт надписей на атомах (View/Labels on atoms/Style), который будет включать в себя спецсимволы?
Спасибо за быстрый ответ!
Пробовал так, а потом набирал текст во вкладке Caption, но все равно греческие буквы не написались. Поэтому пока пришлось допиливать подписи в PowerPoint-е, а потом конвертировать полученный jpeg в eps.

Но все равно, ChemCraft здорово помогает! Спасибо за программу!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11071
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср янв 03, 2018 9:31 pm

Греческие буквы можно вставить альткодами или накопировав из ворда. Они правда не будут нижними индексами. Но мне неизвестны химические визуализаторы которые бы умели такие подписи с нижними/верхними индексами. Впрочем я обычно не подписываю, так что может где то в вмд или химере и прячется некая возможность.
greek.jpg
Arial 12, полууплотненный курсив, Proportional size, coeff 0.5, остальные атомы оставлены в исходном состоянии Tahoma 12 полужирный, Proportional size, coeff 0.6
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

endlesslake
Сообщения: 153
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение endlesslake » Чт янв 04, 2018 1:12 am

Так то в юникоде есть некоторое количество греческих над- и подстрочных символов https://en.wikipedia.org/wiki/Unicode_s ... eek_tables

но комплект не полный конечно. и надстрочный вроде как низковато висит.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4242
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение uchebnik fiziki » Чт янв 04, 2018 11:10 pm

Это излишество. Для картинок публикационного качества подписи рисуются отдельно в инструментах вроде GIMP или Inkscape, поскольку во вьювере они обычно привязаны к атомам, что загрязняет рисунок. Смысл штатных подписей -- удобно идентифицировать атомы. Свободное же движение и произвольный набор символов -- ну можно, конечно, реализовать, но это значительный объём кода и сил, которые можно использовать в более мирных целях.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пт янв 05, 2018 6:32 am

Reginmaister писал(а):
Ср янв 03, 2018 2:48 pm
1) Когда готовится к публикации статья, часто необходимо поставить специфические метки на некоторые атомы в молекуле
(например, Cα, Nt' и т.д.). Но я не нашел в возможностях редактирования меток подстрочных символов и возможности использовать, например, греческие буквы для редактирования отдельно взятой метки.

2) Можно ли сделать опцию сохранения изображения молекулы в формате *.eps?
По моему, если будет п. 2, т.е. возможность экспорта изображения в векторном формате (eps, pdf, svg), то 1-й пункт необязателен: если буквы будут буквами, а не набором точек другого цвета, как в растре, то их легко подредактировать/убрать лишнее/передвинуть в другое место. Для меня лично такая возможность - один из основных критериев выбора визуализатора, т.к. сильно облегчает изготовление картинок публикационного качества.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт янв 05, 2018 7:21 am

amge писал(а):
Пт янв 05, 2018 6:32 am
По моему, если будет п. 2, т.е. возможность экспорта изображения в векторном формате (eps, pdf, svg), то 1-й пункт необязателен: если буквы будут буквами, а не набором точек другого цвета, как в растре, то их легко подредактировать/убрать лишнее/передвинуть в другое место. Для меня лично такая возможность - один из основных критериев выбора визуализатора, т.к. сильно облегчает изготовление картинок публикационного качества.
А в метафайле не пробовали сохранять картинку?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пт янв 05, 2018 11:49 am

К сожалению, в версии chemcraft для linux, которая у меня имеется, я не нашел возможности сохранить в этом формате. Если не сложно, сделайте, пожалуйста, какой-нибудь метафайл, чтобы можно было попробовать, как он откроется Inkscape'ом.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт янв 05, 2018 12:08 pm

amge писал(а):
Пт янв 05, 2018 11:49 am
К сожалению, в версии chemcraft для linux, которая у меня имеется, я не нашел возможности сохранить в этом формате. Если не сложно, сделайте, пожалуйста, какой-нибудь метафайл, чтобы можно было попробовать, как он откроется Inkscape'ом.
Напишите мне на email, я пришлю.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт янв 05, 2018 2:29 pm

Извиняюсь за оффтоп, если на email пришло письмо "Ниже следует письмо, отправленное вам пользователем **** через вашу учётную
запись на конференции «Форум химиков»." - как на него ответить? Во Входящих у меня ничего не появилось, и email-а отправителя тоже нет.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11071
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пт янв 05, 2018 2:45 pm

А никак. Форум заботится об анонимности пользователей. Можете написать amge письмо через форум, но приложить ничего не получится насколько я помню. Так что обменяйтесь по человечески имейлами.
Имейл Vit Nhoc-а можно найти на сайте его программы.
Имейл amge есть на сайте который он наполняет и где он собирает свои программы, но более детальная информация включает его деанонимзацию что я считаю некорректным.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4242
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение uchebnik fiziki » Пт янв 05, 2018 3:28 pm

Гесс писал(а):
Пт янв 05, 2018 2:45 pm
А никак. Форум заботится об анонимности пользователей.
Странно: в старой версии движка адрес отправителя стоял в поле Reply-to. Теперь не стоит?
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Вт янв 09, 2018 2:00 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пт янв 05, 2018 12:08 pm
amge писал(а):
Пт янв 05, 2018 11:49 am
К сожалению, в версии chemcraft для linux, которая у меня имеется, я не нашел возможности сохранить в этом формате. Если не сложно, сделайте, пожалуйста, какой-нибудь метафайл, чтобы можно было попробовать, как он откроется Inkscape'ом.
Напишите мне на email, я пришлю.
Попробовал. Понравилось.
Метафайл нормально открывается Inkscape'ом и представляет собой растровый имидж структуры с наложенными поверх текстовыми надписями. Соответственно, текст можно как угодно править. Разрешение растра, пожалуй, маловато будет для публикации, но, наверное, можно с более высоком разрешении сохранить?

Vit Nhoc, спасибо!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт янв 09, 2018 3:19 pm

amge писал(а):
Вт янв 09, 2018 2:00 pm
Попробовал. Понравилось.
Метафайл нормально открывается Inkscape'ом и представляет собой растровый имидж структуры с наложенными поверх текстовыми надписями. Соответственно, текст можно как угодно править. Разрешение растра, пожалуй, маловато будет для публикации, но, наверное, можно с более высоком разрешении сохранить?
Да, конечно.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт янв 09, 2018 3:20 pm

Amge, сгенерируйте какой-нибудь красивый рисунок с помощью этой опции, чтобы я добавил его на галерею.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 572
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение AlexKsen » Ср янв 10, 2018 11:12 am

Было бы отлично, если в ChemCraft появится больше возможностей для анализа TD-DFT расчетов (например, как в Chemissian).

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср янв 10, 2018 12:47 pm

AlexKsen писал(а):
Ср янв 10, 2018 11:12 am
Было бы отлично, если в ChemCraft появится больше возможностей для анализа TD-DFT расчетов (например, как в Chemissian).
Мне нужно позаниматься такими расчётами самому, попробовать провести какую-нибудь научную работу в этой области, и тогда мне станет ясно, что нужно добавлять, а что не нужно. И в блоге всё это выложу.
А то я, например, сколько не занимаюсь расчётами - никогда не видел, зачем нужна визуализация орбиталей. У меня подозрение что это некое большое недоразумение.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11071
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср янв 10, 2018 3:37 pm

Визуализация орбиталей катасторфически необходима в частности в мультиреференсных расчетах.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср янв 10, 2018 4:08 pm

А для каких задач нужны мультиреференсные расчёты?
Я пытаюсь моделировать каталитические свойства оксида никеля, стоит попробовать что-нибудь мультиреференсное?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11071
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср янв 10, 2018 5:59 pm

При попытке задать H-bond - Colour by elements программа просто вылетает. Не то чтобы это было прямо критически необходимо, однако пунктик.

Мультиреференсные расчеты нужны когда систему нельзя описать одним слейтеровским детерминантом / одной конфигурациейэлектронов / одной комбинацией дважды занятых и свободных орбиталей. В этой ситуации систему практически невозможно корректно описать традиционными singlereference методами (HF, DFT, MP2, CCSD). Очень часто требуются при расчете систем содержащих переходные металлы, в частности металлокомплексы, начиная от порфиринов и многое-многое другое. Для систем в которых нельзя сходу назвать мультиплетность или там где мультиплетность меняется по ходу реакции. Для систем в которых имеет место вырожденная электронная структура. Для систем с эффектом Яна-Теллера. (то что для таких систем мультиреференсность встречается чаще чем для других не означает что все системы с этими критериями будут мультиреференсными).
В "традиционной" компьютерной органической химии c элементами первых трех строк встречается намного реже, однако имеет место для углеродных кластеров, сопряженных бирадикалов и пр.
Необходима для корректного описания переходного состояния Be+H2, зачастую для переходных состояний реакции Дильса-Альдера, для описания Ni-NH3, MnO4-, 1Ag состояния пара-бензина (C6H4), длинных полиаренов типа гептарена (эта серия примеров тупо содрана из недавней статьи Гримме A Practicable Real-Space Measure and Visualization of Static Electron-Correlation Effects).
Основными кодами для мультиреференсных расчетов являются бесплатный Firefly, платный Molcas и отчасти ORCA.
Мультиреференсные расчеты являются крайне ярко выраженными не black-box, то есть они требуют регулярного внимательного контроля того что происходит и переделывания расчетов раз за разом меняя активное пространство на основе четкого понимания что в нем должно быть а чего в нем быть не должно.
Эти расчеты (не путать с FOD диагностикой) обычно весьма дороги, так как их цена стремительно нарастает с увеличением активного пространства.
Даже для людей профессионально занимающихся мультирефернсом такие расчеты не являются рутинными. На мой взгляд, "количество затраченного труда на получение одной картинки" для мультирефернса самое высокое из всех других типов расчетов, а вот экспериментаторам неважно, потратили вы на расчет полчаса или месяц, скорее всего во втором случае они только более недовольны будут. Лично я стараюсь избегать систем в которых есть мультиреференс или хотя бы минимизировать его участие. Впрочем для никелевых каталитических комплексов я готов поставить 10 евро что мультиреференс где то нужен (где то в ходе каталитического цикла наверняка происходит смена заряда и/или мультиплетности никеля + комплексы с низким зарядом на металле наверняка не будут чистыми по электронной конфигурации). Впрочем все еще зависит и от уровня публикации. Успешная публикация результатов полученных малоприменимыми методами регулярно встречается. Я более чем уверен в существовании статей в которых комплексы железа, кобальта, никеля или меди считали на ДФТ. В каких то случаях это наверняка было вполне применимо. В каких то - авторы не задумывались или задумывались но не проверяли или проверяли но сознательно умалчивали о мультирефе.

Tatyana111
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Чт янв 11, 2018 11:17 am

Vit Nhoc писал(а):
Ср янв 10, 2018 12:47 pm
А то я, например, сколько не занимаюсь расчётами - никогда не видел, зачем нужна визуализация орбиталей. У меня подозрение что это некое большое недоразумение.
А Вы просто совершенно не знакомы с литературой. Просто загляните в любой зарубежный котируемый журнал. Практически ни одна чисто теоретическая работа не обходится без орбитального анализа, да и в качестве сопроводиловки эксперимента орбитальный анализ часто используется. Вопросы, связанные с относительной устойчивостью систем (да и просто объяснение устойчивости/неустойчивости), ароматичностью, предпочтительными центрами взаимодействия, структурой переходных состояний всегда рассматриваются с привлечением в том числе и орбитального анализа. А в некоторых вопросах без него вообще не обойтись.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: mizuchi, Vit Nhoc и 5 гостей