Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Shorku » Вт июл 11, 2017 4:43 pm

Кстати, а есть ли в Кемкрафте возможность выделять атомы на манер выделения юнитов в компьютерных играх-стратегиях или файлов в папке - чтобы выделялось все, что заметается выделяемым прямоугольником?
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт июл 11, 2017 5:00 pm

Shorku писал(а):
Вт июл 11, 2017 4:43 pm
Кстати, а есть ли в Кемкрафте возможность выделять атомы на манер выделения юнитов в компьютерных играх-стратегиях или файлов в папке - чтобы выделялось все, что заметается выделяемым прямоугольником?
Кнопка в правом верхнем углу (предпоследняя).
Последняя кнопка расширяет выделенную область, тоже по-моему удобно.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Shorku » Вт июл 11, 2017 5:42 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт июл 11, 2017 5:00 pm
Кнопка в правом верхнем углу (предпоследняя).
Последняя кнопка расширяет выделенную область, тоже по-моему удобно.
Спасибо!
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение surius » Ср июл 12, 2017 2:00 am

Vit Nhoc писал(а):
Вт июл 11, 2017 1:04 pm
sirius,
Если выбрать Edit/Set point group/Ih, то программа найдёт группу правильно. Если же выбрать Edit/Set point group/Auto, действительно будет найдена только группа I.
Можно решить эту проблему так: указать Edit/Set point group/Group identification algorithm/Random rotations mode. Тогда программа сможет и на Авто найти группу Ih, хотя бы со второй-третьей попытки.
Если такие замечания будут ещё, может быть я сделаю режим Random rotations mode режимом по умолчанию.
Ясно, спасибо за подсказку.
ещё вопрос: что, в GaussView уже есть симметризатор не хуже чем в моей программе?
Я бы не стал браться утверждать где он лучше, а где хуже, но справедливости ради нужно заметить, что у GV симметризатор достаточно быстр.
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт июл 18, 2017 9:02 am

В новой версии программы есть утилита для расчёта энергий реакции, по-моему удобная:
galler41.JPG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Сб авг 19, 2017 12:10 am

.
Уважаемый автор программы ChemCraft,
прежде всего, спасибо за замечательную программу, всегда слежу за обновлениями.

Но вот в обновлениях, начиная где-то с 2016 г., появилась очень неприятная проблема. При автоматическом определении группы симметрии программа стабильно зависает. Особенно это касается высокосимметричных систем: фуллерены и т.д. (где группы симметрии Td, Oh, Ih). После отвисания где-нибудь через пол-часика сообщает, что для этой процедуры не хватило памяти. Зависает даже на простейшем кубане C8H8 (симметрия Oh), который есть во встроенной библиотеке. И с каждым новым обновлением эта проблема только усугубляется, уже просто страшно пользоваться этой опцией. С этими зависаниями можно потерять результаты какой-либо параллельной работы (с текстом и т.д.).

Приходится держать на компьютере сразу две версии ChemCrafta: новую и одну из старых (старше 2016 г.). На старых версиях проблем с определением симметрии нет, все определяется легко и быстро, поэтому для симметрийных задач приходится пользоваться старой версией.

Можно ли привести в порядок эту опцию, которая портит все впечатления от обновлений программы?


,

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Yurii » Вс авг 20, 2017 11:56 am

Мне лично понравилось автоматическое определении группы симметрии, запрограммированное в g09.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс авг 20, 2017 8:05 pm

Виноват, постараюсь исправить в след версии. А вы пока используйте неавтоматическое определение.

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Rusia » Чт окт 12, 2017 3:08 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вс июн 07, 2015 9:30 pm
Здравствуйте,
Являясь автором программы Chemcraft, я хотел бы задать несколько вопросов:

1) Какие программы для расчётов вы используете, и что можно добавить в Chemcraft в области визуализации данных из выходных файлов этих программ?

2) В последнюю версию Chemcraft добавлены графические схемы “2d style”, в которых рисунок молекулы выглядит как двумерный рисунок, созданный в Chemdraw. Как ещё можно усовершенствовать этот режим? Я, например, планирую сделать маленькие буквы для цифр (т.е. CH3 будет отображаться с маленькой цифрой 3) и плюсов/минусов. Нашей целью является рисование “publication-ready” картинок, подайте идеи какие возможности сюда можно добавить.

3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей?
В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться.

4) Нужен ли вам интерфейс (GUI) для создания входных файлов? Если да, для каких программ для расчётов (Gaussian/Gamess/…)?
У меня вообще создалось ощущение, что опытные квантовые химики пользуются не такими GUI, а базой входных файлов для разных расчётов, которые они правят для своих задач. В Chemcraft есть такая небольшая база (/Chemcraft/Jobsbase), мне бы очень хотелось её дополнить новыми файлами.

5) Сейчас Chemcraft может рисовать двумерный график ППЭ, построенный по данным из выходного файла со сканирование ППЭ. Бывает ли нужен трёхмерный график (т.е. если сканирование идёт по двум координатам)?

6) Нужна ли визуализация “нерелаксированного” сканирования ППЭ (обычно я имею дело с relaxed PES scan – когда один параметр зафиксирован и пошагово меняется, на каждом шаге все остальные параметры оптимизируется). У меня создалось ощущение, что non-relaxed PES scan вообще никогда не нужен, поэтому его визуализации пока в Chemcraft нет.

7) Раньше Chemcraft часто неправильно определял связи в молекулах; недавно мы доработали алгоритм, но если в каких-то молекулах по-прежнему остались проблемы, прошу показать мне эти молекулы (в виде xyz файлов).

8) В Chemcraft есть утилита для быстрого создания входных файлов Gamess (точнее, участков этих файлов) с нестандартными базисными наборами, взятыми с сайта PNNL. Нужна ли эта возможность для Gaussian и других программ?

9) Используете ли вы возможность перевести молекулярные орбитали из одного формата в другой? Нужно ли это развивать дальше?

10) В последней версии программы есть утилита для создания скриптов, например очереди Gaussian или Gamess-расчётов? Можно ли сделать аналогичную утилиту для Molpro, NWchem и т. д.?

11) Любые другие предложения, замечания, сообщения о багах.



Последнюю версию Chemcraft можно скачать по этой ссылке:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 29_win.exe

Список последних изменений:

http://www.chemcraftprog.com/news.html


За существенную помощь я готов предоставить бесплатную лицензию программы. Обычно я продаю Chemcraft пользователям из России за 1000-5000р.
Лицензия была куплена очень давно - сейчас сижу на 1.8 версии (билд 455)

1. Обычно считаю при помощи gaussian, очень редко - мопак, ягуар (что изначально встроен в шрёдинег - раньше кемкрафт открывал его аутпуты- сейчас не открывает.

2. Самый красивый на мой взгляд - это гауссина-стайл с белым фоном.

3. Очень редко - когда нужно покрутить геометрию. Руками достаточно долго делать. Новый вариант создания сильно упрощает, Обычно либо в самом начале ставлю нужную часть или в самый конец. Не хватает функции - выделить атомы, показывая нумерацию и дальше - автосоздание матрицы.

4. Обычно я копирую геометрию в уже готовые текстовые файлы. Вариантов форматов геометрий достаточно.

5. согласен, иногда нужно сканировать по 2 и более координатам

6. никогда не делал нерелаксированного расчёта - это достаточно долго и мало смысла

7. Да даже в старых версиях ничего подобного не встречал (я мало с металлами работаю)

8. Может и надо, но обычно достаточно правильного формата геометрии

9. Редко вообще рендерю орбитали

10. проще запускать отдельно

11. Программа очень простая и удобная. Вообще, мало кто умеет просто взять и зарендерить геометрию с удобным интерфейсом. Я бы сказал - не хватает примитивных силовых полей для начальной оптимизации геометрии и возможности рисовать 2д структуру и преобразовывать её в 3д.
Но подобные вещи превратят кемкрафт в уже что-то громоздкое и комбайновое.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн ноя 13, 2017 3:42 pm

Мне прислали файлы NBO 6, которые не открываются Chemcraft-ом. Почему-то в этих файлах число МО немного меньше, чем число АО. Я никак не могу понять, где в NBO файле найти информацию, сколько там МО.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср ноя 15, 2017 7:15 pm

Tatyana111 писал(а):
Сб авг 19, 2017 12:10 am
.
Уважаемый автор программы ChemCraft,
прежде всего, спасибо за замечательную программу, всегда слежу за обновлениями.

Но вот в обновлениях, начиная где-то с 2016 г., появилась очень неприятная проблема. При автоматическом определении группы симметрии программа стабильно зависает. Особенно это касается высокосимметричных систем: фуллерены и т.д. (где группы симметрии Td, Oh, Ih). После отвисания где-нибудь через пол-часика сообщает, что для этой процедуры не хватило памяти. Зависает даже на простейшем кубане C8H8 (симметрия Oh), который есть во встроенной библиотеке. И с каждым новым обновлением эта проблема только усугубляется, уже просто страшно пользоваться этой опцией. С этими зависаниями можно потерять результаты какой-либо параллельной работы (с текстом и т.д.).

Приходится держать на компьютере сразу две версии ChemCrafta: новую и одну из старых (старше 2016 г.). На старых версиях проблем с определением симметрии нет, все определяется легко и быстро, поэтому для симметрийных задач приходится пользоваться старой версией.

Можно ли привести в порядок эту опцию, которая портит все впечатления от обновлений программы?


,

Вроде исправил, попробуйте новую версию:

http://chemcraftprog.com/download.html

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Ср ноя 15, 2017 8:57 pm

Vit Nhoc писал(а):
Ср ноя 15, 2017 7:15 pm
Вроде исправил, попробуйте новую версию:

http://chemcraftprog.com/download.html
Спасибо, проверила, проблема остается, хотя улучшения есть.

Проверяла на нескольких молекулах Oh, Ih, Td - симметрии, которые создавали проблемы в предыдущих версиях.
Из библиотеки ChemCrafta: кубан (C8H8, Oh-симметрия) и C32 (Ih- симметрия).

Автоматическое определение симметрии начинается очень бодренько и обнадеживающе, но на 80.1 % тестирования останавливается и зависает. Дальше можно либо отменять тестирование (если успеешь, пока окончательно не зависло), либо снимать программу через диспетчер задач (это без проблем).
Такое происходит на любой молекуле с указанными группами симметрии.

Но уже хорошо, что зависает не весь компьютер, как раньше, а только ChemCraft.
Так что прогресс есть, но проблема с автоматическим тестированием высокосимметричных систем сохраняется.

Повторюсь, на версиях ChemCrafta старше 2016 г. этой проблемы нет, с высокосимметричными молекулами там всё прекрасно работает .

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср ноя 15, 2017 9:54 pm

Автоматическое определение симметрии начинается очень бодренько и обнадеживающе, но на 80.1 % тестирования останавливается и зависает. Дальше можно либо отменять тестирование (если успеешь, пока окончательно не зависло), либо снимать программу через диспетчер задач (это без проблем).
Подождите подольше, вроде оно не зависает а просто очень медленно считает.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Ср ноя 15, 2017 10:54 pm

Vit Nhoc писал(а):
Ср ноя 15, 2017 9:54 pm
Подождите подольше, вроде оно не зависает а просто очень медленно считает.
Взяла молекулу C8 (8 атомов, Oh-симметрия). Автоматическое определение бодренько дошло до 80.1 % и остановилось.
Через 3 минуты изменилось на 80.2%. Еще через три минуты - 80.3%. Диспетчер задач показывает загрузку ЦП 100%.
Дальше ждать терпения не хватило :very_shuffle:

Для сравнения запустила ту же самую молекулу C8 на старой версии 1.8(396). Симметрия определилось за 5 секунд.

Вдобавок в новой версии и Неавтоматическое определение группы симметрии стало тормозить на 80%, а дальше идет медленно и печально.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт ноя 16, 2017 12:44 am

Да, там какая-то проблема с отжиранием памяти, также торможения и подвисания в районе 79-81% часто наблюдаются при создании анимации, вычислении спиновой плотности и как упоминалось выше - определении группы симметрии больших либо высокосимметричных молекул.
Прогресс бар там действительно движется, но при скорости 0.1% в минуту - 20% займут больше 3 часов. В подавляющем большинстве случаев мне это не интересно.

Будучи один раз открытыми несколько окон кемкрафта даже без выполнения каких-либо анимаций могут отъедать суммарно до гигабайта оперативы и отдают память при закрытии малыми порциями пока не будет закрыто последнее окно - с закрытием программы целиком разом освобождается много памяти.

кроме того пока не закрыто окно построения Z-matrix (до начала задания матрицы, в ходе ручного или автоматического задания и после его окончания) - держится полностью загруженным один процессор.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Любитель_Манниха » Чт ноя 16, 2017 1:55 am

Гесс писал(а):
Чт ноя 16, 2017 12:44 am
Будучи один раз открытыми несколько окон кемкрафта даже без выполнения каких-либо анимаций могут отъедать суммарно до гигабайта оперативы
Чтояделаюнетак?
Да, по 150 мегов окошко весит иногда, обычно в райое 70-80. Но чтобы была memory leak - лично я не наблюдал, регулярно держу открытыми штук 5 окошек.

Ради интереса попробовал определить симметрию.
Взял Fe(CN)6 (Oh), определятор дошёл до 79% подвис буквально на 3 секунды и бодро продолжил.
Версия 1.8/523a
И это, простите, на Celeron 1.4 GHz :D
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт ноя 16, 2017 4:40 am

Прогресс бар там действительно движется, но при скорости 0.1% в минуту - 20% займут больше 3 часов. В подавляющем большинстве случаев мне это не интересно.
Почему, собственно? Запустили поиск симметрии и на три часа свернули окно, занялись другими задачами.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Чт ноя 16, 2017 10:43 am

Vit Nhoc писал(а):
Чт ноя 16, 2017 4:40 am
Почему, собственно? Запустили поиск симметрии и на три часа свернули окно, занялись другими задачами.
Это шутка? Или серьезно?

Три часа определять симметрию восьмиатомной молекулы? А если у нас двести атомов?

Проще запустить GaussView или тот же старый ChemCraft и решить проблему за несколько секунд.

Ну явно же в новых версиях ChemCrafta с какого-то момента появились проблемы с необоснованным пожиранием памяти.

А так-то программа очень хорошая и удобная, я бы с удовольствием только ей и пользовалась, но из-за этих проблем приходится искать другие варианты.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт ноя 16, 2017 12:46 pm

+1

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт ноя 16, 2017 5:10 pm

Пожалуйста напишите здесь координаты атомов какой-нибудь молекулы, для которой автоопределение симметрии длится 3 часа.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя