Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пт ноя 17, 2017 3:13 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пт ноя 17, 2017 3:10 pm
Автоопределение симметрии октаэдрической семиатомной молекулы SF6 из встроенной библиотеки ChemCrafta
Напишите здесь координаты.
Координаты молекулы из вашей же библиотеки?
Ну вот например:
7
symmetry c1
F -0.118281043 0.000000000 -1.957845894
S -0.118281043 0.000000000 -0.347885419
F -0.118281043 0.000000000 1.262075056
F -0.118281043 1.609960482 -0.347885419
F -0.118281043 -1.609960482 -0.347885419
F -1.728241525 0.000000000 -0.347885419
F 1.491679439 0.000000000 -0.347885419

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Пт ноя 17, 2017 3:18 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пт ноя 17, 2017 3:10 pm
Автоопределение симметрии октаэдрической семиатомной молекулы SF6 из встроенной библиотеки ChemCrafta:
Симметрия определялась 40 минут на Intel(R) Core(TM)2 Duo 2.2 GHz.
Что я делаю не так? ))
Напишите здесь координаты.
S -0.258037196 -0.352666832 0.126457572
F -0.258037196 -0.352666832 1.736418047
F -0.258037196 1.257293650 0.126457572
F -0.258037196 -1.962627314 0.126457572
F -1.867997678 -0.352666832 0.126457572
F 1.351923286 -0.352666832 0.126457572
F -0.258037196 -0.352666832 -1.483502903

Проверьте, пожалуйста, на последней версии (build 529a).

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Пт ноя 17, 2017 3:20 pm

Гесс писал(а):
Пт ноя 17, 2017 3:13 pm
Координаты молекулы из вашей же библиотеки?
Да, меня это тоже удивило.

Может, Vit Nhoc пользуется какой-то другой версией, поэтому не видит проблем?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт ноя 17, 2017 6:06 pm

В новой версии режим Random rotations сделан включенным по умолчанию:

http://chemcraftprog.com/download.html

Просьба протестировать, насколько надёжно теперь определяются группы.
Оптимизацией займусь позже.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Пт ноя 17, 2017 7:09 pm

А может не изобретать велосипед, а заимплементить рабочие и апробированные алгоритмы? Типа: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 3/abstract такого? :very_shuffle:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс ноя 26, 2017 10:50 pm

Если открывать VASP OUTCAR файлы - геометрия отображается, используя Crystallography tools можно отобразить Show crystall cell и Show lattice vectors. Работает нормально. Но при запросе Show crystall cell parameter всплывает ошибка Invalid floating point operation. Кемкрафт не может показать числа из которых строит корректную визуализацию? Ненадо так )))

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн дек 04, 2017 12:48 am

Chemcraft некорректно отображает VASP POSCAR или INCAR файлы в которых геометрия задана через direct а ячейка неортогональна. То есть он их отображает, но перекашивает структуру, что не всегда очевидно, но имееет катастрофический результат.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн дек 04, 2017 9:42 am

Гесс писал(а):
Пн дек 04, 2017 12:48 am
Chemcraft некорректно отображает VASP POSCAR или INCAR файлы в которых геометрия задана через direct а ячейка неортогональна. То есть он их отображает, но перекашивает структуру, что не всегда очевидно, но имееет катастрофический результат.
Гесс, пришлите пожалуйста пару файлов с примерами на мой email.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб дек 09, 2017 2:07 pm

Я начал делать в Chemcraft утилиту для автоматизированной правки множества входных файлов Gaussian. Мне кажется, это будет хорошая вещь.
Предположим, вы провели расчёты ряда гомологов. Далее вы хотите пересчитать эти расчёты с другим функционалом. Вы создаёте отдельный каталог, в который копируете все входные файлы (лучше разбить их по подкаталогам). Далее в Chemcraft запускаете меню, в окне задаёте общий шаблон новых входных файлов, нажимаете Proceed и программа автоматически правит все найденные в подкаталогах входные файлы.
По умолчанию будет такой режим: в текстовом окне пишется общий формат входных файлов, начиная от ключевых слов с %, потом route section и т.д.; программа будет менять в каждом файле всё, за исключением набора координат. А координаты останутся прежними.
У меня такой вопрос: нужно ли добавлять в эту утилиту опции, кроме полного обновления каждого файла по шаблону (за исключением координат). Я могу добавить, например, возможность заменить в route section одно ключевое слово на другое, например заменить во всех файлах слова B3LYP на wB97XD. Мне кажется, такая возможность практически не нужна, поскольку, когда считают ряды гомологов, корректнее брать одинаковые файлы для каждого расчёта и менять в них только координаты.
Ещё будет такая опция: для каждого входного файла найти выходной файл с таким же названием и расширением out, взять из выходного файла оптимизированные координаты и вставить их во входной файл.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Вс дек 10, 2017 6:04 am

Vit Nhoc писал(а):
Сб дек 09, 2017 2:07 pm
Я могу добавить, например, возможность заменить в route section одно ключевое слово на другое, например заменить во всех файлах слова B3LYP на wB97XD.
Я такие вещи делала программой Replacer, там в группе файлов по маске можно производить любые замены слов или словосочетаний, очень удобно и требуется довольно часто, необязательно для гомологов.
Если такая функция будет в ChemCrafte - будет еще удобнее, чтобы не бегать из программы в программу.
Vit Nhoc писал(а):
Сб дек 09, 2017 2:07 pm
У меня такой вопрос: нужно ли добавлять в эту утилиту опции, кроме полного обновления каждого файла по шаблону (за исключением координат).
Еще бы хорошо добавить возможность добавлять или заменять нижнюю часть файла после координат (линки или, допустим, для NBO или AIM нужно вниз добавлять просто имя выходного файла). Такие вещи можно было делать в Norton Commander столетней давности, а сейчас ничего удобного нет и приходится вручную.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс дек 10, 2017 10:00 am

Я такие вещи делала программой Replacer, там в группе файлов по маске можно производить любые замены слов или словосочетаний, очень удобно и требуется довольно часто, необязательно для гомологов.
Скажите, для каких конкретно задач это требуется, если не для гомологов?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс дек 10, 2017 10:40 am

Пересчет любых реакций или рядов соединений (не обязательно гомологических, просто датасетов) с новыми параметрами.

Я массовыми переделываниями и переименованиями занимался один раз для чего применялись соответственно
find . -name "*.com" -exec sed -i 's/B3LYP/MN12SX/g' {} \; Заменить во всех инпутфайлах слово B3LYP словом MN12SX
find . -type f -name '*.MN12pcvQz.com' | while read filename; do mv -v "${filename}" "`echo "${filename}" | sed -e 's/\.MN12pcvQz.com$/\.MN12spQz.com/'`"; done - переименовывает все *.MN12pcvQz.com файлы в *.MN12spQz.com

По васпу - файлы вышлю, кроме того найдено:
по аналогии с большинством программ кемкрафт считает что цифры полной энергии в аутпуте - в хартри в частности при пересчете энергии для графиков и таблиц в другие единицы. Это не так, там электронвольты.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Вс дек 10, 2017 11:22 am

Vit Nhoc писал(а):
Вс дек 10, 2017 10:00 am
Я такие вещи делала программой Replacer, там в группе файлов по маске можно производить любые замены слов или словосочетаний, очень удобно и требуется довольно часто, необязательно для гомологов.
Скажите, для каких конкретно задач это требуется, если не для гомологов?
Ну так, это - стандартное дело для любой теоретической статьи, когда расчеты проводятся разными методами и сопоставляются результаты. Не все же статьи посвящены гомологам, в статье могут быть совершенно разнородные системы, но всё считается параллельно несколькими методами. Или просто рецензент выразил пожелание, чтобы присутствовали результаты расчетов еще каким-нибудь методом.

Да я, в принципе, не настаиваю, чтобы такая опция присутствовала. Это же просто частный случай первого изложенного Вами варианта, когда меняется вся шапка файла. Если не будет опции заменить какую-то часть шапки, но будет опция заменить всю шапку, то будем просто менять всю шапку, ничего страшного.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Вс дек 10, 2017 11:38 am

Гесс писал(а):
Вс дек 10, 2017 10:40 am
find . -type f -name '*.MN12pcvQz.com' | while read filename; do mv -v "${filename}" "`echo "${filename}" | sed -e 's/\.MN12pcvQz.com$/\.MN12spQz.com/'`"; done - переименовывает все *.MN12pcvQz.com файлы в *.MN12spQz.com
rename pcv sp *.MN12pvcQz.com :)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс дек 10, 2017 12:38 pm

Я не знал такой команды и не искал легких путей. :mrgreen:

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Shorku » Чт дек 21, 2017 1:59 pm

Здравстуйте,

Орка после расчета скана по какой-либо координате генерит файл типа *.allxyz, Chemcraft (по крайней мере 1.8 build 486) такие файлы не открывает. Это не создает слишком больших неудобств, но было было чуть удобнее, если он так умел (и еще, кажется, chemcraft не умеет работать с расчетами, которые пробегаются по нескольким геометриям из такого файла)
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт дек 21, 2017 7:39 pm

Shorku писал(а):
Чт дек 21, 2017 1:59 pm
Здравстуйте,

Орка после расчета скана по какой-либо координате генерит файл типа *.allxyz, Chemcraft (по крайней мере 1.8 build 486) такие файлы не открывает. Это не создает слишком больших неудобств, но было было чуть удобнее, если он так умел (и еще, кажется, chemcraft не умеет работать с расчетами, которые пробегаются по нескольким геометриям из такого файла)
Пришлите мне пожалуйста пример файла.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт дек 28, 2017 1:24 pm

В новой версии программы сделано редактирование множества входных файлов Gaussian. Вы выбираете каталог, программа сканирует все его подкаталоги и находит в них .gjf файлы, и далее можно задать общий шаблон этих файлов (route section и строки перед ней).
Ещё одна возможность – для каждого входного файла найти выходной файл с тем же именем (но с расширением out или log), извлечь оптимизированную геометрию из выходного файла и вставить её во входной.
Ещё можно почти в автоматическом режиме извлечь энергии из множества выходных файлов и сосчитать энергии реакции ряда гомологов.
Мне самому понравились эти фичи. Я теперь думаю, какие ещё сугубо сервисные возможности можно внедрить в программу (в том числе даже вообще не связанные с химией).
Можно, например, сделать в программе стандартный калькулятор. Будет это востребованно?
Когда я работал с экспериментальными ИК спектрами, я сталкивался с задачей, когда надо найти интегральную площадь пика на спектре. Стоит ли это делать в Chemcraft?
Может быть, мне имеет смысл клонировать многие возможности Origin, или даже написать отдельную программу – клон Origin?

Кому интересно, скачайте последнюю версию:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... _win32.exe

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... _win32.zip

Reginmaister
Сообщения: 23
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Reginmaister » Ср янв 03, 2018 2:48 pm

Добрый день!
Несколько вопросов по функционалу программу (не нашел ответов в help-е, возможно, плохо искал):
1) Когда готовится к публикации статья, часто необходимо поставить специфические метки на некоторые атомы в молекуле
(например, Cα, Nt' и т.д.). Но я не нашел в возможностях редактирования меток подстрочных символов и возможности использовать, например, греческие буквы для редактирования отдельно взятой метки.

2) Можно ли сделать опцию сохранения изображения молекулы в формате *.eps?

Спасибо!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср янв 03, 2018 3:16 pm

Пока нет ни того, ни другого.
Но может быть можно выбрать шрифт надписей на атомах (View/Labels on atoms/Style), который будет включать в себя спецсимволы?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя