Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
8
29%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
4%
Белый фон, серые атомы углерода
7
25%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
3
11%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
11%
Чёрный фон, серые атомы углерода
4
14%
Всё равно
2
7%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 28

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт май 11, 2017 5:43 pm

А что это за утилитка? Может мне её тоже внедрить?
Навскидку не вижу прямого решения, как выделить именно по номерам.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 802
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Shorku » Чт май 11, 2017 8:03 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт май 11, 2017 5:43 pm
А что это за утилитка? Может мне её тоже внедрить?
Навскидку не вижу прямого решения, как выделить именно по номерам.
Оу, окей.
Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.
Кемкрафту что-то похожее может быть полезно (если я ничего не пропустил в менюшках), например, в качестве structure checker'a. Реализуется, наверное, несложно, но надо как-то по-человечски показывать, где у юзера косяк.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт май 11, 2017 9:48 pm

Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.
Не очень понял. Может вы имете в виду атомы, расстояние между которыми меньше 0.5A?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 802
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Shorku » Чт май 11, 2017 11:51 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт май 11, 2017 9:48 pm
Утилитка - самописная кривая хрень для поиска недо- или перекоординированных атомов.
Не очень понял. Может вы имете в виду атомы, расстояние между которыми меньше 0.5A?
Нет. Допустим, углерод может образовать четыре связи. Если какой-то из углеродов связан только с тремя атомами(или пятью), и все связи (исходя, скажем, из ковалентных радиусов) одинарные, то либо пользователь хотел радикал, либо это ошибка. У меня таких атомов полтыщи и глазами тяжело углядеть, есть ли где дефекты. Но моя задачка довольно специфическая =)
Последний раз редактировалось Shorku Чт май 11, 2017 11:56 pm, всего редактировалось 2 раза.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

alexp51
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пт май 12, 2017 12:39 am

Господа приветствую! Скажите пожалуйста, почему в последних (506 например)версиях не работает кнопка Show bond properties. Во всяком случае для Firefly. В более ранних версиях (445)- никаких проблем

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт май 12, 2017 7:26 am

alexp51 писал(а):
Пт май 12, 2017 12:39 am
Господа приветствую! Скажите пожалуйста, почему в последних (506 например)версиях не работает кнопка Show bond properties. Во всяком случае для Firefly. В более ранних версиях (445)- никаких проблем
Виноват, видно допустил баг. Пришлите мне пример выходного файла на email, указанный на сайте программы.

alexp51
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Сб май 13, 2017 8:25 pm

Спасибо, отправил
Последний раз редактировалось alexp51 Сб май 13, 2017 10:58 pm, всего редактировалось 3 раза.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб май 13, 2017 9:48 pm

Вам не кажется что некрасиво светить email в открытом доступе? Просьба удалить сообщение.

alexp51
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Сб май 13, 2017 10:57 pm

Прошу прощения, вероятно не часто вступаю в контакт на форумах, потому не в курсе таких тонкостей. Еще раз прощу прощения....

alexp51
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Ср май 17, 2017 10:24 pm

Коллеги спешу сообщить, что вопрос по кнопке Show bond properties снимается!
Он решается путем захода в Tools/Preferences/Gamess
Всем спасибо за внимание!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт июн 16, 2017 1:17 pm

У меня вопрос к тем, кто пользуется режимом 2d style. Я насоздавал 7 разных схем (вариантов этого стиля) для различных применений; может быть, любой химик найдёт среди них тот, который подходит ему, или сгенерирует собственный стиль. Но если эта система недостаточно гибкая и кому-то при генерации картинок приходится вручную добавлять/убирать атомы, я могу добавить кнопки + (expand) и – (collapse). Т.е. например если метильная группа в текущем стиле показывается как один атом с надписью CH3, можно будет кликнуть на этом атоме, нажать + и тогда покажутся три связанных водорода. Либо наоборот: если текущий стиль показывает группу OH как два атома (кислорода и водорода), можно будет кликнуть на кислороде, нажать – и останется только кислород с надписью OH. Стоит ли делать такую фичу?

Reginmaister
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Reginmaister » Вт июн 20, 2017 5:10 pm

Добрый день! К сожалению, с ходу не нашел в help-e Chemrafta, есть ли возможность для нарисованной молекулы автоматически получить энантиомер с помощью какой-нибудь операции типа mirror plane?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт июн 20, 2017 5:17 pm

Reginmaister писал(а):
Вт июн 20, 2017 5:10 pm
Добрый день! К сожалению, с ходу не нашел в help-e Chemrafta, есть ли возможность для нарисованной молекулы автоматически получить энантиомер с помощью какой-нибудь операции типа mirror plane?
Edit/Translate atomic coordinates/Custom coordinates transformation/Invert coordinates.

Reginmaister
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Reginmaister » Вт июн 20, 2017 5:56 pm

Спасибо за молниеносный ответ! Все сработало

Reginmaister
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Reginmaister » Пт июн 23, 2017 5:31 pm

Добрый день! Еще один небольшой вопрос возник: есть ли в Chemcraft возможность полуавтоматической перенумерации? Т.е., я хочу переставить местами много строчек, но лень делать это руками, а хочется написать что-то типа 1-17, 2-25, ..., чтобы программа сделала это автоматически.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт июн 23, 2017 6:05 pm

Reginmaister писал(а):
Пт июн 23, 2017 5:31 pm
Добрый день! Еще один небольшой вопрос возник: есть ли в Chemcraft возможность полуавтоматической перенумерации? Т.е., я хочу переставить местами много строчек, но лень делать это руками, а хочется написать что-то типа 1-17, 2-25, ..., чтобы программа сделала это автоматически.
Расставьте нужные номера на атомах в виде надписей, дважды кликая на каждом атоме, после чего выберите Edit/Update atomic sequence by...

Reginmaister
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Reginmaister » Пт июн 23, 2017 6:33 pm

Спасибо, понял!

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1450
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение surius » Пн июл 10, 2017 1:05 pm

Vit Nhoc, не могли бы вы посмотреть файлик. Там С960 икосаэдр. Однако попытки найти данную группу симметрии с помощью Chemcraft
не привели к желаемому. Если запустить поиск среди всех возможных групп (авто), то максимально что он находит это подгруппу I вместо Ih. В тоже самое время GaussView находит Ih без проблем, с разными границами точности
C960
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт июл 11, 2017 1:04 pm

sirius,
Если выбрать Edit/Set point group/Ih, то программа найдёт группу правильно. Если же выбрать Edit/Set point group/Auto, действительно будет найдена только группа I.
Можно решить эту проблему так: указать Edit/Set point group/Group identification algorithm/Random rotations mode. Тогда программа сможет и на Авто найти группу Ih, хотя бы со второй-третьей попытки.
Если такие замечания будут ещё, может быть я сделаю режим Random rotations mode режимом по умолчанию.
И ещё вопрос: что, в GaussView уже есть симметризатор не хуже чем в моей программе?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт июл 11, 2017 1:50 pm

Да, опознание точечных групп в гаусвью ОЧЕНЬ быстрое. Молеклула siriusa у меня обрабатывалась в кемкрафте со скоростью 0.1% в несколько секунд (дожидаться конца не стал) в то время как гаусвью опознал симметрию за несколько секунд. Откровенной лажи за гаусвью пока не наблюдалось (я исключительно о симметрии).

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость