Force field for stacking

[Гесс]

Господа (в первую очередь думаю уважаемый uchebnik fiziki, но выслушаю все комментарии).
Какие силовые поля лучше всего описывают стекинг?
Речь о "малых органических молекулах".

[uchebnik fiziki]

С какой целью?
Есть силовые поля с отдельными членами для стекинга (в частности, поляризуемые поля). Есть поля без отдельных членов, но построенные на большой эмпирической базе. Высказывались утверждения, что хорошие поля даже без отдельных членов должны учитывать стекинг неявно благодаря эмпирическому происхождению параметров. Я в это не очень верю, но специально не анализировал. Пи-катионные (ну и стекинговые наверняка) взаимодействия учитываются отдельными членами в розеттовских полях, коллега нахваливал для докинга.

[Гесс]

С какой целью?
Есть силовые поля с отдельными членами для стекинга (в частности, поляризуемые поля). Есть поля без отдельных членов, но построенные на большой эмпирической базе. Высказывались утверждения, что хорошие поля даже без отдельных членов должны учитывать стекинг неявно благодаря эмпирическому происхождению параметров. Я в это не очень верю, но специально не анализировал. Пи-катионные (ну и стекинговые наверняка) взаимодействия учитываются отдельными членами в розеттовских полях, коллега нахваливал для докинга.

С целью определения "равновесной геометрии". У меня в длинной относительно подвижной молекуле несколько аценовых структур. Я очень уверен что они слипнутся, (больше ничего особо межпространственно связывающегося нет), инетерсеут скорее "каким боком" (варианты категорически неравноценные). Мне коллега сказал что ГАФФ вполне хорош. В "Hydrogen Bonding andπ-Stacking: How Reliable are Force Fields? A Critical Evaluation of Force Field Descriptions of Nonbonded Interactions" гаффа нет, а все остальное выглядит весьма однородно.

[uchebnik fiziki]

В такой задаче среда гораздо важнее, чем конкретное поле. В вакууме это делать вообще нельзя, да и в неявной воде нежелательно.

[Гесс]

В такой задаче среда гораздо важнее, чем конкретное поле. В вакууме это делать вообще нельзя, да и в неявной воде нежелательно.

У меня там будут расчеты в трех разных явных органических растворителях. Уже бозначенных из эксперимента. Я до туда еще не дошел. Мне б пока поля и их параметры одолеть. И логику амбера.

[uchebnik fiziki]

Растворители стандартные или нет?

[Гесс]

Растворители стандартные или нет?

Толуол, ТГФ и бензонитрил. Я пока не смотрел стандартные они или нет для МД.

[uchebnik fiziki]

Надо обязательно посмотреть степень изученности этих веществ в качестве растворителей. А то они закристаллизуются и привет. А учитывая ваш интерес к стекингу -- так вообще.

[Гесс]

Надо обязательно посмотреть степень изученности этих веществ в качестве растворителей. А то они закристаллизуются и привет. А учитывая ваш интерес к стекингу -- так вообще.

А можно чуть подробнеее про закристаллизуются и стекинг?

[uchebnik fiziki]

Температура плавления/замерзания растворителя в условиях МД не обязательно совпадает и/или близка к реальной температуре плавления/замерзания. Проблемы с кристаллизацией видел краем глаза в мейл-листе в связи с нетривиальными растворителями, особенно ароматическими. В них может быть как раз внутренний стекинг и конкуренция с растворённым.

[Гесс]

Ситуацию замерзшего растворителя я смогу опознать по тому что "никто никуда не крутится"?

[uchebnik fiziki]

См. определение молекулярного кристалла и молекулярной жидкости. Насколько я понимаю, образуются стабильные кластеры молекул растворителя, которые не разрушаются тепловым движением.