Оптимизация в C1, отрицательная частота
Оптимизация в C1, отрицательная частота
Собственно сабж. Почему так бывает? Молекула CH3COOH. Выходной файл:
http://chemcraftprog.com/tmp/PkCORR.out
http://chemcraftprog.com/tmp/PkCORR.out
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
Повезло с геометрией ))
Это вращение метила, самый распространенный случай Переходных состояний(ПС) которых не искали. Лечится либо поворотом метила на 60 градуов (вручную для нового инпута) и переоптимизацией, либо запуском IRC из найденного ПС, IRC должно прийти к минимуму, но минимум лучше повторно оптимизировать и посчитать частоты.
Также (в общем случае) можно судить по абсолютной величине - больше 50 обратных см - это не артефакт расчета, улучшением сетки и базиса это ПС не превратится в минимум (всмысле не меняя геометрии, всмысле есть случаи когда расчет артефактит, и появляются мнимые частоты в минимумах).
А, некоторые люди непереносят "отрицательные" частоты, более корректно они все же "мнимые".
Это вращение метила, самый распространенный случай Переходных состояний(ПС) которых не искали. Лечится либо поворотом метила на 60 градуов (вручную для нового инпута) и переоптимизацией, либо запуском IRC из найденного ПС, IRC должно прийти к минимуму, но минимум лучше повторно оптимизировать и посчитать частоты.
Также (в общем случае) можно судить по абсолютной величине - больше 50 обратных см - это не артефакт расчета, улучшением сетки и базиса это ПС не превратится в минимум (всмысле не меняя геометрии, всмысле есть случаи когда расчет артефактит, и появляются мнимые частоты в минимумах).
А, некоторые люди непереносят "отрицательные" частоты, более корректно они все же "мнимые".
Оптимизация в C1, отрицательная частота
Собственно сабж. Почему так бывает? Молекула CH3COOH, расчёт в wB97XD/6-31++G(D,P). Выходной файл:
http://chemcraftprog.com/tmp/PkCORR.out
Судя по координатам последних шагов оптимизации, эта молекула должна быть симметричной (Cs).
http://chemcraftprog.com/tmp/PkCORR.out
Судя по координатам последних шагов оптимизации, эта молекула должна быть симметричной (Cs).
Последний раз редактировалось Гесс Вс ноя 22, 2015 1:05 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: не понял в чем отличие от соседней темы, пока слил вместе, если дулб - удалю.
Причина: не понял в чем отличие от соседней темы, пока слил вместе, если дулб - удалю.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
Используйте другой потенциал
После отстоя требуйте долива
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
В смысле, другой функционал?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
wB97XD измените не другой.
Вы прокалибровали метод?
Вы прокалибровали метод?
После отстоя требуйте долива
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
Зачем??? За что? Стартовав с конечной геометрии этого расчета гауссиан с очень хорошими шансами приведет оптимизацию в другом функционале в то же ПС. А если еще и guess прочитать - то шансы еще повысятся.
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
Вы сначала сделайте. Потом обсуждайте.
Функционалы бывают разные. Особенно с приставкой w.
Функционалы бывают разные. Особенно с приставкой w.
После отстоя требуйте долива
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
Гм. Следует признавать свои ошибки.
Я проверил эту молекулу с рядом функционалов (PBE, B3LYP, CAM-B3LYP, ωPBEhPBE, LC-ωPBE, ωB97 и ωB97XD) с тем же базисом, в D релизе, начиная с финальной геометрии расчета Vit Nhocа.
1) ωB97XD единственный функционал находящий мнимую частоту.
2) при повороте на 30° оптимизация выкручивает молекулу обратно в то же TS.
3) При запуске IRC из этого TS процедура заканчивается через один шаг,
Я проверил эту молекулу с рядом функционалов (PBE, B3LYP, CAM-B3LYP, ωPBEhPBE, LC-ωPBE, ωB97 и ωB97XD) с тем же базисом, в D релизе, начиная с финальной геометрии расчета Vit Nhocа.
1) ωB97XD единственный функционал находящий мнимую частоту.
2) при повороте на 30° оптимизация выкручивает молекулу обратно в то же TS.
3) При запуске IRC из этого TS процедура заканчивается через один шаг,
По видимому мы в каком то очень плоском месте ППЭ, тогда странно что такая большая частота.--------------------------------------------------------------------------
Summary of reaction path following
--------------------------------------------------------------------------
Energy RxCoord
1 0.00000 0.00000
2 0.00000 0.10242
--------------------------------------------------------------------------
Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота
Каждый функционал для чего предназначен - отсюда такое их количество. Нужно сначала выбрать тот функционал, который настроен на такую задачу и класс веществ.
После отстоя требуйте долива
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей