Оптимизация в C1, отрицательная частота

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1382
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение Vit Nhoc » Вс ноя 22, 2015 11:49 am

Собственно сабж. Почему так бывает? Молекула CH3COOH. Выходной файл:

http://chemcraftprog.com/tmp/PkCORR.out
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение Гесс » Вс ноя 22, 2015 12:34 pm

Повезло с геометрией ))
Это вращение метила, самый распространенный случай Переходных состояний(ПС) которых не искали. Лечится либо поворотом метила на 60 градуов (вручную для нового инпута) и переоптимизацией, либо запуском IRC из найденного ПС, IRC должно прийти к минимуму, но минимум лучше повторно оптимизировать и посчитать частоты.
Также (в общем случае) можно судить по абсолютной величине - больше 50 обратных см - это не артефакт расчета, улучшением сетки и базиса это ПС не превратится в минимум (всмысле не меняя геометрии, всмысле есть случаи когда расчет артефактит, и появляются мнимые частоты в минимумах).

А, некоторые люди непереносят "отрицательные" частоты, более корректно они все же "мнимые".

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1382
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение Vit Nhoc » Вс ноя 22, 2015 12:53 pm

Собственно сабж. Почему так бывает? Молекула CH3COOH, расчёт в wB97XD/6-31++G(D,P). Выходной файл:

http://chemcraftprog.com/tmp/PkCORR.out

Судя по координатам последних шагов оптимизации, эта молекула должна быть симметричной (Cs).
Последний раз редактировалось Гесс Вс ноя 22, 2015 1:05 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: не понял в чем отличие от соседней темы, пока слил вместе, если дулб - удалю.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение VTur » Вс ноя 22, 2015 5:52 pm

Используйте другой потенциал
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1382
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение Vit Nhoc » Вс ноя 22, 2015 5:54 pm

В смысле, другой функционал?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение VTur » Вс ноя 22, 2015 6:14 pm

wB97XD измените не другой.

Вы прокалибровали метод?
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение Гесс » Вс ноя 22, 2015 6:30 pm

Зачем??? За что? Стартовав с конечной геометрии этого расчета гауссиан с очень хорошими шансами приведет оптимизацию в другом функционале в то же ПС. А если еще и guess прочитать - то шансы еще повысятся.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение VTur » Вс ноя 22, 2015 6:33 pm

Вы сначала сделайте. Потом обсуждайте.

Функционалы бывают разные. Особенно с приставкой w.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение Гесс » Вс ноя 22, 2015 9:35 pm

Гм. Следует признавать свои ошибки.
Я проверил эту молекулу с рядом функционалов (PBE, B3LYP, CAM-B3LYP, ωPBEhPBE, LC-ωPBE, ωB97 и ωB97XD) с тем же базисом, в D релизе, начиная с финальной геометрии расчета Vit Nhocа.
1) ωB97XD единственный функционал находящий мнимую частоту.
2) при повороте на 30° оптимизация выкручивает молекулу обратно в то же TS.
3) При запуске IRC из этого TS процедура заканчивается через один шаг,
--------------------------------------------------------------------------
Summary of reaction path following
--------------------------------------------------------------------------
Energy RxCoord
1 0.00000 0.00000
2 0.00000 0.10242
--------------------------------------------------------------------------
По видимому мы в каком то очень плоском месте ППЭ, тогда странно что такая большая частота.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Оптимизация в C1, отрицательная частота

Сообщение VTur » Пн ноя 23, 2015 8:52 am

Каждый функционал для чего предназначен - отсюда такое их количество. Нужно сначала выбрать тот функционал, который настроен на такую задачу и класс веществ.
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей