Frequencies NaN g09

[Гесс]

Господа,никогда ранее не видел. (комментарии на русском разумеется мои)
[cut]Я тихо шла шла шла
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt: NShTT= 145530 NPrTT= 590339 LenC2= 112949 LenP2D= 273385.
LDataN: DoStor=T MaxTD1= 8 Len= 415
Leave Link 701 at Sun Nov 22 08:35:15 2015, MaxMem= 10737418240 cpu: 348.2
(Enter /Адрес/gaussian/g09.D.01/em64t_sse4/exe/l702.exe)
L702 exits ... SP integral derivatives will be done elsewhere.
Leave Link 702 at Sun Nov 22 08:35:16 2015, MaxMem= 10737418240 cpu: 1.3
(Enter /Адрес/gaussian/g09.D.01/em64t_sse4/exe/l703.exe)
Compute integral second derivatives, UseDBF=F ICtDFT= 0.
Integral derivatives from FoFJK, PRISM(SPDF).
Calling FoFJK, ICntrl= 100527 FMM=F ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 0 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
FoFJK: IHMeth= 1 ICntrl= 100527 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent= 0 FoldK=F
IRaf= 0 NMat= 1 IRICut= 1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0.
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 2800
NFxFlg= 0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
wScrn= 0.000000 ICntrl= 100527 IOpCl= 0 I1Cent= 0 NGrid= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Symmetry not used in FoFCou.
Leave Link 703 at Sun Nov 22 09:05:40 2015, MaxMem= 10737418240 cpu: 58346.1
(Enter /Адрес/gaussian/g09.D.01/em64t_sse4/exe/l716.exe)
Dipole = 1.30926462D+00-7.48388274D-01-6.40489409D-02
Пирожок нашла
Polarizability= NaN NaN NaN
NaN NaN NaN
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies --- NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Low frequencies --- NaN NaN NaN
Diagonal vibrational polarizability:
NaN NaN NaN
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:
1 2 3
A A A
Frequencies -- NaN NaN NaN
Red. masses -- NaN NaN NaN
Frc consts -- NaN NaN NaN
IR Inten -- NaN NaN NaN
Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z
1 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
2 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
3 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
4 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN[/cut]
Далее и до конца файла везде где должны быть цифры идут NotaNumberы (кроме блока термохимии где довольно много цифр, там в NaNе только температуры колебаний и нулевые коррекции).
Конец файла[cut]Eigenvalues --- NaN NaN NaN NaN NaN
Eigenvalues --- NaN NaN NaN NaN NaN
Eigenvalues --- NaN
Maximum of*** iterations exceeded in RedStp.
Error termination via Lnk1e in /Адрес/gaussian/g09.D.01/em64t_sse4/exe/l103.exe[/cut]
Расчет повторен дважды (с Pop=None и без), шапка инпута
[cut]$RunGauss
%Mem=80Gb
%NProcshared=32
%chk=Name_2.chk
#P BP86/Def2SVP EmpiricalDispersion=GD3BJ Opt Freq=NoRaman Pop=None SCF=xqc

Ilya

-1 2
6 7.298893 1.194989 1.255648[/cut]
В конце инпута дополнительных выкрутасов нет. 32 ядра и 80 гигов памяти у меня реально есть.
В орке система оптимизируется и частоты считаются, но частоты - убийственно медленно. Функционал, базис те же, коррекция присутствует.
Проблем с оптимизацией нет. Карслруевский базис в D релиз вшитый.
Расчет без коррекций гримме сделаю когда минимум найдется.

[Shorku]

Гауссиан точно умеет частоты с симметрией?

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Гауссиан умеет считать частоты и для молекул с симметрией D_∞ и O_h, но это не тот случай - молекула в C₁

[VTur]

Понизьте симметрию и посмотрим, что получится

[Гесс]

Понизьте симметрию и посмотрим, что получится

но это не тот случай - молекула в C₁

Куда я ее еще понижу то?

[VTur]

В явном виде стоит NoSymm ?

[Гесс]

Нет, в инпуте Nosym не указан, неужели это

Framework group C1[X(Формула)]
Deg. of freedom 261
Full point group C1 NOp 1
RotChk: IX=0 Diff= 3.96D-16
Largest Abelian subgroup C1 NOp 1
Largest concise Abelian subgroup C1 NOp 1

недостаточный аргумент?

[VTur]

Не знаю.

Я просто предпочитаю все существенные ключи прописывать в явном виде. Попробуйте.

[Гесс]

Замена EmpiricalDispersion=GD3BJ на EmpiricalDispersion=GD3 существеннейшим образом меняет геометрию, но все равно выдает NaNы.

[Гесс]

Полторы страницы оффтопа отделено в DFT-D

Правильный ответ: Надо написать в поддержку инкорпорейшена и узнать, что среди термов второй производной в D3 модели присутствует терм зависимый от координационного числа. И при координационном числе больше 8 аналитическое выражение второй производной численно нестабильно. Они разрабатывают альтернативное выражение для вторых производных в D3 чтоб избежать этой нестабильности в следующих релизах. Энергия и градиент численно стабильны, поэтому оптимизированная геометрия корректна (в рамках модели, я не буду здесь далее обсуждать корректность модели, ибо хватит), Соответственно я могу либо считать частоты численно, либо перейти к D2 модели в которой указанной нестабильности нет.

Усё.

[Vinianel]

Столкнулась недавно с такой же проблемой. Возник вопрос. Вот если я считаю частоты численно, как это влияет на поправку ZPE?

[Гесс]

не должно. Ну для надежности можно посчитать чтото типа бензола или метана с численными и с аналитическими частотами и убедиться.

[Vinianel]

Проверила, докладываю: действительно почти не влияет. Для моих развесистых каликсаренов разница составила около 0,05 ккал/моль.
А вот энергия, полученная с D2 поправкой существенно отличается от оной с D3, что предсказуемо. Для себя решила считать частоты численно используя D3 поправку.

Но вот в чем засада, считаю частоты численно, и все равно получаю для некоторыйх соединений (не для всех) NAN в аутпуте. Это лечится? Или мне D2 - единственный выход? С D2 все считается без проблем.

[Гесс]

Если у вас развесистые каликсарены то численные расчет должен длиться ОЧЕНЬ долго.
Поэтому если нет приниципиальной причины держаться за D3 зубами - я бы пошел в D2 (но вам виднее). В статье можно обосновать выбор проблемами гауссиана, если потребуется - я пришлю ответ инкопорешнса на английском.
А вы уверены что у вас проблема аналогичная моей? у вас чтото металлическое в центре?
Если нет то возможно причина и лечение отличаются. В инкорпорейшн писать не пробовали?

[Vinianel]

У меня, к сожалению, каликсарены-крауны, типо таких:

DOI:

http://dx.doi.org/10.1007/s11224-013-0349-3

И их комплексы с цезием, и (возможно, в будущем) с другими металлами.
Вы правы, расчеты ОЧЕНЬ долгие, но это можно было бы пережить, если бы частоты считались численно нормально. Я же вижу, что уже для двух соединений из пяти в аутпуте все равно вылазит NaN. Так что видимо считать частоты численно - не панацея.
На данном этапе сложно сказать, принципиальна ли D3 поправка - мне еще предстоит делать эксперимент, но по прошлому опыту D3 обычно давала хорошую корреляцию.

Буду благодарна, если пришлете ответ инкорпорейшена на английском.

[Vinianel]

А вообще, наверное, имеет смысл попробовать пересчитать в Орке?

[Yurii]

По просторам интернета гуляет g09 e01. Из выложенных тестов следует, что mp2(full)/aug-cc-pvtz с частотами более чем в два раза быстрей g09 d01.

[Yurii]

Они разрабатывают альтернативное выражение для вторых производных в D3 чтоб избежать этой нестабильности в следующих релизах.

В E01 исправили?

[Гесс]

Они разрабатывают альтернативное выражение для вторых производных в D3 чтоб избежать этой нестабильности в следующих релизах.

В E01 исправили?

Понятия не имею, у меня нет официально е01 и проект в котором я с этим столкнулся уже больше года не представляет для меня интереса, так что ставить на сервер для себя пиратский г09 чтобы это проверить я не буду. Инпут может быть предоставлена интересующимся по личному запросу.

Мое предположение что это пофиксено в г16 но не в г09 е01

[Droog_Andrey]

По просторам интернета гуляет g09 e01.

Что-то не выгуглилось.