Здравствуйте. Нужно сравнить теоретический ИК спектр двух таутомерных форм с экспериментальным ИК. Экспериментальный спектр в наличии. Теоретический спектр получил в программе firefly 8.1 (оптимизация, гессиан). Но там только моды и колебания, а самого спектра нет. Как его получить, создать, вытащить из .out файла, чтобы наложить на экспериментальный и соотнести полосы? Как это сделать в chemcrafte не знаю. Что-то слышал про molden, но с ним никогда не работал. Расскажите, как можно решить проблему.
Спасибо)
Теоретический ИК-спектр и сравнение его с экспериментальным
-
Wishmaster*
- Сообщения: 11
- Зарегистрирован: Вт авг 23, 2011 3:41 am
Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь
В кемкрафте должна быть кнопка Tools слева внизу после открытия файла, возможно надо выделить в левом окне часть с расчетом частот, я не знаю как выглядит аутпут файерфлая в кемкрафте, это из соображений Гауссиана и прочих. Вот в этих Toolsах ищите IR-спектр. Ну или выложите аутпут сюда.
Касательно сравнения - помнится для разных методов был коэффициент корреляции, домножение расчетного спектра на который делало спектр лучше. Это надо гуглить либо ждать тут специалистов, я это кажется никогда не использовал.
Касательно сравнения - помнится для разных методов был коэффициент корреляции, домножение расчетного спектра на который делало спектр лучше. Это надо гуглить либо ждать тут специалистов, я это кажется никогда не использовал.
Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь
Поясните, Chemcraft вообще не отображает ничего (нет кнопки Show spectrum слева)? Или кнопка Show spectrum есть, но она выдаёт пустой график? Может быть в вашем расчёте не печатаются интенсивности, но по-моему это немного странно, должны печататься.Wishmaster* писал(а):Здравствуйте. Нужно сравнить теоретический ИК спектр двух таутомерных форм с экспериментальным ИК. Экспериментальный спектр в наличии. Теоретический спектр получил в программе firefly 8.1 (оптимизация, гессиан). Но там только моды и колебания, а самого спектра нет. Как его получить, создать, вытащить из .out файла, чтобы наложить на экспериментальный и соотнести полосы? Как это сделать в chemcrafte не знаю. Что-то слышал про molden, но с ним никогда не работал. Расскажите, как можно решить проблему.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
-
Wishmaster*
- Сообщения: 11
- Зарегистрирован: Вт авг 23, 2011 3:41 am
Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь
Выдает пустой график. Считал полуэмпирикой, так, в прикидку для первого раза. Интенсивности не выдал. Позже свои старые гессианы, а там спектр отображается, все нормально. Посоветуйте пожалуйста, как наложить экспериментальный и теоретический графики. В ориджине построить?
Re: Теоретический ИК-спектр и сравнение его с эксперименталь
Да. Причём в Chemcraft вы можете сначала построить уширенный спектр, выбрать его границы, шаг, ширину линий, потом экспортировать этот спектр в текстовом формате и перевести в Origin.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 61 гость