Расчёт внешним базисом соединения Селена в Gaussian.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Расчёт внешним базисом соединения Селена в Gaussian.

Сообщение Rusia » Вт дек 08, 2015 5:18 pm

Имею следующий инпут:

Код: Выделить всё

%chk=test.chk
%NProcShared=12 
%mem=64300MB
# B3lyp/gen pseudo=read opt freq scale=0.9806 Freq NMR=GIAO  pop=(Full)

 Me2Se

0  1
6        0.000000000      1.497766000     -0.847272000
34       0.000000000      0.000000000      0.488258000
6        0.000000000     -1.497766000     -0.847272000
1        0.000000000      2.433261000     -0.280015000
1        0.898342000      1.445398000     -1.468371000
1       -0.898342000      1.445398000     -1.468371000
1        0.000000000     -2.433261000     -0.280015000
1       -0.898342000     -1.445398000     -1.468371000
1        0.898342000     -1.445398000     -1.468371000

H     0 
S   3   1.00
     19.2384000              0.0328280        
      2.8987000              0.2312040        
      0.6535000              0.8172260        
S   1   1.00
      0.1776000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.0498000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.3560000              1.0000000        
****
C     0 
S   7   1.00
   4233.0000000              0.0012200        
    634.9000000              0.0093420        
    146.1000000              0.0454520        
     42.5000000              0.1546570        
     14.1900000              0.3588660        
      5.1480000              0.4386320        
      1.9670000              0.1459180        
S   2   1.00
      5.1480000             -0.1683670        
      0.4962000              1.0600910        
S   1   1.00
      0.1533000              1.0000000        
P   4   1.00
     18.1600000              0.0185390        
      3.9860000              0.1154360        
      1.1430000              0.3861880        
      0.3594000              0.6401140        
P   1   1.00
      0.1146000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.0311000              1.0000000        
D   1   1.00
      0.5870000              1.0000000        
****
Se     0 
S   2   1.00
      1.0330000             -3.3224095        
      0.6521000              3.6003462        
S   1   1.00
      0.1660000              1.0000000        
P   2   1.00
      2.3660000             -0.1185522        
      0.3833000              1.0414320        
P   1   1.00
      0.1186000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.0328000              1.0000000        
D   1   1.00
      0.3630000              1.0000000        
****
! Elements                             References
! --------                             ----------
! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
! 



SE     0
SE-ECP     3     28
f-ul potential
  5
1    433.1931336            -28.0000000        
2     83.8952157           -214.3841762        
2     18.5839139            -65.6918782        
2      5.3955286            -24.6153932        
2      1.7474326             -2.4481497        
s-ul potential
  5
0    202.8986193              3.0000000        
1     78.3820487             62.0295390        
2     35.0753037            258.8555984        
2     10.8769543            118.7800153        
2      2.8005941             38.2355279        
p-ul potential
  5
0     44.3011875              5.0000000        
1     20.3874206             24.7973458        
2     23.1889948             63.7575640        
2      7.9777664             79.0512831        
2      2.2988146             22.9520183        
d-ul potential
  5
0     73.3628263              3.0000000        
1     48.3835618             22.4705907        
2     25.6297211            140.5492887        
2      7.1705822             63.5781835        
2      1.3639538              7.0753614   
Базис - LANL2DZpd, взят в EMSL Basis Set Exchange.
Но геометрия получается совсем не похожая на оптимизированную и вылетает с ошибкой:

Код: Выделить всё

 Error termination in NtrErr:
 NtrErr Called from FileIO.
Что я делаю не так и как будет более правильно?

Дополнение

Данный базис (LANL2DZdp ) не обязательно использовать как внешний, но его надо прописывать через ExtraBasis, только не совсем понятно, точно ли это нужный базис получается.
Теперь инпут существенно уменьшился:

Код: Выделить всё

 %chk=test.chk
%NProcShared=4
%mem=64300MB
# B3lyp/LANL2DZ extrabasis opt freq Freq NMR=GIAO  pop=(Full, nbo)

 Me2Se

0  1
6        0.000000000      1.497766000     -0.847272000
34       0.000000000      0.000000000      0.488258000
6        0.000000000     -1.497766000     -0.847272000
1        0.000000000      2.433261000     -0.280015000
1        0.898342000      1.445398000     -1.468371000
1       -0.898342000      1.445398000     -1.468371000
1        0.000000000     -2.433261000     -0.280015000
1       -0.898342000     -1.445398000     -1.468371000
1        0.898342000     -1.445398000     -1.468371000

Se     0    
D   1   1.00
0.3630000              1.0000000  
****

Последний раз редактировалось Rusia Вт дек 08, 2015 7:39 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчёт внешним базисом соединения Селена в Gaussian.

Сообщение Гесс » Вт дек 08, 2015 7:07 pm

Сам не проверял но ИМХО кусок

! Elements References
! -------- ----------
! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
!
вообще лишний, сколько пустых строк надо между основной и псевдопотенциальной частью незнаю, но явно меньше 2, иначе гауссиан решит что инпут уже закончился. То есть либо одна пустая строка либо (что имхо более ожидаемо) ни одной.

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Расчёт внешним базисом соединения Селена в Gaussian.

Сообщение Rusia » Вт дек 08, 2015 7:36 pm

Гесс писал(а):Сам не проверял но ИМХО кусок вообще лишний, сколько пустых строк надо между основной и псевдопотенциальной частью незнаю, но явно меньше 2, иначе гауссиан решит что инпут уже закончился. То есть либо одна пустая строка либо (что имхо более ожидаемо) ни одной.
Количество пропусков и комментарии не мешают. Уже раскопал, что есть вроде этот базис встроенный, но требует использования ExtraBasis.

Сейчас инпут

Код: Выделить всё

%chk=test.chk
%NProcShared=4
%mem=64300MB
# B3lyp/LANL2DZ extrabasis opt freq Freq NMR=GIAO  pop=(Full, nbo)

 Me2Se

0  1
6        0.000000000      1.497766000     -0.847272000
34       0.000000000      0.000000000      0.488258000
6        0.000000000     -1.497766000     -0.847272000
1        0.000000000      2.433261000     -0.280015000
1        0.898342000      1.445398000     -1.468371000
1       -0.898342000      1.445398000     -1.468371000
1        0.000000000     -2.433261000     -0.280015000
1       -0.898342000     -1.445398000     -1.468371000
1        0.898342000     -1.445398000     -1.468371000

Se     0    
D   1   1.00
0.3630000              1.0000000  
****

Только я не совсем уверен, что это будет LANL2DZdp.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 68 гостей