π-π стекинг

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

π-π стекинг

Сообщение AlexKsen » Пн янв 11, 2016 12:30 pm

Добрый день, уважаемые форумчане. Встала задача смоделировать π-π стекинг между геликатом и бензолом. На ум приходит только вставить 2 молекулы и прогнать их молекулярным моделированием, а потом то, что получится уже дальше оптимизировать, скажем DFT.
Скорее всего, я не прав:( Подскажите, каким образом можно реализовать поставленную задачу.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
VIPer
Сообщения: 387
Зарегистрирован: Вт фев 13, 2007 10:17 pm

Re: π-π стекинг

Сообщение VIPer » Ср янв 13, 2016 1:12 pm

молекулярное моделирование = молекулярная механика? она стекинг не почувствует, там даже фенилы бывают неплоские иногда... лучше бензол для начала ближе к какому-нибудь кольцу параллельно расположите на расстоянии 3,5-5 А да попробуйте оптимизировать. если не прокатит, попробуйте перпендикулярно - может, в вашем случае Т-образный стекинг выгоднее. а вообще можно и просто взять в вашем случае, наверное, какой-нибудь замещённый пиррол для начала (чтобы время просто сэкономить).
тут вот есть тоже стекинг с бензолом, но кристалл был у них, РСА, и бензол к бензолу всяко лучше конечно будет подходить.. (см. вложение).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: π-π стекинг

Сообщение AlexKsen » Ср янв 13, 2016 6:02 pm

Спасибо.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей