Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

[VTur]

Расскажите, как софт по дефолту обойдет дилемму "точность-ресуросемкость".
До дефлоту получите дефолтную, а как правило, мусорную точность. Если конечно точность в задаче не важна, а интересуют качественные выводы

[amge]

Если какая-то программа считает быстрее Гауссиана или ГАМЕССа, то эти интегралы не считаются, а оцениваются. И где вылезет ошибка в таких оценках наперед никто не скажет. Публикуют и верят. (Это к Природе и подобным программам)

Ускорение в Природе и подобных программах достигается за счет RI-approximation. Вот выдержка из мануал ОРКИ:

Код: Выделить всё

ORCA includes a number of approximations that are designed to speed up calculations significantly while introducing a very small error (usually smaller than basis set errors and much smaller than electronic-structure-method errors) in the calculation due to these approximations. These approximations are usually approximating the various integrals, such as Coulomb, HF Exchange, MP2 integrals etc. Most of the approximations are based on the Resolution of Identity approximation (also called Density Fitting). Use of these approximations will dramatically speed up your ORCA calculations.

Добавлю, что я специально проверял Природу, Орку и Гамесс с одинаковыми функционалом и базисом: все три программы дали одинаковые оптимизированные геометрические параметры и, более того, одинаковые абсолютные Total Energy. С той разницей, что Гамесс (он без RI) считал примерно на два порядка дольше.

[Гесс]

можно кстати сравнить с density-fitting имплементацией гауссиана.
К недостаткам природы (если это не исправлено в текущих релизах) я бы отнес то что в части функционалов RI не выключается, ЕМНИП.

[Shorku]

Есть одна тонкость в расчетах, которую честно не обойти, - это двух электронные четырех центровые интегралы. Если какая-то программа считает быстрее Гауссиана или ГАМЕССа, то эти интегралы не считаются, а оцениваются. И где вылезет ошибка в таких оценках наперед никто не скажет. Публикуют и верят. (Это к Природе и подобным программам)

Ага, причем гамесс по ощущениям работает гораздо медленнее орки (без RI), а дают они при тех же настройках (вот это я специально проверял) цифры одинаковые с точностью почти до критерия сходимости. Линейную алгебру они, конечно, все используют примерно одинаковую, но различий-то много. Сортировка пузырьком вот сортирует хорошо и правильно, но это не значит, что все алгоритмя, которые сортируют быстрее сортировки пузырьком - ложь и провокация.

[amge]

можно кстати сравнить с density-fitting имплементацией гауссиана.

Да, это интересно, но я не буду, т.к. гауссианом не пользуюсь и поэтому плохо его знаю, и в черные списки попасть боюсь:) (вдруг буду пользоваться в будущем).

К недостаткам природы (если это не исправлено в текущих релизах) я бы отнес то что в части функционалов RI не выключается, ЕМНИП.

Вы имеете в виду гибридные функционалы? Для них нужно использовать theory=ridft, что как раз намекает на density-fitting. При этом счет действительно здорово замедляется, но тут надо сравнивать, причем не с природовским pure DFT, а с другими программами с тем же функционалом/базисом. У меня такого сравнения нет.

[Shorku]

Кстате
https://github.com/berquist/qmspeedtest

[Гесс]

К недостаткам природы (если это не исправлено в текущих релизах) я бы отнес то что в части функционалов RI не выключается, ЕМНИП.

Вы имеете в виду гибридные функционалы? Для них нужно использовать theory=ridft, что как раз намекает на density-fitting. При этом счет действительно здорово замедляется,

Именно это мне и непонятно, 1) почему нельзя выключить RI для B3LYP и 2) почему так медленно.

[amge]

1) почему нельзя выключить RI для B3LYP и 2) почему так медленно.

На первый вопрос у меня ответа нет. На второй - см. результат теста:

Код: Выделить всё

Optimization C16H10N5F
B3LYP/cc-pVDZ,  4 core,  minutes per step

Priroda   0.84
ORCA      6.2
GAMESS    9.2

Priroda pure DFT BLYP/cc-pVDZ 0.15 minutes per step

Результат для меня удивительный. Природа замедляется на гибридных функционалах, но отнюдь не так сильно, как я думал раньше. И с Оркой странно. Может, я что-то не то ей сказал?
! B3LYP cc-pVDZ cc-pVDZ/JK TightSCF RIJCOSX Opt

[Гесс]

amge за тесты.

И с Оркой странно. Может, я что-то не то ей сказал?
! B3LYP cc-pVDZ cc-pVDZ/JK TightSCF RIJCOSX Opt

Да вроде выглядит нормально, чтобы сказать точнее надо глядеть мануал для каких размеров молекулы какой RI и какой тип ауксилиарника используют, сегодня я этим заниматься не буду, извините, меня несколько пригрузили.

[uchebnik fiziki]

Расскажите, как софт по дефолту обойдет дилемму "точность-ресуросемкость".

По закону Мура. Ну и разработка алгоритмов не стоит на месте. Собственно, и сейчас никто не мешает в облаке считать, это для многих задач достаточно дёшево.

[Гесс]

Не играет никакй роли насколько толстый у вас сервер или облако. У вас всегда будут системы слишком большого размера, Neese уже сделал DLPNO-CCSD на белок, с FN-DMC опять начали появляться статьи (сам не применял но это должен быть метод с точностью где то от 3 кал на моль (я не потерял бутву к, я написал калории, это утверждение Hobza) до 1 ккал) и линейным ростом цены, то есть для очень больших систем - дешевле ДФТ.
На сегодня вытянуть в гибридном (да обычно и в GGA) ДФТ систему в 300 тяжелых атомов - это очень небанальная задача при любых ускорялках. (Разумеется я говорю о системах без заданной симметрии) Хотя вон EvgeniX сделал 540 атомов С с даблзета базисом с очень скромными затратами по памяти. (32 Гб RAM - это скорее всего игровой ноут через пару лет).

[VTur]

Если какая-то программа считает быстрее Гауссиана или ГАМЕССа, то эти интегралы не считаются, а оцениваются. И где вылезет ошибка в таких оценках наперед никто не скажет. Публикуют и верят. (Это к Природе и подобным программам)

Ускорение в Природе и подобных программах достигается за счет RI-approximation. Вот выдержка из мануал ОРКИ:

Код: Выделить всё

ORCA includes a number of approximations that are designed to speed up calculations significantly while introducing a very small error (usually smaller than basis set errors and much smaller than electronic-structure-method errors) in the calculation due to these approximations. These approximations are usually approximating the various integrals, such as Coulomb, HF Exchange, MP2 integrals etc. Most of the approximations are based on the Resolution of Identity approximation (also called Density Fitting). Use of these approximations will dramatically speed up your ORCA calculations.

Добавлю, что я специально проверял Природу, Орку и Гамесс с одинаковыми функционалом и базисом: все три программы дали одинаковые оптимизированные геометрические параметры и, более того, одинаковые абсолютные Total Energy. С той разницей, что Гамесс (он без RI) считал примерно на два порядка дольше.

В Ваших рассуждениях не хватает одной детали. Вы забыли уточнить, что

все три программы дали одинаковые оптимизированные геометрические параметры и, более того, одинаковые абсолютные Total Energy

это будет каждый раз и во всех случаях для всех молекул, не смотря на то, что две из нихиспользуют приближения, а третья считает точно. Так ведь? Вы это утверждаете?

[VTur]

Neese уже сделал DLPNO-CCSD на белок, с FN-DMC опять начали появляться статьи (сам не применял но это должен быть метод с точностью где то от 3 кал на моль (я не потерял бутву к, я написал калории, это утверждение Hobza) до 1 ккал) и линейным ростом цены, то есть для очень больших систем

Когда начинаешь задавать этим ребятам вопросы по-существу, они быстро сдуваются.

На самом деле, это все рассуждения для бедных.
По большому счету не важно, на какой машинке ты считаешь, какого размера молекулы ты можешь обсчитать, и даже какой метод/базис используешь. Важен и ценен ответ всего на один простой вопрос - с какой точностью ты считаешь. Сравнивать нужно только с экспериментом.

[Гесс]

Вы забыли уточнить, что

все три программы дали одинаковые оптимизированные геометрические параметры и, более того, одинаковые абсолютные Total Energy

это будет каждый раз и во всех случаях для всех молекул, не смотря на то, что две из нихиспользуют приближения, а третья считает точно. Так ведь? Вы это утверждаете?

Это ниочем. У вас есть контрпример?

Neese [...] Hobza [...]

Когда начинаешь задавать этим ребятам вопросы по-существу, они быстро сдуваются.

Это я просто не комментирую

По большому счету не важно, на какой машинке ты считаешь, какого размера молекулы ты можешь обсчитать, и даже какой метод/базис используешь. Важен и ценен ответ всего на один простой вопрос - с какой точностью ты считаешь. Сравнивать нужно только с экспериментом.

Если вы говорите про точность метода, типа "погрешность в 1 ккал/моль", то это, это, это [закашлялся]... ну скажем предельно мягко - некорректно. Мультирефренсные задачи типа вращения вокруг двойной связи стирола (а по большому счету - вращения вокруг любых двойных связей) можно на DFT счтать хоть с минимальным базисом хоть с раздиффуженным квадруплзета, оно некорректно по умолчанию не глядя в эксперимент.
Если же вы все упираете в сравнение с экспериментом - то это некорректно хотя бы в виду погрешности экспериментальных данных которые кроме того еще иногда и тупо ошибочные. Из банальных примеров - экспериментальная энергия вандерваальсовской димеризации нафталина недооценена раза в 2, либо это какой то уникальный уникум, для которого не работают никакие методы используемые для таких систем и противоречит логике. Для диссоциации димера антрацена есть 2 экспериментальные цифры, 13±4 и 6.9±1.5 (легко заметить что цифры не только отличаются в 2 раза, но и даже их интервалы не перекрываются), причем это только первый экспериментальный "нюанс" этой системы. Сродство фуллерена ко второму элеткрону определено с точностью до знака Что собственно типично для многих сродств к электрону когда абсолютная величина мала и особенно - мала и отрицательна (привет полимантанам). IC50 (в тему реквестируется uchebnik fiziki) для одного и того же лиганда различающиеся на порядок (!) у разных измерятелей - в порядке вещей. И таких примеров я могу приводить и приводить.

[EvgeniX]

Важен и ценен ответ всего на один простой вопрос - с какой точностью ты считаешь.

С двойной!

Сравнивать нужно только с экспериментом.

Заявляю это A priori!

[amge]

В Ваших рассуждениях не хватает одной детали. Вы забыли уточнить, что

все три программы дали одинаковые оптимизированные геометрические параметры и, более того, одинаковые абсолютные Total Energy

это будет каждый раз и во всех случаях для всех молекул, не смотря на то, что две из них используют приближения, а третья считает точно. Так ведь? Вы это утверждаете?

Ну не придирайтесь же к словам. Понятно, что "каждый раз и во всех случаях для всех молекул" в науке вообще не бывает. В конце концов, глагол "дали" (а не "давали" и не "дают") уже подразумевает некоторую ограниченность.

Тестовый набор в моем случае состоял всего из двух просттых молекул (метилен и циклогексан), и целью было не проверить RI-приближение (тут и и без меня проверяльщиков хватает), а убедится, что аномально быстрая Природа не успользует кокого-нибудь мухляжа вроде того, о чем вы говорили выше. Для меня получилось убедительно, и весь мой дальнейший опыт эксплуатации Природы не дал повода сомневаться в ее результатах. Как совершенно верно заметил Гесс, будет контрпример - будет предметный разговор.

[amge]

Сравнивать нужно только с экспериментом.

Заявляю это A priori!

Это если мы говорим "про науку". Но если речь идет о правильности реализации известных методов и алгоритмов в некоторой софтине, то сравнивать нужно все же не с экспериментом, а с результатом другой софтины, реализующей эти методы и алгоритмы заведомо правильно.

[uchebnik fiziki]

Важен и ценен ответ всего на один простой вопрос - с какой точностью ты считаешь.

С двойной!

Ответ, достойный анналов.

[surius]

Neese уже сделал DLPNO-CCSD на белок, с FN-DMC опять начали появляться статьи (сам не применял но это должен быть метод с точностью где то от 3 кал на моль (я не потерял бутву к, я написал калории, это утверждение Hobza) до 1 ккал) и линейным ростом цены, то есть для очень больших систем

Когда начинаешь задавать этим ребятам вопросы по-существу, они быстро сдуваются.

VTur, это ваше: " ребятам вопросы по-существу, они быстро сдуваются" не что иное, как непонятно откуда выросшее антогонистическое отношение к любому мнению отличному от вашего.
В свою очередь у меня тоже для вас есть история. Однажды я такой говорю Кори: "Ты и колонку то толком сделать не можешь", а потом поворачиваюсь к Шляеру и говорю: "Да твои никсы фигня полная, не говоря про адaмaнтан" и они все быстренько сдулись.

[VTur]

Есть надежно установленные свойства молекул - энтальпия разрыва связи, энтальпия образования, энтальпия ионизации и др.
Возьмите удобную Вам молекулу и сравните расчет с экспериментом. Например, энтальпия разрыва связи N2. Все же известно. А вот сравнивать с предсказанием другой софтины некорректно. Чем она лучше?
Плохо, что вы не изучали теорию оптимального управления. Сравнивать нужно только с экспериментом (имеются в виду надежные данные).