Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

[VTur]

VTur, это ваше: " ребятам вопросы по-существу, они быстро сдуваются" не что иное, как непонятно откуда выросшее антогонистическое отношение к любому мнению отличному от вашего.
В свою очередь у меня тоже для вас есть история. Однажды я такой говорю Кори: "Ты и колонку то толком сделать не можешь", а потом поворачиваюсь к Шляеру и говорю: "Да твои никсы фигня полная, не говоря про адaмaнтан" и они все быстренько сдулись.

Существуют несколько вопросов, на которые расчетчик должен четко ответить: почему был использован именно этот метод и этот базис? какая сетка была использована? с какой максимальной погрешностью получена итоговая величина?

Я же не спрашиваю теоретические обоснования - здесь совсем плохо.
Есть же наборы обучающих множеств, на которых все прогонялось. Ну укажите хоть примерные цифры, в ответ что нечленораздельное.

[VTur]

В свою очередь у меня тоже для вас есть история. Однажды я такой говорю Кори: "Ты и колонку то толком сделать не можешь", а потом поворачиваюсь к Шляеру и говорю: "Да твои никсы фигня полная, не говоря про адaмaнтан" и они все быстренько сдулись.

Задавайте мне вопросы по квантовой механике и статфизике. В той области, где я что-то понимаю, я постараюсь объяснить, как смогу. Либо дам ссылки на монографии.
Но, дело в том, что ничего объяснить невозможно. Уже 80 лет известно, что дисперсионные взаимодействия - это проявления нулевых колебаний, а не электронная энергия. Но я этого объяснить так и не смог.

[EvgeniX]

Сравнивать нужно только с экспериментом (имеются в виду надежные данные).

Каждый "учёный" пытается играть на своём поле. Так и экспериментатор говорит - воспроизведите мои данные. А на кой ляд расчётчикам воспроизводить данные эксперимента конкретного экспериментатора, проведённого в определённых условиях с присущими им ошибками? Какова вообще задача теоретиков? Например, одна из задач, изучение законов природы - каких-либо закономерностей химических процессов. Вот их и изучаем на своих моделях. Что будет, если электронная плотность изменится так-то, вследствие введения таких-то заместителей. А если хотите супер-точные экспериментальные данные (которые вообще-то также изучаются на экспериментальной модели!), то ставьте эксперимент!

[madschumacher]

Плохо, что вы не изучали теорию оптимального управления.

Уж Понтрягина то не трогайте! А то Он от Ваших высказываний в гробу перевернется ! Может Вы имели ввиду статистику? Или теорию планирования эксперимента хотя бы?

Есть же наборы обучающих множеств, на которых все прогонялось.

Хотел бы я увидеть их для Х-Ф и пост-Х-Ф методов... А то они вроде тут тоже как бЭ обсуждаются...

Задавайте мне вопросы по квантовой механике и статфизике.

Обычно как раз наоборот происходит -- никто ничего не спрашивает, а Вы на нас Вашу мудр(ён)ость изливаете... Не готовы мы, холопы презренные, к такому... Посчадите, нас, Сударь, избавьте от Мудрости Вашей неПодЪебмной!

Но, дело в том, что ничего объяснить невозможно.

Вот ведь в чем причина!!

Уже 80 лет известно, что дисперсионные взаимодействия - это проявления нулевых колебаний, а не электронная энергия.

ОПЯТЪ 25!!!!!!!!!!

Но я этого объяснить так и не смог

Ну тах, мы ж холопы презренные, уму--разуму в университетах Ваших не обученные, статьи, книги не читавшие... Скромные пахари расчетной сохи, так сказать....

[VTur]

Есть методика эксперимента. В ней указано, с какой точностью можно измерить данную величину, если следовать методике. При этом они указывают доверительный интервал величины.

В химии уравнения были выведены с такими приближениями, что говорить о точности, большей, чем эксперимент не приходится. Наоборот. Поэтому все нужно сравнивать с экспериментом. Если есть желания поговорить по этому поводу, могу составить компанию.

В квантовой механике все по-другому. Там при выводе уравнений соблюдались некие условия и всеобщие принципы. Поэтому выводы квантовой механики:
а) на данный момент всеобщие (хотя и оспариваются),
б) проверены с наибольшей на данный момент точностью.

Те же выводы из теоретической квантовой химии крайне ненадежны (мягко сказано)

[madschumacher]

Есть методика эксперимента. В ней указано, с какой точностью можно измерить данную величину, если следовать методике. При этом они указывают доверительный интервал величины.

Как полуэкспериментатор могу тожественно заявить, что херня очень часто эти Ваши погрешности...

В химии уравнения были выведены с такими приближениями, что говорить о точности, большей, чем эксперимент не приходится.

А Вы когда-нибудь об оценке точности слышали? Например, при разложении в ряд Тейлора? Остаточный член в форме Пеано ни о чем не говорит?

В квантовой механике все по-другому. Там при выводе уравнений соблюдались некие условия и всеобщие принципы. Поэтому выводы квантовой механики:
а) на данный момент всеобщие (хотя и оспариваются),
б) проверены с наибольшей на данный момент точностью.

Те же выводы из теоретической квантовой химии крайне ненадежны (мягко сказано)

Блеск: Квантовая механика проверена с наибольшей точностью => выводы из квантовой химии ненадежны.. Щтаааа?!

[madschumacher]

В квантовой механике все по-другому. Там при выводе уравнений соблюдались некие условия и всеобщие принципы.

Всеобщие принципы... О, Kak!! Пафосно звучит... Интересно, kаkие же именно?? То я по своей наивности считал, что Гейзенберг занимался подгонометрией, Шредингер развлеkался параллельно с несовершеннолетней (и вообще пытался доkазать несостоятельность kвантов) => делал все на kоленkе , а про Матрицы плотности не особо то и знаю (хотя Блох, например, тоже вроде подгонометрировал)... И вообще, что базовые принципы и постулируемое уравнение -- это вроде kаk эkвивалентые понятия, и спор тут будет про kурицу и яйцо...

Поэтому выводы квантовой механики:
а) на данный момент всеобщие (хотя и оспариваются),

А kем же они интересно оспариваются?? Я думал после подтверждения нарушения неравенств Белла уже ниkто не заиkается (из нормальных ученых) о выводах kвантов... И kвант-мех (он все таkи имеет свои границы) остался поkа незыблем. А война идет по поводу его интерпретации (что ниkаk выводы не трогает) и продолжения kвант-меха (читаем -> KТП and beyond)... И "всеобщие" звучит kаk-то, мягkо говоря, не научно (но это уже придирkа, 'cause we love QM ).

[madschumacher]

Ну, kстати, в защиту ув. VTur-а в его любви k эkсперименту рассkажу байkу о том, что перегибать с верой в расчеты тоже не стоит. Посkольkу эта история еще идет, то, наверное, мне, вследствие kорпоративной этиkи, ангажированности и личных предпочтений , не стоит говорить все своими именами, поэтому буду называть все обозначениями.
Disclaimer: я не являюсь участниkом этой истории, но стараюсь следить за ней весьма тщательно (ввиду её вkусности), и многие вещи я знаю тольkо по пересkазам человеkа (kст, говоря тоже обитателя этого форума, но очень редkого), kоторый kak раз прямой участниk событий => фаkты могут быть не все + что-то может быть исkажено (мной ), а что-то вообще вымысел (опять же мой ).

Итаk, есть одна таkая интересная система (пусть будет D) с очень интересным свойством B. И её много исследовали различными методами. Приkол в том, что это свойство исследовали многоkратно и серьезно, в т.ч. есть чисто расчетные статьи в журналах уровня Сайенс/Натура. Но, поставленный недавно Ээээээkсперимент говорит о том, что это величина этого свойства во ВСЕХ расчетах прилично завышена (причем с учетом тех погрешностей, kоторым я очень ckлонен верить). Причем, kаk не извращались эkcпериментаторы -- все равно эта система D поkазывает фигу . И тут бы эту работу да в Натуру! Но есть один расчетчиk (пусть он будет Степа), kоторый забабахал расчетную модельkу, kоторую он (возможно) считает ну чуть ли не суперпупермегазашибись . И вот она (kто б мог подумать! ) тоже дает не сходящуюся с эkcп. величину... И kаkова же реаkция Степы? Он заявил, что "ВИ ВСЁ ВИРЁТИ!!!1111111111", что эkспериментальные данные, методиkа и метод и вообще все -- говно [cut]и что мамы шлюхи, а сами -- сыновья Шайтана и вообще!!![/cut]. Ну а его методиkа и он -- kонечно Д'Артаньяны!



Kто прав поkа непонятно , но я все же в данном случае верю эkспериментаторам (сам таkой же ), а Степу бы (несмотря на его заслуги) посылал бы нахер. Хотя, вообще, теоретиkов я люблю больше...

[Vit Nhoc]

рекомендовать density fitting / RI начиная с размера Y (или всегда)

А в каких программах есть Resolution of Identity? И как её включить в Gaussian-е? Сходу не ненагуглил.

[surius]

А в каких программах есть Resolution of Identity? И как её включить в Gaussian-е? Сходу не ненагуглил.

Hасколько мне известно, встраивание RI в програмный пакет у Gaussian inc на повестке дня не стоит. Иными словами - никак

[Гесс]

Sorry, i dont have russian keyboard. In Gaussian it should be named "Density fitting" and should look like "BP86/aug-cc-pVTZ/Auto". It should work only for pure DFT (GGA functionals). Somehow i am not using it in Gaussian. http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_basis_sets.htm - last part.

RI (under this name) is implemented in ORCA and Turbomole definetly (i used it).
In Q-Chem I saw it in manual.
In Priroda for hybrid functionals.
In MOLPRO it is named DF (density fitting), but "RI-MP2 is an alias for the command DF-MP2.".
Somehow its implemented in PSI4 but i didnt test it there.
Also i saw it in MOLCAS but its absolutely another story.
About Gamess and Firefly i have no ideas.

[surius]

Sorry, i dont have russian keyboard. In Gaussian it should be named "Density fitting" and should look like "BP86/aug-cc-pVTZ/Auto". It should work only for pure DFT (GGA functionals). Somehow i am not using it in Gaussian. http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_basis_sets.htm - last part.

Тогда уж нужно говорить не про RI, а про RIDFT (non-hyb only!), которое только и доступно в G03/09. Ни о каком RIMP2, RICC2 там речь и близко не идет, к сожалению.

[Гесс]

Тогда уж нужно говорить не про RI, а про RIDFT (non-hyb only!), которое только и доступно в G03/09.

About G03 have no ideas. Question was not very concrete, RI is widely used for DFT, so i thought that direction first.

Ни о каком RIMP2, RICC2 там речь и близко не идет, к сожалению.

Yep. RI-CC2 definetly exists in Turbomole (also for excited states), and may be in MOLPRO. About other codes i am some how doubting. RI-CCSD as far as i remeber can be in ORCA, but somehow i doubt that there RI would have drastical effect. In my opinion if you want to put in CoupledCluster something bigger than you can put in canonical version, you should either look on ACES that claimed to be enormously fast (and its daughter CFOUR concentated on CC) (i used CFOUR but did not make any benchmarks) either use other, more efficient approximations (I am pointing on LPNO but as for any approximation one should have in mind that in some cases difference with canonical version can come into truth). Of course its not the case if CC2 is good enough. Then Turbomole is definetly the choice.
RI-MP2 spreaded in a lot of codes (ORCA, PSI4, MOLPRO).

P.S. Should i get ready to answer about *-F12?

[Vit Nhoc]

Извиняюсь за настойчивость, вот ещё вопрос.
В приведённом файле DFT2015 poll, который выглядит очень респектабельно, совершенно непонятно, на каких объектов тестировались эти функционалы. Судя по тому, что на первом месте там стоит PBE - я подозреваю, что для неорганики.
Я для себя пока сделал такой вывод, и хочу написать его в блоге: для неорганики следует брать PBE-D3, а для органики B3LYP-D3 или wB97XD. Правда, есть ещё вариант - для переходных металлов брать TPSSh. Ваше мнение?

[Гесс]

Насколько я понимаю - там нет тестовых наборов. Там голосовальник. "На мой взгляд B3LYP-D3 дает хорошие геометрии" а на взгляд Иванова - B3LYP дает плохие а BP86 хорошие. Так и живем.
Ваша рекомендация на мой взгляд годится только в приближении нулевого порядка. Кабы в B3LYP все хорошо считалось - новых функционалов после 1994 не создавали бы.

[Shorku]

Бгг, а b(38hf)p86 гораздо лучше всяких б3липов считает геометрии и всякие спектры переходных металлов первого ряда, а cam-b3lyp лучше воспроизводит уф спектры органики, а pbe0 считает органику почти идентично b3lyp, но дает на мой вкус эпрные параметры получше, а wb97x косячит иногда с оптимизацией геометрии, зато чуть лучше, кажется, считает перенос заряда, чем cam-b3lyp. А bhandhlyp считает пзс почти как wb97x, зато в остальном недотягивает, но sf-tddft приходится считать с ним. И вот такого можно писать и писать. Вы уверены, что Ваши советы будут иметь хоть какую-то практическую ценность? Понадобится перебрать сотню бенчмарков, чтобы примерно сказать даже не что лучше, а кто меньше косячит у конкретного класса при расчете конкретного свойства. Если Вы готовы столько читать и делиться результатами- честь вам и хвала. А в том духе, как сейчас- это как-то бессмысленно.

[surius]

Я для себя пока сделал такой вывод, и хочу написать его в блоге: для неорганики следует брать PBE-D3, а для органики B3LYP-D3 или wB97XD. Правда, есть ещё вариант - для переходных металлов брать TPSSh. Ваше мнение?

В дополнение к вышеответившим могу предложить вам такое: все считать в (ХХХ), в случае если результаты вас не устраивают по каким либо соображениям рекомендуем обратиться к соответствующим benchmark'ам. А теперь самое интересное, ХХХ может быть абсолютно любым, и с вероятностью примерно в 50% об будет плохим(ну или хорошим). Потому как кто-то загонит под видом неорганики нейтральную молекулу, а кто-то хрень с неспаренным электроном. Про органику разнообразие потребностей будет еще больше, про переходные металлы я даже боюсь представить... Единственный верный совет это брать CCSD(T)+QZ и вечность времени.

[Vit Nhoc]

Бгг, а b(38hf)p86 гораздо лучше всяких б3липов считает геометрии и всякие спектры переходных металлов первого ряда, а cam-b3lyp лучше воспроизводит уф спектры органики, а pbe0 считает органику почти идентично b3lyp, но дает на мой вкус эпрные параметры получше, а wb97x косячит иногда с оптимизацией геометрии, зато чуть лучше, кажется, считает перенос заряда, чем cam-b3lyp. А bhandhlyp считает пзс почти как wb97x, зато в остальном недотягивает, но sf-tddft приходится считать с ним. И вот такого можно писать и писать. Вы уверены, что Ваши советы будут иметь хоть какую-то практическую ценность? Понадобится перебрать сотню бенчмарков, чтобы примерно сказать даже не что лучше, а кто меньше косячит у конкретного класса при расчете конкретного свойства. Если Вы готовы столько читать и делиться результатами- честь вам и хвала. А в том духе, как сейчас- это как-то бессмысленно.

Можно хотя бы пару ссылок на то что вы написали? Особенно меня сейчас интересуют расчёты электронных спектров, но у нас молекулы с взаимноориентированными кольцами, значит наверно нужна дисперсия, т.е. нужен метод типа cam-b3lyp-d3 (есть такой вообще?).

Про DFT2015 poll, может быть, надо написать примерно так - PBE там на первом месте, потому что он более универсальный чем гибридные функционалы (т.к. PBE это CGA), и его применяют для задач, где требуется прежде всего универсальность и не требуется высокая точность - для таких задач он годится.

[Shorku]

Можно хотя бы пару ссылок на то что вы написали? Особенно меня сейчас интересуют расчёты электронных спектров, но у нас молекулы с взаимноориентированными кольцами, значит наверно нужна дисперсия, т.е. нужен метод типа cam-b3lyp-d3 (есть такой вообще?).

Про DFT2015 poll, может быть, надо написать примерно так - PBE там на первом месте, потому что он более универсальный чем гибридные функционалы (т.к. PBE это CGA), и его применяют для задач, где требуется прежде всего универсальность и не требуется высокая точность - для таких задач он годится.

Так навскидку

Код: Выделить всё

S.S.Leang, F.Zahariev, M.S.Gordon, J.Chem.Phys.,  136, 104101 (2012)
G.Garcı´a, C.Adamo, I.Ciofini, Phys. Chem. Chem. Phys., 2013, 15, 20210--20219
K. Okuno et al. J.Photochem.Photobiol A: Chemistry 235 (2012) 29– 34
Szilagyi, RK (Szilagyi, RK); Metz, M (Metz, M); Solomon, EI (Solomon, EI) DOI: 10.1021/jp014121c 

но это вот что у меня под рукой было прям щас, если серьезно искать, то найдется овер 100500 тестовых работ (у меня их целая папка, но это капля в море, да и копировать сюда все эти ссылки я убьюсь), с не очень однозначными выводами. D3 не дает ащще никаких вкладов в спектры, насколько я это понимаю. PBE самый популярный, видимо, т.к. GGA - это в первую очередь дешево.

[Гесс]

PBE is very popular in solid-state calculations, as far as it is implemented in corresponding programs and people have enormous expirience in usage of it (its definetly not my field). Also people like PBE because its "ab-initio" functional (without "fudging" factors). And of course (and probably one of the most important) - as Shorku mentioned - cost. Nevetherless i use BP86 more often than PBE, when have no ideas on what to use for fast approximation.