Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

[Vit Nhoc]

D3 не дает ащще никаких вкладов в спектры, насколько я это понимаю.

Вот это мне непонятно. По-моему, дисперсия это взаимодействие наведённых диполей, которое возникает когда рядом находятся бензольные кольца. Соответственно поправка на дисперсию нужна для расчётов таких молекул, как тетрафенилпорфин, биллирубин, бодипай и пр. Без бисперсии геометрия этих молекул будет просчитана весьма неточно, и соответственно неточными окажутся спектры. Разве не так?

[Shorku]

Вот это мне непонятно. По-моему, дисперсия это взаимодействие наведённых диполей, которое возникает когда рядом находятся бензольные кольца. Соответственно поправка на дисперсию нужна для расчётов таких молекул, как тетрафенилпорфин, биллирубин, бодипай и пр. Без бисперсии геометрия этих молекул будет просчитана весьма неточно, и соответственно неточными окажутся спектры. Разве не так?

Ну, собственно это и имелось в виду: при счете геометрии учитывается, при счете спектра на какой-либо геометрии - нет.

А еще целая область - учет всяких динамических штук и растворителя. Я слушал доклады про то, как чуваки гоняли MD, а потом усредняли спектр по траектории, и получалось даже лучше. А еще можно растворитель учитывать напрямую и накладывать потом сверху континуум для учета быстрой составляющей поляризации. И еще бывают слегка мультирефернсные системы, где вроде как есть ведущая резонансная структура, но лучше учитывать и другие. И все эти вещи в тестах чаще всего не учитываются. Целая наука, однако, которую не загнать в один пост в блоге (но в которой можно разбираться и писать блог, но увы, не одним постом.

[Гесс]

Я слушал доклады про то, как чуваки гоняли MD, а потом усредняли спектр по траектории

I did similar thing. 1000-5000 snapshots from MD, then semiempirical CI on each geometry (either only solute either solute and nearest solvent molecules). Rather fine.

[Vit Nhoc]

Я слушал доклады про то, как чуваки гоняли MD, а потом усредняли спектр по траектории, и получалось даже лучше

Вы про электронный спектр? MD нужно для хорошего учёта растворителя?
Правильно ли я вообще понимаю, что учёт растворителя (даже неполярного?) вообще весьма важен для электронных спектров (гораздо важнее, чем например для ЯМР в неполярных растворителях)?

[Shorku]

Я слушал доклады про то, как чуваки гоняли MD, а потом усредняли спектр по траектории, и получалось даже лучше

Вы про электронный спектр? MD нужно для хорошего учёта растворителя?
Правильно ли я вообще понимаю, что учёт растворителя (даже неполярного?) вообще весьма важен для электронных спектров (гораздо важнее, чем например для ЯМР в неполярных растворителях)?

Не только для растворителя, Ваша молекула и сама по себе дергается, но и растворителя тоже. Естественно, все в рамках QMMM.
Динамика самой молекулы (хоть в вакууме), кстати, на магнитные параметры может весьма неплохо влиять (неэквивалентные ядра становятся эквивалентными, что-то усреднияется и так далее.

[Гесс]

I made UV. MD important for knowing geometries.
Yes, solvent can has influence on UV spectra and for example rotational angle α.

[Гесс]

Very briefly about some typical problems: http://vergil.chemistry.gatech.edu/cour ... ctical.pdf

[anasanity]

Хотя в этой теме пошел сильный оффтоп, но в какой-то момент поднимался вопрос об открытом и закрытом софте и о финансировании научного софта. Если кому-то интересно, то вот есть короткое обсуждение этих тем авторами известных квантовохимических программ.

Krylov, A. I., J. M. Herbert, F. Furche, M. Head-Gordon, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby, P. Pulay, C.-K. Skylaris, and H.-J. Werner. 2015. What Is the Price of Open-Source Software? The Journal of Physical Chemistry Letters 6:2751-2754.

[Shorku]

Хотя в этой теме пошел сильный оффтоп, но в какой-то момент поднимался вопрос об открытом и закрытом софте и о финансировании научного софта. Если кому-то интересно, то вот есть короткое обсуждение этих тем авторами известных квантовохимических программ.

Krylov, A. I., J. M. Herbert, F. Furche, M. Head-Gordon, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby, P. Pulay, C.-K. Skylaris, and H.-J. Werner. 2015. What Is the Price of Open-Source Software? The Journal of Physical Chemistry Letters 6:2751-2754.

Тема, в сущности, старая как виндоус и линукс. Еще, кстати, из обсуждения выпадает софт бесплатный, но закрытый. Стратегии выживания могут быть многообразны, орка, вроде бы содержит тех же программистов на гранты, гамесс пишут постдоки. Модельный ряд от жигулей до теслы на любой вкус и карман, так и должно быть, кмк.

[iChem]

Regarding the commercial software , I did not use that many codes. But could you specify any reason for e.g. Turbomole better than Orca? Or ADF? OK, one advantage of ADF is this NMR business (SO included). Btw, I never used TeraChem. It is efficient? I think this is the code supporting GPU.
Still - I do not believe in efficiency of making money in academia. Imagine you are PI and you have a certain budget for the research, what would you prefer - to hire a man for a year to buy a software?

I used so many codes because i all time need some strange features. What is features of Turbomole? - Plenty, majority i probably even don't know and will list not the most important, but...
It has ADC(2) (i know about this thing in 3 codes - two others are QChem that i cannot have and PSI4 that sometimes produces smth what i am not sure in),
it has 4th order scaling for SOS-MP2, while ORCA does not have it according to manual and its actual implementation is similar to MP2 according to developers (5th order), also as far as i understand Turbomole can do MP2, SCS-MP2 and SOS-MP2 in one, while ORCA need to run 3 times nearly the same.
There was statement that RI is more efficient in Turbomole, but i didnt make tests.
It has CC2. Also for excited states. I don't know who else have it.
Its the only code whose outputs can be used by DFT/MRCI code of Grimme.
...
If you need more - i have to really look in manual, due to terrible format of input and limitations of cluster where turbomole is installed i am avoiding this code unless i have no other options.

ADF is commercial. You want comparison of ADF with TM or Orca? It has great GUI, Slatter basis sets, specific dispersion corrections, option to regulate HF exchange in functional, DFTB (as independent module for extra prise).

TeraChem - yes its efficient. Yes its GPU. Make GPU supercomputer and it will bit gaussian or priroda on normal node with plenty cores. I would say that problem is "what TC can do". Actually it can do optimizations and MD (spherical boundaries) using DFT (limited list of functionals). And there is no new releases for last 3 or more years. Forum is not dead, but rather comatose... Youtube "Urey Miller nanoreactor" and you'll see the best what TC can.

По поводу теракема, тут есть документация на их последнюю версию http://document.li/18p7/
Странно, что пользователям приходится друг с другом информацией делиться, в то время как разработчики молчат

[Vit Nhoc]

А вы уверены, что можете вести хороший блог?

Я осилил наконец статью по DFT, оцените пожалуйста:

http://simplecompchem.blogspot.ru/2016/ ... vices.html

Мне много помогал один серьёзный квантовик.

[Гесс]

is that the CGA functional - GGA
Много сильных спорных утверждений.
Формат в котором перекопированы популярные и непопулярные функционалы не самый удачный. Много места и плохо читаемо. Возможно чтото типа таблицы из популярной и непопулярной колонок было бы легче читаемым.
упоминая DSD- даблгибриды (пусть даже со ссылкой на CCL) было бы неплохо хотя бы одним предложением обьяснить что такое DSD (сразу вылезет и DOD).
Если вы делаете группировку по "GGA, Meta-GGA, Hybrid и т.д." имеет смысл сослаться на Jaccobs ladder
"The authors have concluded that the best pure density functional performance " это они вообще сказали или под какие то конкретныезадачи типа электронных состояний?
since we deal with the Gaussian09A package - качество функионала не зависит от пакета.
Кстати если вы указываете гауссиан и несколько раз говорите о PBE и PBE0 - для inexpirienced юзера будет полезно знать какими кейвордами вызываются эти двое. ИМХО одно из наиболее неприятных переименований в Гауссиане.
SCS-MP2 seems to be better - или SOS-MP2, он кроме того еще и может быть (а в турбомоле и таки да) реализован с 4ой степенью а не с 5ой как SCS и канонический MP2. Сразу возникает вопрос а что такое SCS. И кстати тогда уже блог не только о DFT.
"use of this method" - combination (функционала с базисом). Тут вы уже выскальзываете на поле "какой базис выбрать?" И еще касательно базиса - далеко не факт что попловский базис был идеален для вашего ЯМР-расчета упомянутого в начале.
Картинка с весами мне непонятна да и вообще BSSE в абзаце перед этой картинкой.
RI (Resolution of Identity, density fitting) is usually a good thing, as it speeds up your calculations without significant loss of accuracy. - Тем не менее может влегкую выбивать пару килокалорий вверх или вниз и вообще препятствовать сведению SCF.
Часть 2
largest basis sets - упаси господи. Семейство действительно большое (по количеству наименований, а базисы самых разных размеров, и до монструозных наборов viewtopic.php?f=71&t=83489&p=579719&hilit=UGBS#p579719 дотягивают может быть лишь 6Z
first compute with cc-pVDZ, then cc-pVTZ, then cc-pVQZ, then cc-pV5Z, etc - с любым иерархическим семейством, ака cc-pVXZ, aug-cc-pVXZ, acc-pVXZ, rcc-pVXZ, cc-pwCVXZ, pc-n, def2, ano-pVXZ, Roos-ANO, причем далеко не все из них затачивались под корреляционные методы.
so-called complete basis set extrapolation (CBS) means that you first compute with cc-pVDZ, then cc-pVTZ, then cc-pVQZ, then cc-pV5Z, etc - неа, экстраполяция подразумевает что вы можете получить цифру как от "полного" базиса имея на руках расчет всего в 2-3. Зачем - у вас не рассказано. Кстати экстраполяционных схем больше 5.
For heavy elements, - начиная откуда?
relativistic effects - которые из (на форуме излагалось очень давно sanya1024, сделайте поиск по слову релятивизм)
using the methods like ZORA - в гауссиане помнится только DKH
overview of the development of Gaussian basis sets - отсутствие в тексте упоминаний о Слейтеровских базисах создает впечатление что речь идет о базисах вшитых в Гауссиан.
So, it seems that the aug-cc-pVDZ can worse than the 6-311++G** set - чето тут совсем с граматикой нетого.
И это еще большой вопрос зачем применять настолько надиффуженные базисы к нейтральным молекулам.
the methods used were MP2 and CCSD - угу. А на ДФТ все может быть иначе.
you should use cc-pVTZ, cc-pVQZ, cc-pV5Z, etc - лезть на ДФТ в 5Z базисы - это совершенно нездорово.
these two basis sets correlate - результаты а не базисы.
the total energies computed with wB97XD/AUG-cc-pVDZ method are 3-30 kJ/mol lower than the energies computed with wB97XD/6-31++G(D,P). - не показательно.
we have decided to always compute with - это нездорово.
И еще раз - больше плюсиков и звездочек - это однозначно дороже но не факт что лучше.
Ссылка 8 (когда нужны плюсики) - Трулар другого мнения.
deprotonation of 12 carbon acids (with PCM solvation model) - не факт что идеальная модель
картинка из мануала орки - aug-cc-pVQZ рутинно можно считать молекулы размером с бензол.
So, it seems that the cc-pVnZ basis sets are often the best choice. - картинка говорит совсем не это. Для расчета сродства к электрону (который включает расчет аниона) следует использовать наагуменченные (хотя бы минимально) базисы. def2, cc или pc семейств. А без диффузных функций (правая часть диаграммы) все идет в жопу.
Дальше идет очень правильный абзац, но он противоречит написанному ранее про использование даннинговских больших базисов. Плюс сильно перкликается с процитированной рекомендацией орки - что ДФТ достигает предела быстрее постхф методов
Some papers, in which the results of DFT computations are compared to those of ab initio methods, conclude that DFT performs better. - Ссылки? Я хочу это почитать!

[Гесс]

you should always specify SCF=XQC совет хороший но не обьясняет что он делает
We conclude that much current practice includes more diffuse functions than are needed. - ага, 6-311++G** это очень касается.
Часть с maug-cc-pVTZ. - Трулар выпустил набор "календарных" базисов (упомянутых вами в следующем абзаце) + maug + sp-aug теперь каждый как хочет. Всмысле может аугументить на свое усмотрение. Плюс никто не мешает давать разнонадиффуженные базисы разным атомам молекулы. В случае металлокомплексов это стандартная практика.
Последнее пердложение второй части весьма спорное.
Часть 3
Ссылку на картинку. Там вообще хорошая статья.
Ab initio (non-empirical) methods are hierarchical: this means that if we increase basis set size, level of taking into account the electronic correlation (excitation rank), and possibly the level of taking into account the relativistic effects (for heavy elements), we approach the exact solution (though this tendency is often not monotonic). - катастрофически нет.
So, we can verify the accuracy of an ab initio method by comparing its results with the results of a higher level computation. For DFT, this possibility is not available. - почему же, любой результат можно сравнить с CCSDTQ/CBS. Осталось только CCSDTQ посчитать
it is a good practice to perform the computation with several different DFT functionals, to ensure that they all give the same results. - умелым подбором функционала можно получить любую желаемую цифру.

Вообщем. Я начал с мелких улучшалок и неточностей но по мере того как время конилось к 2 ночи мое настроение портилось и в конце я стал крайне критичным.
Конец он тут:
Я понимаю что критиковать легче чем делать.
Я понимаю что вы сделали большую работу.
Я понимаю что вы руководствовались лучшими побуждениями.
Я высоко ценю вашу программу.
Я готов отвечать на любые ваши вопросы в рамках моих знаний.
Мне кажется вы замахнулись на слишком большую цель. Если это обзор - в нем жесточайше нехватает ссылок. Работа производит впечатление нагребенных в кучу фактов которые вы зачастую не обьясняете или трактуете неоптимальным образом. Местами утверждения близки к взаимному противоречию.
Если вы действительно хотите продолжать писать в таком формате - возможно стоит разрезать этот пирог на меньшие части, разбираться в каждой более детально и затем писать по ней блог - какие бывают, зачем используются, куда имплементированы, как вызывать, когда не применять.
Скажем:
- дисперсионные коррекции (а это не только D3)
- RI
- CBS
- BSSE
- гибридные функционалы
- Jaccobs ladder
- MP теории
- даблгибридные функционалы
- NImag
- TDDFT
- расчет ямров
- релятивизм
и т.д.
А то жуткая солянка, частично не проварена.
Прошу прощения за грубость.

[surius]

< >
Простите за оффтоп, и я так думаю что на умотрение автора - модераторов это сообщение может быть удалено, но...

Кстати если вы указываете гауссиан и несколько раз говорите о PBE и PBE0 - для inexpirienced юзера будет полезно знать какими кейвордами вызываются эти двое. ИМХО одно из наиболее неприятных переименований в Гауссиане.

За этим переименованием стоит весьма строгая логика построения функционалов. Так у вас есть обменная и корреляционная часть, которая в случае PBE есть ничто иное как PBEPBE, ну а линкер 1 или h1 есть идентификатор того что речь идет уже о гибридном функционале. Исключения типа Mxx ясно тоже встречаются. Вот где у меня есть претензия так это к TPSSh, в принципе он должен бы был называться TPSS1TPSS.
</ >

[Гесс]

Я не отрицаю что логика там конечно есть, но пользоваться от этого весьма неудобно.

И с чего бы это я затирал ваше сообщение? мы вроде как не пререкаемся...

[VTur]

А вы уверены, что можете вести хороший блог?

Я осилил наконец статью по DFT, оцените пожалуйста:

http://simplecompchem.blogspot.ru/2016/ ... vices.html

Мне много помогал один серьёзный квантовик.

Пробежал Вашу статью. Не скажу, что совсем не понравилось. Но это дело вкуса.
На мой взгляд, Вы упустили лучший функционал в гауссовом базисе mPW2PLYP. Я тестировал большинство этих функционалов в гауссовом базисе и это дваждыгибридный дал наименьшее среднеквадратичное отклонение от эксрертментальных своцств.
Но подчеркиваю - в гауссовом базисе

[ Post made via Android ]

[Гесс]

лучший функционал в гауссовом базисе mPW2PLYP. Я тестировал большинство этих функционалов в гауссовом базисе и это дваждыгибридный дал наименьшее среднеквадратичное отклонение от эксрертментальных своцств.
Но подчеркиваю - в гауссовом базисе

Об этом есть публикация?
Каких свойств? Какие вещества или датасеты обсчитывались?
mPW2PLYP это попытка улучшить описание слабых взаимодействий в классическом B2PLYP заменой B88 на mPW.
Исходя из того что функционал улучшали дальше прилепливанием поверх все тех же самых D-коррекций - видать недоулучшали.
http://scitation.aip.org/content/table/ ... 4802247.t6 показывает что для ихних систем както так себе.
Ну и наконец "в гауссовом базисе" - это в каком?

Оффтоп - более свежие веяния в попытках корректного описания даблгибридами слабых взаимодействий это DOD- и DSD- функционалы. См например
Spin-component-scaled double hybrids: An extensive search for the best fifth-rung functionals blending DFT and perturbation theory
Spin-Component-Scaled Double-Hybrid Density Functionals with Nonlocal van der Waals Correlations for Noncovalent Interactions., ссылки в них и на них. И нет я не ФенгЮ и не ГершомМартин.
Как всегда дело закончилось присобачиванием коррекции поверх расчета. А самый разрекомендованный DOD-PBEP86-NL вообще меня разочаровал - жесточайшая зависимость от базиса, и обнаружение репульсивного характера там где у всех мал-мальски адекватных методов аттрактив за полдюжины ккал/моль минимум.

[Vit Nhoc]

Ссылка 8 (когда нужны плюсики) - Трулар другого мнения.

Можно ссылку на Трулара?

[Гесс]

Пост Трулара http://comporgchem.com/blog/?p=1943 отсылает к его книге (что за книга надо искать).
Скорее всего имеет смысл смотреть Theoretical Chemistry Accounts 2011, Volume 128, Issue 3, pp 295-305 Minimally augmented Karlsruhe basis sets Jingjing Zheng, Xuefei Xu, Donald G. Truhlar
Также см. Introduction в Development of new auxiliary basis functions of the Karlsruhe segmented contracted basis sets including diffuse basis functions (def2-SVPD, def2-TZVPPD, and def2-QVPPD) for RI-MP2 and RI-CC calculations Arnim Hellweg and Dmitrij Rappoport.
Стр 13 в презентации Шерилла http://vergil.chemistry.gatech.edu/cour ... s-sets.pdf

[uchebnik fiziki]

А вы уверены, что можете вести хороший блог?

Я осилил наконец статью по DFT, оцените пожалуйста:
http://simplecompchem.blogspot.ru/2016/ ... vices.html
Мне много помогал один серьёзный квантовик.

Вас заметили. Правда, английский стоило бы сделать более человечным.