Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Vit Nhoc » Вс июл 03, 2016 12:29 pm

Ссылку на картинку. Там вообще хорошая статья.
Можно ссылку на эту статью?
Ab initio (non-empirical) methods are hierarchical: this means that if we increase basis set size, level of taking into account the electronic correlation (excitation rank), and possibly the level of taking into account the relativistic effects (for heavy elements), we approach the exact solution (though this tendency is often not monotonic). - катастрофически нет.
Вы не могли бы пояснить вашу фразу?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Vit Nhoc » Вс июл 03, 2016 12:37 pm

У меня английский хромает; оцените пожалуйста данную фразу как в плане грамматики, так и по смыслу:

The "DFT charlatanism" can become apparent in the following way: when a chemist looks through different functionals, he can often obtain any results what he wants (in particular, results consistent with invalid experiment).

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Vit Nhoc » Вс июл 03, 2016 8:26 pm

Гесс писал(а): Some papers, in which the results of DFT computations are compared to those of ab initio methods, conclude that DFT performs better. - Ссылки? Я хочу это почитать!

[10] Do Practical Standard Coupled Cluster Calculations
Agree Better than Kohn–Sham Calculations with
Currently Available Functionals When Compared
to the Best Available Experimental Da...
Article in Journal of Chemical Theory and Computation · May 2015
Impact Factor: 5.5 · DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00081

[11] On the dissociation energy of Ti(OH,)+.
An MCSCF, CCSD(T), and DFT study
A. Irigoras, J.M. Ugalde, X. Lopez, and C. Sarasola
Can. J. Chem. 74: 1824-1829 (1996). Printed in Canada / Imprimt au Canada

[12] https://www.researchgate.net/post/What_ ... _complexes

Я исправил "better" на "not worse (or even slightly better)" - так вроде корректно.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4096
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение uchebnik fiziki » Вс июл 03, 2016 9:26 pm

Vit Nhoc писал(а):У меня английский хромает; оцените пожалуйста данную фразу как в плане грамматики, так и по смыслу:

The "DFT charlatanism" can become apparent in the following way: when a chemist looks through different functionals, he can often obtain any results what he wants (in particular, results consistent with invalid experiment).
If different functionals are applied to the same object, the user may obtain any results they want. These results may even be consistent with invalid or erroneous experimental data and explain them. This particular case of confirmation bias may be named 'DFT quackery'.

Ну то есть это я бы в таком стиле писал, вы так писать не обязаны. Сравнительную оценку качества английского предлагаю проводить независимым наблюдателям.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Гесс » Вс июл 03, 2016 10:02 pm

Vit Nhoc писал(а):
Ab initio (non-empirical) methods are hierarchical: this means that if we increase basis set size, level of taking into account the electronic correlation (excitation rank), and possibly the level of taking into account the relativistic effects (for heavy elements), we approach the exact solution (though this tendency is often not monotonic). - катастрофически нет.
Вы не могли бы пояснить вашу фразу?
Ab initio (non-empirical) methods are hierarchical - Большая часть Post-Hartree-Fock методов (конкретно MPn, CC точно и CI, QCI вероятно, я в них не играю) иерархична в том смысле что поддается систематическому улучшению. Комплексные методы типа G2, G3, G4 неулучшаемы таким манером, да и вообще не чисто неэмпиричны, но это оффтоп. Также не улучшаем (ибо непрдусмотрено куда) сам HF и большая часть мультиреференсных методов (это тоже abinitio).
methods are hierarchical: this means that if we increase basis set size
Систематическое улучшение означает что мы из теории знаем какой следующий член нам надо учитывать чтобы привести метод к его переделу (не к абсолютно правильному ответу!, см ниже). Например в случае Каплдкластера это levels of excitation (excitation rank коль скоро вам нравится этот термин). CCSD включает синглетный и дублетные excitations, CCSDT включает полноценные триплеты (не путать с CCSD(T)) и это уже обычно оверкилл. Hobza когда то сравнивал CCSDTQ с FN-DMC для малых молекул и говорил что достигается точность в 1 кал/моль, ЕМНИП. При этом можно идти дальше и гугл знает о существовании CCSDTQ56. Этот метод способен дать точное решение уравнения Шредингера для системы с 6 электронами в рамках использованного базиса в приближении Борн-Опенгеймера.
Двигаясь по линейке CCSD/cc-pVDZ :arrow: CCSDT/cc-pVDZ :arrow: CCSDTQ/cc-pVDZ :arrow: CCSDTQ5/cc-pVDZ вы будете систематически улучшать расчет и кривая с интересующим вас параметром будет каким то образом сводиться к некоему пределу (действительно может быть немонотонно, наиболее известный пример - значения MP2 и MP3 зачастую лежат с разных сторон от предела, значение MP4 - с той же что и MP2).
Двигаясь по линейке CCSD/cc-pVDZ :arrow: CCSD/cc-pVTZ :arrow: CCSD/cc-pVQZ :arrow: CCSD/cc-pV5Z :arrow: CCSD/cc-pV6Z вы тоже будете систематически улучшать расчет, причем тут мне неизвестны случаи немонотонности, хотя вопрос довольно широк и я не возьмусь утверждать что ее не бывает. Улучшение базиса вообще не имеет отношения к систематическому улучшения метода. Систематическое улучшение базиса приводит и DFT функционалы к какому то пределу (точнее говоря к CBS-пределу, значение которого различно у разных методов и функционалов (а если метод "облегчается" с помощью игнорирования "малых" компонентов (например LPNO) то еще и от величины отсечки). При этом ДФТ однозначно не является иерархическим методом. Кстати в случае базисов нагляднее разница между "увеличением" и "систематическим увеличением". Например поппловские базисы 6-31(кучабуквцифрисимволов) не иерархичны (хотя тут со мной могут несогласиться, я уже видел CBS экстраполяции через 6-3111чегототам базис (я не просчитался с единицами, это формально квадруплзета). Не иерархичны не значит плохи, на ДФТ как вы справедливо указали редко есть нужда в больших базисах из иерархических линеек.
Пределы к которым вы сведете расчеты - различны и оба могут отличаться от "правильного ответа", поскольку оба завязаны на БО да еще и релятивизм... Мне неизвестны методы систематического улучшения учета релятивизма. То есть есть разные методы, они учитывают в разной мере и виде разные нюансы релятивизма. А системы улучшений - нет. Если я неправ - с удовольствием почитаю чтото новое. Тут я легко могу заблуждаться ибо обычно меня жизнь в низ таблицы менделеева не заносит.
Наконец метод может быть как бы "в системе" но сама система "не без греха". Вот например есть CC2 - это аппроксимация на CCSD, но в силу своей дешевизны она нашла свое место в мире. И есть CC3, который как бы образует линейку с CC2 аппроксимируя CCSDT. Это весьма мало используемый метод. В то же время CCS(D) c "pertrubational doublets" не существует, CCSDT(Q) с аппрокисмативным учетом квадруплетов не используется, а лежащий "между ними" CCSD(T) внезапно "золотой стандарт".

В начале https://en.wikipedia.org/wiki/Post-Hartree%E2%80%93Fock рассказано какие упрощения отделяют постХФ методы от "правильного отета".

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Гесс » Вс июл 03, 2016 10:22 pm

Vit Nhoc писал(а):
Ссылку на картинку. Там вообще хорошая статья.
Можно ссылку на эту статью?
Perspective on density functional theory - Kieron Burke http://dft.uci.edu/pubs/B12.pdf

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Vit Nhoc » Пн июл 04, 2016 4:10 pm

uchebnik fiziki писал(а): If different functionals are applied to the same object, the user may obtain any results they want. These results may even be consistent with invalid or erroneous experimental data and explain them. This particular case of confirmation bias may be named 'DFT quackery'.

Ну то есть это я бы в таком стиле писал, вы так писать не обязаны. Сравнительную оценку качества английского предлагаю проводить независимым наблюдателям.
Я не нагуглил "DFT quackery", поэтому решил убрать последнее предложение. Или оно всё-таки уместно? Так сказать, имею ли я право создать новый мем?

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4096
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение uchebnik fiziki » Вт июл 05, 2016 10:14 am

А DFT charlatanism нагуглили?
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Vit Nhoc » Вт июл 05, 2016 11:04 am

Тоже нет.
Ну хорошо, я назову третью главу в статье либо "DFT charlatanism", либо "DFT shamanism", либо "DFT quackery". Какие плюсы у каждого варианта?

Может вопрос немного глупый, но мне интересно порассуждать на эту тему.
Предположим, если бы моя статья стала весьма известной (ну, я просто рассуждаю), одно из этих трёх словосочетаний вошло бы в обиход. Мне кажется первый вариант слишком самоочевиден, такое словосочетание не может стать мемом. Второй вариант - немного "вульгарен" для научных текстов. Третий вроде лучше всего.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Гесс » Вт июл 05, 2016 11:12 am

смотря что вы хотите передать.
Я зачастую (не в статьях но и не толко про ДФТ), употребляю слово fudging.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 320
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Vit Nhoc » Вт июл 05, 2016 11:29 am

Я добавил в блог цитату из статьи Burke; там он пишет, что это самое DFT-шаманство может погубить сам DFT ("perhaps ultimately undermining the entire field"), если кто-то вовремя не разработает новые хорошие подходы. Поэтому было бы полезно, если бы гугл что-то сразу выдавал по "DFT quackery" либо "DFT fudging" - пусть все знают, чем чреваты такие манипуляции. Мне кажется удачнее вариант DFT quackery.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4096
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение uchebnik fiziki » Вт июл 05, 2016 11:36 am

Vit Nhoc писал(а): либо "DFT charlatanism", либо "DFT shamanism", либо "DFT quackery". Какие плюсы у каждого варианта?
У первого никаких, это какое-то левое слово: "шарлатанство" переводится как раз как "quackery". "Шаманство" -- это про другое, в английском есть устойчивый оборот "voodoo coding"/"voodoo programming", но он относится к ситуациям, когда пытаются что-то делать, особенно кодить, без глубокого понимания метода/языка и получают правдоподобный результат. Это скорее описывает ситуацию, когда человек знает области применимости, но не понимает, почему они такие.
Гесс писал(а):Я зачастую (не в статьях но и не толко про ДФТ), употребляю слово fudging.
У этого слова семантическое поле мне неведомо.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Гесс » Вт июл 05, 2016 12:09 pm

uchebnik fiziki писал(а):
Гесс писал(а):Я зачастую (не в статьях но и не толко про ДФТ), употребляю слово fudging.
У этого слова семантическое поле мне неведомо.
Fudging factor (Fudge factor) - коэффициент подгонки или множитель из справочника Стеля (если я не ошибаюсь этот украинизм известен в России, множитель берущийся с потолка (стеля) дабы решение свелось к парвильному ответу). ИМХО русским эквивалентом Fudging-a по смыслу является мухлеж и мошенничество.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4096
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение uchebnik fiziki » Вт июл 05, 2016 12:24 pm

Гесс писал(а):(если я не ошибаюсь этот украинизм известен в России, множитель берущийся с потолка (стеля) дабы решение свелось к парвильному ответу)
впервые слышу такое
Гесс писал(а):ИМХО русским эквивалентом Fudging-a по смыслу является мухлеж и мошенничество.
Нет, совсем нет. По-русски это называется эмпирический коэффициент. По смыслу там гадание, а не мошенничество.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 626
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение madschumacher » Вт июл 05, 2016 2:43 pm

uchebnik fiziki писал(а): в английском есть устойчивый оборот "voodoo coding"/"voodoo programming", но он относится к ситуациям, когда пытаются что-то делать, особенно кодить, без глубокого понимания метода/языка и получают правдоподобный результат.
Я так долго пытался это выражение вспомнить :lol: Спасибо большое за его напоминание. :up: Кст, "DFT voodoo" очень похоже, имхо... :very_shuffle:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4096
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение uchebnik fiziki » Вт июл 05, 2016 4:38 pm

DFT voodoo -- это когда правильно получается :)
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Гесс » Вт июл 05, 2016 8:04 pm

Если знать правильный ответ то перебором функционалов наверняка можно найти чтото похожее. А вуду это, жульничество или нормальный подход - это каждый сам решает себе.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4096
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение uchebnik fiziki » Вт июл 05, 2016 9:56 pm

Это брутфорс :)
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение VTur » Вс июл 10, 2016 7:54 pm

Гесс писал(а):
VTur писал(а):лучший функционал в гауссовом базисе mPW2PLYP. Я тестировал большинство этих функционалов в гауссовом базисе и этот дваждыгибридный дал наименьшее среднеквадратичное отклонение от экспериментальных свойств.
Но подчеркиваю - в гауссовом базисе
Об этом есть публикация?
Каких свойств? Какие вещества или датасеты обсчитывались?
mPW2PLYP это попытка улучшить описание слабых взаимодействий в классическом B2PLYP заменой B88 на mPW.
Исходя из того что функционал улучшали дальше прилепливанием поверх все тех же самых D-коррекций - видать недоулучшали.
http://scitation.aip.org/content/table/ ... 4802247.t6 показывает что для ихних систем както так себе.
Тут нужно смотреть под другим углом. В MPn начальным приближением является HF, а в здесь DFT. Т.е. к энергии DFT делаются поправки по теории возмущений.

Я все проверки делаю сам и для себя, когда выбираю новое направление. Считались частоты, энтальпия образования, свободная энергия образования, энтропия, теплоемкость. Статей я почти не пишу.
Оценок же применимости функционалов к тем или другим задачам море. Начинать нужно с авторских работ.
Гесс писал(а):Ну и наконец "в гауссовом базисе" - это в каком?
?

В гауссовом. Сейчас, например, я считаю в слетеровом.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

Сообщение Гесс » Вс июл 10, 2016 9:49 pm

VTur писал(а):
Гесс писал(а): Ну и наконец "в гауссовом базисе" - это в каком?
?

В гауссовом. Сейчас, например, я считаю в слетеровом.
слейтеровых базисов минимум десяток, считая поляризнутые, наагуменченные и не считая ивентемперед.
базисов гауссового типа - порядка сотни, из них основные семейства (Попл, cc, def2, pc, ano (которые Roos-a)) создавались и параметризовались под разные задачи и влегкую дают разные результаты. не говоря уже о внесистемных. Так что противопоставление абстрактного слейтера абстрактному гауусового типа - мне непонятно.
VTur писал(а):
Гесс писал(а):
VTur писал(а):лучший функционал в гауссовом базисе mPW2PLYP. Я тестировал большинство этих функционалов в гауссовом базисе и этот дваждыгибридный дал наименьшее среднеквадратичное отклонение от экспериментальных свойств.
Каких свойств? Какие вещества или датасеты обсчитывались?
Я все проверки делаю сам и для себя, когда выбираю новое направление. Считались частоты, энтальпия образования, свободная энергия образования, энтропия, теплоемкость.
Интереса ради посмотрел на описание mPW2PLYP энергии димеризации в системе с которой счас играю. Это B2PLYP с отклонением не более 0.7 ккал/моль (что можно оценить как до 7%), что в свою очередь меньше чем эффект базиса. Сравнение проводилось на одних и тех же геометриях, 4 разных базисах. Жопный недолет без поправок, легкий перелет (по отношению к референсным методам) с поправками. Из DHDFT там чуть лучше других сыграл PWPB95+D3BJ, из DFT - VV10 (rPW86PBE-SCNL) создававшийся под эти цели.
VTur писал(а):Начинать нужно с авторских работ.
Начинать надо с бенчмарк-анализов. А это далеко не всегда авторские работы. В авторских работах иногда рассказываются общие идеи и ожидания авторов подтвержденные полуторами расчетами. В этом отношении нет претензий к функционалам минессоты. Судя по количеству и размерам таблиц которые они приводят к своим ежегодным функционалам - там должна быть высокая смертность студентов :mrgreen:

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость