ПС в ORCA

[RAS]

Здравствуйте всем!

Есть небольшая проблема. Считаю в ORCA. Нашел (оптимизировал) ПС, вроде успешно. Хочу проверить по сходимости к исходному и конечному состоянию. Беру амплитуды мнимой частоты и делаю два файла - оптимизированная структура ± амплитуды. Так вот полученные структуры, по моему представлению, слишком явно должны сойтись к крайним структурам.

И вот вопрос: надо ли мне успокоиться, или, может, амплитуды надо было прибавлять/вычитать, умножив их предварительно, скажем, на 0.1? Они там в ORCA пронормированы с учетом масс атомов...

These modes are the cartesian displacements weighted by the diagonal matrix
M(i,i)=1/sqrt(m) where m is the mass of the displaced atom
Thus, these vectors are normalized but *not* orthogonal

[Гесс]

Я бы просто из визуализации брал "малое смещение" в каждую сторону и даже не заморачивался бы с "амплитудами".

[RAS]

Я бы просто из визуализации брал "малое смещение" в каждую сторону и даже не заморачивался бы с "амплитудами".

Это как, простите, не понял? Я визуализирую Кемкрафтом или Авогадро. Беру оптимизированную структуру и смещаю? Но как смещать вручную, чтобы соответствовало мнимой частоте? Просто на-глазок?

[amge]

Это как, простите, не понял?

Очень просто! Визуализируете мнимую частоту. Если при колебании система движется так, как вы ожидаете для своей реакции, то, скорее всего, все в порядке. Но в сложных случаях, бывает, без IRC не обойтись.

[Гесс]

Я бы просто из визуализации брал "малое смещение" в каждую сторону и даже не заморачивался бы с "амплитудами".

Это как, простите, не понял? Я визуализирую Кемкрафтом или Авогадро. Беру оптимизированную структуру и смещаю? Но как смещать вручную, чтобы соответствовало мнимой частоте? Просто на-глазок?

В общем да. Можно поставить малую интенсивность колебаний, по идее ваш результат будет похож на

амплитуды надо было прибавлять/вычитать, умножив их предварительно, скажем, на 0.1

просто вы уже на глаз будете видеть что вы недалече от ПС.

Визуализируете мнимую частоту. Если при колебании система движется так, как вы ожидаете для своей реакции, то, скорее всего, все в порядке.

+1

Но в сложных случаях, бывает, без IRC не обойтись.

я не помню есть ли в орке IRC. Если нет то оптимизация будет удовлетворительной заменой, красивой кривой конечно не получится но скорее всего удастся пройти по изогнутому ущелью в то т же минимум.

[RAS]

Всем спасибо!

Колебание я визуализировал сразу, там всё красиво до жути. А вот IRC в ОРКЕ, к сожалению, нет, а хочется "контрольный выстрел", посему я и оптимизирую смещенную конфигурацию. Вот тут то я и боюсь уйти слишком далеко от оптимизированного ПС. Так что вот решил, что если с целыми амплитудами будет все в порядке, то повторю с в 10 раз меньшими.