Нужна помощь

[Артем.]

Я студент учусь на химфаке. Занимаюсь научкой, цель которой я щас четко не сформулирую, но суть в том, чтобы выявить закономерности в масс спектрах синтетических каннабиноидов и затем сформулировать аппарат для индетификации новых каннабиноидов по спектрам. И мне нужно доказать на какие части расщепляется молекула к примеру

Безымянный.png

И мне попалась в руки программа Gaussian, но я не знаю как правильно задать входной фаил. (какой метод, базис и все остальное) Чтобы вычислить минимальную энергию и оптимизировать правильно ион. И вообще можно ли предсказать как будет перегруппировываться этот ион в ходе отщепления.

Сам я пытался задать входной фаил, читал литературу, но все равно не совсем понимаю. В универе программой никто не владеет и знакомых таких у меня тоже нет. Поэтому прошу проконсультировать меня по этому вопросу, если не сложно.

[Гесс]

Ух. Счас я по пьяни развернусь.
1) Гауссиан самая стандартная и типичная программа расчетов квантами кем угодно и чего угодно. Очень странно что где бы то нибыло нет никого с ней незнакомого. Однако см ниже - если кто либо считает у вас Природой, Оркой или хотя бы Гиперхемом - присоединяйтесь, хуже не будет.
2) Гауссиан платная программа. Разумеется вы могли достать "почти легальную версию". Разумеетя для себя вы ей можете считать что угодно и как угодно. Публикация результатов с указанием того что они были получены в гауссиане может вызвать проблемы.
3) Гауссиан не посчитает за вас пути фрагментации. Мне вообще неведом софт который бы сам предсказывал фрагментацию.
4) Гауссиан очень покладист в отношении инпута. Ему можно заказать любую дурь. Типичный инпут от людей далеких от квантовой химии (и не только, и от меня иногда тоже) содержит B3LYP в роли метода и 6-31G или cc-pVDZ в роли базиса. Инпут может выглядеть как
#P Opt B3LYP/cc-pVDZ

Write something

0 1
Координаты

Две пустые строки после координат

Первая цифра (0) соответствует нулевому заряду частицы, вторая - мультиплетности - 1 - синглет, 2 - дублет, 3 - триплет.

P.S. Название темы - вне зла и добра.

[ihammers]

1) Гауссиан самая стандартная и типичная программа расчетов квантами кем угодно и чего угодно. Очень странно что где бы то нибыло нет никого с ней незнакомого. Однако см ниже - если кто либо считает у вас Природой, Оркой или хотя бы Гиперхемом - присоединяйтесь, хуже не будет.

Когда я начинал заниматься расчётами, то у нас в университете не было расчётчиков из первых принципов, были другие. И поэтому приходилось изучать самому, благо много свобонного ПО: PSI4(тогда ещё версия была PSI3), MPQC, NWChem и др.

По поводу поставленной проблемы: если в начале испытываете трудности в построении входных файлов, то не отчаивайтесь. Посмотрите в сторону Gabedit, Avogadro или ChemCraft для создания простейших входных файлов. Постарайтесь сформулировать задачу(цель) более конкретнее, определитесь для начала с какой теорией будете работать: HF, DFT (чистый функционал), DFT(B3LYP - гибридный функционал), CCSD или другие. Также стоит посмотреть в других статьях используемые базисы. Чаще всего, чем больше базис тем точнее результат и тем затратный по времени расчёт. Так что здесь нужно найти компромисс (если конечно у вас нету "спечифичных" атомов).

Для первичных расчётов используйте "легкие" базисы. Например для первичной оптимизации геометрии MOPAC2016. Данная программа поддерживает расчёты на CUDA, но только если количество атомов больше 100. После чего "приближенную" геометрию используйте для Кв.хим. расчётов.

[VIPer]

3) Гауссиан не посчитает за вас пути фрагментации. Мне вообще неведом софт который бы сам предсказывал фрагментацию.

что несколько странно, согласитесь. в принципе во всех учебниках пишут, что сначала молекула получает некую избыточную энергию, часто (но не всегда) происходит отрыв внешнего электрона с образованием катион-радикала, а далее, если энергии приложено достаточно, разрываются наименее прочные связи в молекуле. прочность связей коррелирует с межатомным расстоянием и порядком связи. закономерности путей ионизации известно довольно много. всё это подчиняется закону сохранения заряда (хотя частенько в статьях каких только не встретишь небылиц в схемах фрагментации). т.е. в принципе однозначно вычислить фрагмент и оставшийся кусок по идее не должно представлять каких-то проблем, а дальше можно просто те же куски инкрементно в свою очередь также считать и определять в них уже наименее прочные связи и т.д. я несколько лет назад как-то тоже думал, что всё наверняка уже сделали за нас, и нужно только софт поискать. что-то такое находилось даже, но либо в зачаточном состоянии, либо в слишком полуфабрикатном))
к тому же плюсом к расчётному методу - появится хоть какое-то обоснование структур конкретных фрагментов, т.к. сейчас уже на них смотрят с некоторой долей скепсиса, если только они не были доказаны МСМС или МС большего порядка соответственно.
всё же послежу за темкой, может быть, где-то всплывёт полезный софт

[Shorku]

Так-то молдинамика, но опять же надо много довольно длинных траекторий причем с аб иницио молдинамикой и понимание того, с какими состояниями надо работать. Довольно недешевая и муторная задача. Литературу-то искали?

а далее, если энергии приложено достаточно, разрываются наименее прочные связи в молекуле. прочность связей коррелирует с межатомным расстоянием и порядком связи.

так-то оно так, да чаще всего, на мой необразованный взгляд, должен быть набор продуктов и несколько путей, так что про однозначность тяжело говорить. К тому же что куда свалится должно зависеть от того, в основном оно или в каком-то из возбужденных состояний окажется.

И вообще, гугл в помощь, например на превой же странице: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... .4163/full