Всем доброго дня.
подскажите пожалуйста, задаю расчет в гауссиан09 через некоторое время (2-3 дня) расчет вылетает. Может кто подскажет в чем закралась ошибка?! Gjf и log прилагаю. Спасибо.
Расчет в Gaussian, в чем ошибка?
Расчет в Gaussian, в чем ошибка?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Расчет в Gaussian, в чем ошибка?
Почему конкретно падает сказать не могу судя по отсутствию жалобы в конце файла причина в чем то внешнем - нехватка памяти, таймлимит или еще чтото такое.
На мой взгляд такую межмолекулярку надо считать с дисперсионными коррекциями. Соответственно нужен D-релиз Gауссиана или Orca.
И чисто на всякий случай - конформация из чего то типа конформационного поиска или МД или "наобум"?
На мой взгляд такую межмолекулярку надо считать с дисперсионными коррекциями. Соответственно нужен D-релиз Gауссиана или Orca.
И чисто на всякий случай - конформация из чего то типа конформационного поиска или МД или "наобум"?
Re: Расчет в Gaussian, в чем ошибка?
модель взята после оптимизации в мопаке. Вариант без растворителя досчитался до спектра. Этот вариант уже 3 раза запускал, но постоянно вылетает.
Re: Расчет в Gaussian, в чем ошибка?
Всмысле без ацетона? Судя по сходимости оно у вас не очень то намеренно сходться. И я грешу именно на неучет нековалентного взаимодействия с ацетоном.Rupreht писал(а):Вариант без растворителя досчитался до спектра.
Re: Расчет в Gaussian, в чем ошибка?
Вопрос правомерный. Поскольку я фанат поиска конформеров, запустил его у себя (без ацетона, разумеется) молекулярной механикой тинкером. На первых же шагах нашелся конформер на 7 ккал более стабильный, чем стартовый. Но полный поиск будет только завтра (надеюсь).Гесс писал(а):И чисто на всякий случай - конформация из чего то типа конформационного поиска или МД или "наобум"?
Так что если стартовая конформация была взята "наобум" (не из рентгена, например, а просто нарисована), то, боюсь, счет квантами был в значительной мере бессмысленным.
PS Поиск завершился, выкладываю (первая сотня самых стабильных конформеров и исходный (в конце). Конкатенированный xyz).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 25 гостей