Зацикливание при сканировании ППЭ (Гауссиан)

[Mojahed]

Доброго времени суток, уважаемые форумчане!

В процессе многосуточного сканирования ППЭ по двум координатам (# opt=modredundant b3lyp/3-21+g geom=connectivity) на пред-предпоследней точке при оптимизации геометрии произошло зацикливание: параметры сходимости меняются периодически и почти никуда не движутся. Расчет еще идет, но, чувствую, что если оставить считаться до предельного количества шагов, то через n часов он просто закончится с ошибкой. Насколько я понял, данные для построения ППЭ собираются в кучу после обсчета всех точек, пишутся в конец .log-файла (и потом их можно скормить Гауссвью), и чтобы это произошло, расчет должен завершиться нормально (я нуб и ППЭ раньше не сканировал, может что-то неверно понял). Мне хочется получить эту поверхность в виде красивой картинки (да, вставить в диссер, ну и попробовать поискать ПС и обсчитать путь реакции если получится). Как быть в таком случае?
Поискав по Сети, нашел только что Серба-Мирошниченко советуют если такое случается при простой оптимизации геометрии изменять алгоритм поиска минимума энергии, но в моем случае ведь сделать такое не получится? А если даже получится, расчет другим алгоритмом не сделает ли эту точку непоказательной?

Код: Выделить всё

Step number 132 out of a maximum of  174 on scan point   119 out of   121
Maximum Force            0.049642     0.000450     NO 
 RMS     Force            0.003808     0.000300     NO 
 Maximum Displacement     0.041522     0.001800     NO 
 RMS     Displacement     0.003766     0.001200     NO  

Step number 131 out of a maximum of  174 on scan point   119 out of   121
 Maximum Force            0.012469     0.000450     NO 
 RMS     Force            0.000957     0.000300     NO 
 Maximum Displacement     0.041340     0.001800     NO 
 RMS     Displacement     0.003764     0.001200     NO 

Step number 130 out of a maximum of  174 on scan point   119 out of   121
 Maximum Force            0.049642     0.000450     NO 
 RMS     Force            0.003808     0.000300     NO 
 Maximum Displacement     0.041522     0.001800     NO 
 RMS     Displacement     0.003766     0.001200     NO 

Step number 129 out of a maximum of  174 on scan point   119 out of   121
Maximum Force            0.012469     0.000450     NO 
 RMS     Force            0.000957     0.000300     NO 
 Maximum Displacement     0.041332     0.001800     NO 
 RMS     Displacement     0.003764     0.001200     NO 

[Гесс]

Энергия осциллирует?
Почему не получится? Создайте новый расчет со всего одной точкой с двумя констрейнутыми координатами и сделайте ее оптимизацию. Возможно поможет легкий дисплейсмент геометрии, или несколько иначе обсчитанный SCF. Это позволит ограничиться всего 1 расчетом. Если нет - то предоптимизируйте геометрию другим манером/методом/базисом и перескормите в расчет геометрию и guess.
Незнаю как это реализуется в гаусвьювере, но двухмерник по энергиям точек можно посторить в экселе/ориджине, ну либо пойти на мухлеж и редактировать аутпут, заменив несведение точки на "нормальное завершение".

[Mojahed]

Да, энергия, увы, тоже осциллирует:

Код: Выделить всё

Step 132 SCF Done:  E(RB3LYP) = -758.374032179
Step 131 SCF Done:  E(RB3LYP) = -758.373149918
Step 130 SCF Done:  E(RB3LYP) = -758.374031784 
Step 129 SCF Done:  E(RB3LYP) = -758.373149531 

То есть, останавливаю расчет, досчитываю оставшиеся точки по отдельности, меняя алгоритм Berny на что-нибудь другое (и делаю другие указанные Вами действия в случае необходимости), потом копирую результат в 40+ Мб .log-файл моего текущего расчета и затем по нему строю поверхность.
В экселе/ориджине? Руками в смысле доставать значения энергии?

[Гесс]

алгоритм берни не влияет напрямую на сведение оптимизации. Поэтому scf=qc может помочь скорее случайно, если SCF будут выконверживаться ниже и глаже.
Стоит ли убивать? - Смотря сколько SCF осталось до падения этой точки, дальше гауссиан скорее всего пойдет по другим точкам даже если эта не свелась. Уже не помню, давно не делал сканы.
Ну прям там руками. grep ните правильную фразу и получите свои 121 энергию.
Редактировать лог надо будет аккуратно, обязательно сохраните копию исходного. Ибо визуализаторы ищут разные фразы в аутпуте и при вставке одного аутпута целиком во второй скорее всего нифига не зафурычит.

[Mojahed]

Мой расчет завершился! Спасибо за помощь, Гесс!
Я решил не убивать расчет и дождаться, пока он доосциллирует до следующей точки. Точка ожидаемо не свелась, и, действительно, написав в аутпут:
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 174
-- Flag reset to prevent archiving,
Гауссиан пошел считать следующую.
Оставшиеся две точки под мои камлания обсчитались за нормальное число шагов, и хотя за 5 суток я довольно хорошо изучил формат аутпута и был морально готов править его, делать этого не пришлось. На ППЭ косячная точка тоже отобразилась, видимо была взята средняя энергия соседних точек.

[VTur]

Точка отобразилась с той энергий, с которой была рассчитана. Роли такие точки никакой не играет. Если будете аппроксимировать свое сечение ППЭ, то все небольшие выбросы автоматом сгладятся.