substructure search - connectivity matrix

[YuraM]

Добрый день,
Я заинтересован в поиске подструктур в молекулярных структурах. В начале у меня есть координаты XYZ небольшой субструктуры и XYZ координаты большой структуры. Для обоих видов я могу сначала построить так называемые матрицы connectivity (http://www.ccl.net/cca/documents/molecu ... node3.html). Тогда вопрос в том, как использовать эти матрицы для определения того, содержит ли структура подструктуры. Кто-нибудь известно о алгоритма или кода, который может работать на этих двух матрицах? Я нашел некоторую информацию оb Ульмана алгоритмов и т.д., но они полны теории графов и математики.
Любые ссылки на введений, библиотеки и коды очень ценятся. Можно ли избежать так называемых SMILES? Потому что один из вопроса будет правильно преобразовать XYZ к этим SMILES.

спасибо!

[uchebnik fiziki]

А в чём проблема использовать уже написанный код подструктурного поиска, доступный в различных библиотеках? В той же CDK, например? или OpenEye Toolkits?

[YuraM]

Спасибо за ответ, проблема будет с неорганическими соединениями. Программы упомянутые Вами работают с SMARTS и SMILES - поэтому существует проблема перевода XYZ в SMILES & SMARTS correctly. Это не так просто. Тот же babel часто не првильно соединяет атомы.

Конечно можно попробовать давать babel XYZ файлы с connectivity - и надеятбся что resulting SMARTS/SMILES will be correct.

[VTur]

Наиболее простой способ - использовать теорию графов. Для нее не нужно знать длины связей и величины углов, только возможные валентности и предельная дальность расположения атом друг относительно друга.

[uchebnik fiziki]

Спасибо за ответ, проблема будет с неорганическими соединениями.

Это понятие растяжимое.

Программы упомянутые Вами работают с SMARTS и SMILES - поэтому существует проблема перевода XYZ в SMILES & SMARTS correctly. Это не так просто. Тот же babel часто не првильно соединяет атомы.

Конечно можно попробовать давать babel XYZ файлы с connectivity - и надеятбся что resulting SMARTS/SMILES will be correct.

Вообще-то подструктурный поиск требует обязательного наличия информации о связности. Это же по определению задача поиска подграфа, поэтому если нет графа, нет подструктурного поиска. И программы работают не со смайлс/смартс, а с молекулярными графами; смайлс/смартс -- всего лишь один из видов записи их.

Зачем пользоваться ущербным форматом файлов, не содержащим информации о связности молекулы? Есть же огромное количество более адекватных форматов, тот же SDF.