вскрытие показало...
1) травис есть как под линукс так и под винду. (рекомендован линукс, но каждый
как хочет)
2) "интерфейс" - диалоговый. (это было столь неприятное открытие, что Гесс прекратил вскрытие на день, но как оказалось впоследствии - не в пример лучше define турбомоля.)
2.5) загрузить xyz-траекторию не находящуюся в папке трависа не удалось ни по С:\адрес ни по ../адрес/. Даже с -p. Так как мануал говорит что это возможно - то ли ручки кривые то ли виндовая версия.
3) диалог довольно длинный (около 20 вопрос-ответов для sdf в простейщем случае), а дефолтные предложения весьма неплохи. Поэтому возникает соблазн пробежать диалог на дефолтах (там где они доступны).
4) в этих деталях кроется дьявол. Из найденного при вскрытии:
- после осознания геометрии травис проводит перенумерацию атомов очевидно группируя эквивалентные атомы. Это приводит к траблам когда вы указываете список атомов в "reference atoms" и "Which atoms to observe".
- дефолтный ответ на этот вопрос мне кажется весьма странным: центр масс системы. Если траектория уже была обработана чем-то реориентировочным, типа скриптов amge то построенный куб очень близок к точке (всмысле содержимое cube - 99.9% нули, а при визаулизации в центре проглядывает очень компактная область размер которой практически не завсист от величины отсечки, при очень больших Isovalue область стремительно деградирует и исчезает). (UPD: кажется устарело)
- травис норовит "Perform this observation" межмолекулярно. Как это выглядит при одной данной молекуле - не проверял.
- для систем с циклами травис спрашивает не бесконечный ли полимер перед ним и дефолтный ответ - да. Что разумеется нет. (UPD: кажется устарело)
- выбор референсных атомов влияет на ориентацию и на дефолтное значение "radius of this SDF". Что харктерно - дефолт не всегда хорош, но и сильное увеличение радиуса иногда приводит к странным кубам, в которых часть с одной стороны отрезана и прилеплена к другой стороне. В качестве референсных атомов могут использоваться виртуальные, которые травис добавляет после осознания геометрии.
- на выходе генерируется куб и геометрия (xyz). какая именно геометрия - не знаю, но явно не средняя. Cube и xyz при визуализации в VMD дают согласованную картину, но вставить геометрию в куб (для удобства) требует некоторых усилий:
а) геометрию надо перегнать из ангстремов в боры (я делал кемкрафтом, аналогичный функционал помнится у ТмольХ, да хоть в экселе), при этом названия элементов - заменить их порядковыми номерами.
б) эту геометрию надо вставить вместо 0 0 0 0 0 в 7ой строке куба.
в) между номером элемента и x-координатой надо добавить еще одну колонку, в норме ответственную за заряд. 0.00 хорошее значение для всех элементов.
г) в третьей строке первый элемент (1) следует заменить на число атомов (которые вы вставили). Последующие 3 элемента трогать не стоит, это начало куба.
подробнее о формате cube расписано в OUTPUT FILE FORMATS части
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_cubegen.htm
Наверное, это действительно лучшее, что можно самому сделать не прибегая к TRAVIS-у в больших объемах. 
Урааа! И спасибо Гессу!!! 
