ParaGauss: что за зверь?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

ParaGauss: что за зверь?

Сообщение Metalian » Ср июн 08, 2016 6:33 pm

Наткнулся тут в одной из статей на софтину под названием ParaGauss. Вроде как умеет в разных видах DFT оптимизировать геометрию и искать ПС, пригоден для расчетов тяжелых элементов.
На сайте разработчиков совершенно непонятно, как данной софтиной обзавестись, но исходники двухлетней давности нашлись на Github'е (с GPL-лицензией).
Вопрос простой: софтина эта вообще стоит того, чтобы ее пробовать? Может, у кого-нибудь был опыт работы с ней?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ParaGauss: что за зверь?

Сообщение Гесс » Ср июн 08, 2016 8:15 pm

Опыта работы с ней у меня нет.
Чтобы получить ее надо очевидно писать письмо Рошу
roesch псина theochem.tu-muenchen.de
Все известные мне проги для получения которых нужно писать письма авторам - бесплатны, так что я бы был по этому вопросу оптимистичен.
Менее понятный для меня вопрос "Зачем?". За последние 5 лет я нагреб и установил кучку разных пакетов, всегда по одной и той же причине: уже имеющиеся у меня пакеты не имели фичи которую я хотел от нового пакета.
Мне не ясно является ли ПараГаусс плосковолновым кодом (подозрение растет из https://www.lrz.de/services/compute/sup ... h_2014.pdf) но имхо таки нет. (Ксати довольно неожиданно но Парагаусса не наблюдается даже на мюнхеновском суперкластере LRZ)
В таком случае основная фишка которую я вижу у кода - очень хорошая параллельность. Хорошая параллелизация на 2000 ядер - это внушительный аргумент. Вы сможете использовать эту фишку - у вас есть в наличии сервер на котором вы при необходимости сможете заказывать хотя бы 500 ядер? (до 500 каким то боком параллелится и природа, насколько эффективно у меня руки не дошли проверить). Если да, то да, вероятно игра стоит свеч или можно позырить в BigDFT который я тоже никогда не пробовал. Если нет - то чего нехватает в ORCA, Priroda, Firefly, PSI4, CFOUR, ACES и далее по списку из википедии?

Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: ParaGauss: что за зверь?

Сообщение Metalian » Чт июн 09, 2016 10:58 am

Скажем так... В Природе есть странный и редкий глюк: на отдельных структурах, которые должны быть минимумами, вылезают мнимые колебушки больше 100iсм-1, зажав же grid до 1e-10, можно убрать, как правило, совсем мелкие мнимые колебушки, крупные чаще всего остаются. При этом попытки поиска ПС из них уводят далеко, и туда, где если и есть мнимые колебушки, то совсем другого характера. Диме несколько раз писал, но он, к сожалению, ничего конкретного мне на это не ответил.
Ну и функционалов не так много в Природе.
Но вообще да, наверное, лучше стоит все же попробовать ORCA, не только же в Природе и Firefly считать.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: ParaGauss: что за зверь?

Сообщение amge » Чт июн 09, 2016 2:18 pm

Metalian писал(а):В Природе есть странный и редкий глюк: на отдельных структурах, которые должны быть минимумами, вылезают мнимые колебушки больше 100iсм-1
Глюк действительно редкий - мне такого наблюдать не приходилось. Примерчик не дадите?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ParaGauss: что за зверь?

Сообщение Гесс » Чт июн 09, 2016 2:24 pm

Да, орка это мощная прога, хотя мое знакомство с ней началось крайне через жопу. Функционалов в ней вшито много, навскидку больше чем в Гауссиане, из того чего там нет, а мне хотелось - LC-BOP-LRD (Gamess), Hyper-GGA functionals, vdW-DF-*. Если упор стоит на максимально широком ассортименте функционалов то это скорее всего Q-Chem, но он не бесплатный. Парагаусс судя по описанию не так чтобы и сильно богат функционалами.
Относительно колебаний в Природе - если уж Лайков не в силах, то наверное сушите весла. Особенно "по фотографии".
Колебания кстати иногда заметно отличаются в разном софте, я когда то сравнивал на добротном MP2 несколько-иновую систему, в PSI4, MOLPRO и Гауссиане. Скажем так - совпало далеко не все и не везде, причем сказать что ктото один врет нельзя, они все три разные (похожие но далеко не идентичные).

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя