CBS-4 расчет энергии ГИББСА

[Wolf1]

Возникла такая проблема. Необходимо посчитать энергию Гиббса. В helpe для Gaussian нашел, что можно посчитать включив расчет CBS.
Ниже мой инпут файл:

#T CBS-4

1

0 1
7 0 1.521794 -2.181167 -0.164800
6 0 2.320046 -2.014457 1.074539
6 0 3.704253 -2.518976 0.632413
6 0 3.357073 -3.738741 -0.250320
6 0 2.012185 -3.343861 -0.940803
15 0 0.964166 -0.762247 -0.855231
7 0 1.977780 0.166709 0.151775
6 0 2.257801 -0.516612 1.429562
6 0 2.210915 1.545276 0.005103
6 0 2.424071 2.373306 1.102696
6 0 2.673486 3.724757 0.931168
6 0 2.703537 4.284177 -0.330117
6 0 2.485052 3.466726 -1.428177
6 0 2.248525 2.118482 -1.268604
8 0 -0.466630 -0.504901 -0.110025
6 0 -3.891738 -1.178977 0.064523
6 0 -2.575312 -1.747761 -0.518604
6 0 -1.736640 -0.468378 -0.811133
6 0 -2.633400 0.685208 -0.297716
6 0 -3.757055 0.782519 -1.367955
6 0 -4.625605 -0.498756 -1.119910
6 0 -1.877665 1.981248 -0.052060
6 0 -3.392453 0.032243 0.902574
6 0 -4.537867 0.891665 1.469747
6 0 -2.492352 -0.366397 2.087772
1 0 1.928222 -2.620924 1.881047
1 0 4.347878 -2.776268 1.463561
1 0 4.174040 -1.746180 0.035458
1 0 4.129845 -3.958783 -0.974116
1 0 3.209541 -4.613002 0.371765
1 0 1.306722 -4.162836 -0.907549
1 0 2.169265 -3.064988 -1.974737
1 0 3.202100 -0.177048 1.832706
1 0 1.472482 -0.328423 2.153223
1 0 2.384224 1.971891 2.093276
1 0 2.835419 4.339156 1.795207
1 0 2.892646 5.330697 -0.459170
1 0 2.509860 3.880411 -2.417319
1 0 2.101949 1.496857 -2.127516
1 0 -4.486070 -1.903264 0.603351
1 0 -2.041395 -2.356909 0.195142
1 0 -2.752207 -2.335363 -1.410956
1 0 -1.534637 -0.344150 -1.867427
1 0 -4.337399 1.684502 -1.227894
1 0 -3.343371 0.812183 -2.368887
1 0 -4.654297 -1.145963 -1.987363
1 0 -5.644701 -0.240166 -0.866213
1 0 -2.547605 2.755789 0.305197
1 0 -1.091003 1.830154 0.673207
1 0 -1.417936 2.333963 -0.970652
1 0 -5.082368 0.318915 2.214509
1 0 -4.134456 1.770905 1.960477
1 0 -5.242763 1.219185 0.720089
1 0 -1.584463 -0.845083 1.766777
1 0 -3.039437 -1.026804 2.754575
1 0 -2.217692 0.519514 2.651885

На следующий день он перешел на следующий этап и выдал
------------------------------------------
#T Geom=AllCheck Guess=TCheck MP4SDQ/6-31G
------------------------------------------
-
1
-
Redundant internal coordinates taken from checkpointfile:
gxx.chk

и концовка

Rotational constants (GHZ): 0.2668262 0.1658851 0.1203325
Isotopes: N-14,C-12,C-12,C-12,C-12,P-31,N-14,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,
O-16,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,C-12,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H
-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H
-1,H-1,H-1,H-1,H-1
291 basis functions 698 primitive gaussians
97 alpha electrons 97 beta electrons
nuclear repulsion energy 2574.5915420326 Hartrees.
Initial guess read from the checkpoint file:
gxx.chk
SCF Done: E(RHF) = -1337.30916841 A.U. after 13 cycles
Convg = 0.6233D-08 -V/T = 1.9989
S**2 = 0.0000
NROrb= 262 NOA= 68 NOB= 68 NVA= 194 NVB= 194

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.10796853D+02

Semi-Direct transformation.
ModeAB= 4 MOrb= 32 LenV= 37915903
LASXX= 249322459 LTotXX= 249322459 LenRXX= 504178061
LTotAB= 254855602 MaxLAS= 592791768 LenRXY= 0
NonZer= 753500520 LenScr= -979316964 LnRSAI= 278960832
LnScr1= 456357151 MaxDsk= 262144000 Total= 260179080
SrtSym= T ITran= 3
File extend in NtrExt1 failed

Что это и как исправить? Возможно я вообще не правильно подошел к задаче. Как лучше рассчитать энергию Гиббса?

[Nord]

Я думаю, просто задача потребовала слишком много памяти.
почти 300 базисных функций в MP4(SDQ) - это требует солидного кластера и приличных объемов памяти (и диска).

Вообще Вы хорошо понимаете, что такое схема CBS?

[Wolf1]

Со схемой CBS встретился впервые. Просто в помощи сказано, что она позволяет рассчитывать энергию Гиббса.

А что это за схема?

[Darth Vasya]

CBS - это экстраполяция неполного базисного набора к предельному полному. Позволяет рассчитывать довольно точно полные энергии, но к энергии Гиббса системы отношения имеет мало. А для статфизики надо делать Монте-Карло или молекулярную динамику.

[Wolf1]

Спасибо за пояснение, но вот выдержка из помощи:

The temperature and pressure are given first, followed by the components terms of the CBS-Q energy. The second-to-last line gives the CBS-Q energy values (reading across): at 0 K and at the specified temperature (298.15 K by default). The final line gives the CBS-Q enthalpy (including the thermal correction for the specified temperature) and the Gibbs free energy computed via the CBS-Q method (i.e., the CBS-Q energy including the frequency job free-energy correction). All of the energies are in hartrees.

Исходя из написанного и был сделан вывод о применимости метода для расчета энергии Гиббса.

[Darth Vasya]

Очень интересно. Только выводы надо делать из математики, испольщуемой в методе. Потому как энергии Гиббса бывают разные.

[Nord]

Схемы CBS предназначены для получения "химической точности" в оценках теплот превращений и высот реакционных барьеров, однако следует помнить, что эти схемы включают более или менее вычислительно трудные схемы + экстраполяции.
В этой статье описаны различные схемы.

Обратите внимание, что все они предназначены для оценок теплот и барьеров газофазных превращений, посему реакционные характеристики могут сильно отличаться от экспериментальных, определяемых при наличие растворителя.

А диагноз мой остался прежним: скорее всего, Вам не хватило расчетных мощностей, видимо, дисковой памяти.

[Wolf1]

Спасибо за помощь. Буду разбираться.

[VTur]

Энергию Гиббса рассчитывать с помощью CBS, G-n, W-n безполезно, так как она включает энтропийное слагаемое. Для последнего нужны правильные частоты, хорошая геометрия и потенциальные функции внутреннего вращения. Правда, следует спросить: с какой точностью все требуется?

[Yurii]

Как я понял, у Вас 98 gaussian. Во-первых необходимо считать спектр (Freq=NoRaman), чтобы убедиться, что Вы действительно нашли минимум. Т.к. спектр Вы не считаете, то думаю, что с RAM памятью все в порядке. Но CBS требует очень много дисковой памяти (я посмотрел на входной файл и пришел к выводу, что это многократно более 2 Gb). Поэтому Вам необходимо несколько файлов по 2Gb. В хелпе написано, как это делается. Но боюсь, что для Вашей задачм и этого не хватит. Думаю, что эту задачу необходимо считать под EM64T (скорость счета в 6 раз больше, чем на P4 3.6 GHz и проблем с дисковой памятью не возникнет: см. тему "Применение Gaussian для расчета на 1 компе больших молекул" на этом форуме).

[Nik®]

Как я понял, у Вас 98 gaussian.

и хотелось бы отметить, что больше 16 ГБ дисковой памяти он не возьмет.

[Yurii]

Как я понял, у Вас 98 gaussian.

и хотелось бы отметить, что больше 16 ГБ дисковой памяти он не возьмет.

Т.к. CBS-4 в g03 нет (там есть модифицированные названия), то я и догадался, что используется g98. Из-за того, что больше 16 ГБ дисковой памяти в g98 нельзя изпользовать, я и написл: "В хелпе написано, как это делается. Но боюсь, что для Вашей задачм и этого не хватит.".

[Wolf1]

Что такое EM64T?

[VTur]

Как я понял, у Вас 98 gaussian.

и хотелось бы отметить, что больше 16 ГБ дисковой памяти он не возьмет.

Т.к. CBS-4 в g03 нет (там есть модифицированные названия), то я и догадался, что используется g98. Из-за того, что больше 16 ГБ дисковой памяти в g98 нельзя изпользовать, я и написл: "В хелпе написано, как это делается. Но боюсь, что для Вашей задачм и этого не хватит.".

В последних версиях g98 они есть и называются CBS-4М и CBS-4О, так что сиело считайте на g98, а пишите что на g03.

[Yurii]

Как я понял, у Вас 98 gaussian.

и хотелось бы отметить, что больше 16 ГБ дисковой памяти он не возьмет.

Т.к. CBS-4 в g03 нет (там есть модифицированные названия), то я и догадался, что используется g98. Из-за того, что больше 16 ГБ дисковой памяти в g98 нельзя изпользовать, я и написл: "В хелпе написано, как это делается. Но боюсь, что для Вашей задачм и этого не хватит.".

В последних версиях g98 они есть и называются CBS-4М и CBS-4О, так что сиело считайте на g98, а пишите что на g03.

Какой смысл? Вот я скачал кем-то переделанный gaussian под EM64T для Windows, пропустил тесты и успокоился. Печататься нельзя.

[VTur]

Как я понял, у Вас 98 gaussian.
Т.к. CBS-4 в g03 нет (там есть модифицированные названия), то я и догадался, что используется g98. Из-за того, что больше 16 ГБ дисковой памяти в g98 нельзя изпользовать, я и написл: "В хелпе написано, как это делается. Но боюсь, что для Вашей задачм и этого не хватит.".

В последних версиях g98 они есть и называются CBS-4М и CBS-4О, так что сиело считайте на g98, а пишите что на g03.

Какой смысл? Вот я скачал кем-то переделанный gaussian под EM64T для Windows, пропустил тесты и успокоился. Печататься нельзя.

Тогда считайте на g03, а пишите что на g98.