Оптимизировать водороды или нет?

[surius]

Коллеги, уже второй день терзаюсь вопросом: "Оптимизировать водороды или нет?"
Но по порядку: для объяснения происхождения сомнений - моя жена частенько работает со всякими структурами взятыми из PDB и там никогда нет водородов. Потому они их доставляют и оптимизируют только водороды, тогда как тяжелые атомы (все остальные) берутся из кристалла. Так вот эту штуку они называют экспериментальной структурой и потом сравнивают ее с расчеиными...(доставить нужное в зависимости от области ваших интересов).
В свою очередь у меня есть обычный .cif обычного соединения (20+ атомов и водороды в основном у SP2 гибридизованных углеродных атомов). И в этом сифе все водороды на своиз местах, все выглядит разумно.
Вопрос: нужно ли в последнем случае проводить такую же оптимизацию водородов или брать XYZ и вперед в бой (ну например делать QTAIM)?

заранее спасибо за помощь.

[alxyppv]

Я думаю, зависит от того, откуда там появились водороды. В последнее время я все чаще вижу струкутуры, в которых позиции водородов определяются совершенно честно из электронной плотности. В таком случае, если бы мне была нужна геометрия экспертментальной структуры, я бы не оптимизировал водроды. Если же их туда вставили "от балды", как раньше часто делалось, то тогда мне кажется оптимизация нужна.

[surius]

Я думаю, зависит от того, откуда там появились водороды. ... Если же их туда вставили "от балды", как раньше часто делалось, то тогда мне кажется оптимизация нужна.

о! а может вы тогда и подскажите как выяснить откуда они там взялись. Из доступного только .cif
по субъективным ощущениям водороды на своих местах, выглядят разумно. Довод в пользу честно измеренного положения, как по мне, говорит еще и то, что присутствующая амино группа обладает выраженной пирамидальностью. Мне так кажется что если бы просто "накидали" протонов то не стали бы заморачиваться на пирамидальность

[Гесс]

А посмотрите на длину связей водородов. Если они все одинаковые то это точно накидыалось какой то прогой. Ну или можно авторам написать.

[madschumacher]

Ой, а Вы вспомните, что расчетная структура отвечает минимуму на ППЭ, а та, что берется из кристалла, строго говоря, нет (я бы обычный порядок сдвигов назвал ~ 0.1 - 1 пм). Электронная плотность, тоже, в некотором смысле, будет усредненной по всем колебаниям. Поэтому оптимизируйте, не оптимизируйте водороды - разница будет меньше систематических погрешностей (эффекты от них навряд ли будут значимыми). Ну только если, конечно, не совсем уж бредово они расставлены. В этом случае действительно лучше оптимизировать чуть-чуть.

[surius]

В общем, посмотрел я на длины связей - они все немного да разные и адекватные и решил не заморачиваться)

Спасибо за подсказки