конвертировать в cif

[Гесс]

Есть периодический dat файл
Формат[cut]Бесполезные ключи


Символ Xкоордината 1 Yкоордината 1 Zкоордината 1
Символ Xкоордината 1 Yкоордината 1 Zкоордината 1
...
Символ Xкоордината 1 Yкоордината 1 Zкоордината 1
транзишнвектор 0 0 0 0 0
транзишнвектор 0 транзишнвектор 0 0 0
транзишнвектор 0 транзишнвектор 0 транзишнвектор 0[/cut]
который вообще неясно чем визуализировать
руками он легко допиливается до гауссианового инпута с PBC (gjf. com форматы)
Формат[cut]Стандартная шапка инпута, ключевые слова, строка комментариев

Заряд мультиплетность
Символ Xкоордината Yкоордината Zкоордината
Символ Xкоордината Yкоордината Zкоордината
...
Символ Xкоордината Yкоордината Zкоордината
TV транзишнвектор 0 0
TV транзишнвектор транзишнвектор 0
TV транзишнвектор транзишнвектор транзишнвектор[/cut]
который можно визуализировать с отрисованной ячейкой хотя бы в гаусвьювере и кемкрафте.
Но хотелось бы выконвертить в чтото визуализироемое с ячейкой в более общих форматах
- гауссовыинпуты не читаются VMD, MaterialStudio и почему то даже Бабелем.
- из гаусвьювера сохранений в форматы содержащие инфу о unitcell нет, из кемкрафта если не ошибаюсь тоже, хотя есть занятная кнопка Recount cartesian to fractional.
Оптимальным форматом для меня быо бы cif - универсален, через авогадро легко конвертируем обратно в xyz, можно делиться с экспериментаторами у которых небось меркури.

[Гесс]

Армянское радио спрашивало, армянское радио отвечает.
"Наилучший" найденный на сегодня способ:
Открываем гаусвью, Edit-PBC - вкладка Cell, там TVекторы превращены в длины и углы.
Примечание - игры с кемкрафтом создают впечатление что в кемкрафте угол между векторами a и b это альфа , в то время как в других прогах угол между этими векторами - гамма. Если не забуду кину мессадж создателю.
Открываем xyz без векторов в MaterialStudio, Build-Crystals-Build Crystal вкладка Lattice parameters, вводим туда цифры из гаусвьювера. На молекулу наложится ячейка, но она может быть коряво ориентирована, тогда надо идти в вкладку Options и играть в Orientation standard.
Результат можно экспортировать (не save as, a export !) в желаемый формат.

[Vit Nhoc]

Примечание - игры с кемкрафтом создают впечатление что в кемкрафте угол между векторами a и b это альфа , в то время как в других прогах угол между этими векторами - гамма. Если не забуду кину мессадж создателю.

Поясните, речь о cif-файлах или о простых текстовых файлах с фракционными координатами и параметрами a,b,c,alpha,beta,gamma?
Вроде Chemcraft отображает cif-файлы корректно, я же это проверял.

[Гесс]

cif - вроде как отображает, корректно, но если открыть скажем gjf с periodic boundary conditions (которые сделаны в форме 6 TV векторов а не векторов и углов) и поклацать кнопку "Recount cartesian to fractional" то кемкрафт спрашивает параметры ячейки (вектора и углы). Мне не очень понятно какой результат можно получить с этой кнопки, но я ее помусолил. Если вводить в длины векторов актуальные цифры, в ангстремах, то система схлопывается в крошечные размеры (и чем больше введенная цифирь тем жесточее схлопывается). Экспериментально найдено что в длины векторов надо вводить 1. А вот с углами еще интереснее. У меня есть ячейка с углами 90,90,96 согласно мнению гаусвьювера, да и после покрученных махинаций циф с этими параметрами выглядит правильно. Если скормить в таблицу кемкрафта эти углы - молекулу в ячейке внезапно перекашивает, зато если сказать 96,90,90 - все выглядит довольно пристойно. Правда после этого все равно в вкладке координат остаются картезианы, поэтому общий смысл кнопки до меня не дошел. Я отправлю вам на почту gjf и cif сделанный так как я описал в прошлом посте.

[Vit Nhoc]

Я не очень понял вашу задачу.
Исходный файл - там декартовы координаты?
Когда вы выбираете в Chemcraft Recount cartesian to fractional, координаты пересчитываются во "фракционные", или как они называются - это положения атомов в координатах элементарной ячейки. По идее, надо вводить в длины векторов актуальные цифры, тогда вы получите те координаты, которые печатаются (или раньше печатались) в кристаллографических статьях.
Если вам надо размножить ячейку, то сначала переведите все координаты из Cartesian во Fractional (с актуальными цифрами), потом обратно, и нажмите кнопку "Apply current structure as..." - тогда слева появится меню, где можно размножить ячейку. Я полагаю, что alpha и gamma менять не надо.
Вопрос ко всем: нужна ли пользователям Chemcraft оция "Generate .cif file"?

[Yurii]

ChemBio3D поддерживает cif формат.

[Гесс]

Большинство имеющихся у меня визуализаторов открывают cif формат.
Вопрос был в том как его создать, начиная с декартовых координат и параметров ячейки в форме векторов в декартовых эже координатах.
Из кемкрафта я fractional координаты не вытащил, то ли в силу кривизны рук то ли в силу еще чего.

Вопрос ко всем: нужна ли пользователям Chemcraft оция "Generate .cif file"?

Я бы предложил это спросить в теме по кемкрафту, думаю туда заглядывает больше народу.

Vit Nhoc - до вас мои файлы не добрались? я посылал дважды но оба раза получал странные сообщения об ошибках в отправке файла который не крепил.

[Yurii]

ChemBio3D содержит SDK в виде ChemScript.

[Vit Nhoc]

Большинство имеющихся у меня визуализаторов открывают cif формат.
Вопрос был в том как его создать, начиная с декартовых координат и параметров ячейки в форме векторов в декартовых эже координатах.
Из кемкрафта я fractional координаты не вытащил, то ли в силу кривизны рук то ли в силу еще чего.

[]Я бы предложил это спросить в теме по кемкрафту, думаю туда заглядывает больше народу.

Vit Nhoc - до вас мои файлы не добрались? я посылал дважды но оба раза получал странные сообщения об ошибках в отправке файла который не крепил.

Файлы добрались. Так вы не ответили на мой вопрос - вам нужны именно фракционные координаты, или нужно размножить ячейку? Вы пробовали сделать как я написал выше?

[Гесс]

Размножение ячейки в кемкрафте идет хорошо, в том числе и из gjf формата. А вот фракционные координаты мне получить не удалось, Recount cartesian to fractional как то со мной совсем не дружен... Да пробовал, счас попробую еще раз, я пока ставлю новую версию ChemBio3D потому как в упор не понимаю чем она мне может помочь.

[Гесс]

Попробовал еще раз. Билд 486.
Для введения актуальных длин и углов все равно приходится брать цифры из Гаусвьювера потому как в кемкрафте я длин этих визуализированных (Show lattice vectors) векторов не нашел.
"Recount cartesian to fractional" - При введении в качестве длин векторов актуальных чисел (больше 1) происходит сжатие структуры, тем большее чем больше введенное число. То же самое происходит при использовании кнопки "Recount current structure to fractional coordinates" из меню "Crystallography tools" в левой нижней части экрана. При введении единиц в роли длин - нормально.
При введении углов альфа бета и гамма в том порядке как они даются гаусвьювером и записываются в реальных cif файлах - структуру перекашивает (то что рвутся все связи это не проблема, но я получаю структуру с некорректными углами по сравнению с исходной, во вроде как корректной ячейке). Этого не происходит если вводить величину гамма в ячейку альфа (как вы можете видеть в моей тестовой системе альфа и бета равны между собой и равны 90 градусам, так что я не знаю, какой порядок введения правилен: гамма-альфа-бета или гамма-бета-альфа).
Могу прислать в картинках если это не воспроизводится из моего gjf файла.

[Vit Nhoc]

Мне кажется, вы неправильно понимаете смысл фракционных координат. Это координаты от 0 до 1, показывающие какое место атом занимает в элементарной ячейке.
Конечно, структура во фракционных координатах выглядит перекошенной и очень сжатой (если вводить правильные значения a,b,c). Поэтому и связи в Chemcraft для такой структуры не пересчитываются.
Объясните, зачем вам нужны эти фракционные координаты?

[Гесс]

я расчитывал использовать их в сохранении файла в каком либо распространенном кристаллографическом формате.
Ибо посылать экспериментаторам гауссиановские инпуты довольно тупо, а прочие варианты сохранения сохраняют структуру а не ячейку.

[Vit Nhoc]

Попробуйте послать им эти самые фракционные координаты, сгенерированные в Chemcraft, плюс параметры ячейки. Я вроде видел кристаллографические статьи, где публиковались именно такие данные.

[Гесс]

Я наверное таки туплю - а где их взять то, фракционные? Ну ввел я параметры ячейки, нажал кнопку, структура провернулась, лишилась связей а координаты то где? Во вкладке Coord по прежнему картезианы.

[Vit Nhoc]

Вы ввели правильные параметры a,b,c? Если да, после нажатия Ok молекула должна съёжиться, все координаты будут в пределах от 0 до 1. Это и есть фракционные координаты, они должны быть доступны во вкладке Coord.

[Гесс]

Ах вот оно че, визуальное сьеживание молекулы при сохранении векторов исходной длины - это так задумано!
Извиняюсь, не сообразил.
Ну я попробовал использовать эти фракционные координаты в вручную сделанном .cif (там добавляется однообразная шапка и пара неинтересных колонок). Циф открылся, и судя по всему я был неправ косясь на замену углов, альфа-гамма углы правильные, но гдето чего то всеравно нехватает:

chemcraftfractional.jpg

(Картинка из меркури, циф созданный через материал студию как описано в моем втором сообщении - корректный)

[Vit Nhoc]

Чего именно не хватает? Вы о том, что предпочли бы чтобы весь порфирин влез в ячейку? По-моему, тут всё в порядке.

[Гесс]

Он провернут в ячейке, так что не стыкуется сам с собой. Результат через материалстудию вот:

matstud.jpg

[Vit Nhoc]

Ай-ай-ай, это страшный косяк если Chemcraft неправильно строит ячейки. Вы хотите сказать, что Chemcraft некорректно отображает циф сгенерированный в материал студио?