[Guide] кристаллы в Matstudio

[Гесс]

Не особо вероятно чтоб это кому то понадобилось, но вдруг... К тому же я сам забуду как я это делал.
Говорю сразу, задача крайне спечифична.
НЕинтересная предистория. [cut]Жил-был кристалл covalent organic framework, они выглядят как лежащие друг на друге слои (как графит). В каждом слое есть линкеры обладающие некоей подвижностью и (не будем лезть глубоко в причины) "потому что мне захотелось" из кристалла был вырезан слой, в виде Cleave Surface, который отжигался в форсайте (всмысле Simulated annealing). Было найдено несколько минимумов и теперь встала обратная задача - собрать из "типаоптимизированных" слоев в вакууме (отличаются поворотом линкеров) опять кристалл, для оптимизаций уже кристаллов.[/cut] Превратить surface (параллелограммная ячейка) в ячейку кристалла типа прямой паралелепипед - довольно просто: Build-Crystals-Build Vacuum Slab, указываем vacuum thickness 0, игнорим появляющееся предупреждение о том что атомы могут начать налезать и получаем типа кристаллическую ячейку. Проблема состоит в том что ячейка не должна быть прямым параллелепипедом, а просто параллелограммом, то есть углы альфа и бета не обязаны быть равны 0. А когда они равны 0 то повернувшиеся при отжиге слоя линкеры начинают тесно взамиодействовать друг с другом. Лечится это на словах очень просто - надо подкрутить альфа и бета и всё. На практике выясняется что есть 3 интуитивно подходящих меню:
Build-Crystals-Rebuild Crystals вкладка Lattice parameters
Build-Symmetry-Redifine lattice
и Build-Symmetry-Lattice parameters которая также есть в контекстном меню от правого клика по полю рабочего окна.
Для поставленной задачи подходит только третий вариант и то не так просто.
Сначала надо пойти во вкладку Advanced, поменять ориентацию на A along X, B in XY plane (это не критично но удобнее в результате) и принципиально - убрать галочку из Keep fractional coordinates fixed during changes to lattice. Иначе наклоняя ячейку мы начнем корежить и структуру не приближаясь при этом к цели.
После этого можно менять углы во вкладке Paramaters
Контроль того что все получилось осуществляется построением суперячейки Build-Symmetry-Supercell