Не оптимизируется комплекс с Co

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение AlexKsen » Ср дек 14, 2016 7:55 pm

Уважаемые форумчане, здравствуйте. Gamess US не оптимизирует комплекс. Хотя сначала провожу первичную оптимизацию HF/3-21G, но все равно расчет прерывается на 100 минутах. Не могу понять в чем причина. Прикрепляю OUT https://cloud.mail.ru/public/Pyyq/AXqqBmerH

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Ср дек 14, 2016 8:18 pm

математический ответ (точный и бесполезный) - оно не смогло сконвергироваться (scf процедура не сошлась).

более полезкый (имхо) ответ - это очень хорошо что оно упало сразу а не начало пытаться оптимизироваться. Ваш DABCO вывернут наизнанку. Поправьте его и возможно предоптимизируйте систему молдинамикой или полуэмпирикой (но осторожно, посматривая на результат, и то и другое может изгавнить порфирины). Переходя на более высокие уровни теории (ДФТ) (лучше описывающие металло порфирины), учтите что вам наверняка потребуется дисперсионная коррекция.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение AlexKsen » Ср дек 14, 2016 10:32 pm

Гесс, спасибо. Первым делом я, конечно, в ММ+ прогнал. Полуэмпирику не смог подобрать, хорошо для систем с металлами работают РМ6, РМ7, но в Gamess их нет. Буду пробовать!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Ср дек 14, 2016 10:58 pm

Дабко перво наперво вручную поправьте. Кванты его не вывернут полюдски, и оно будет все время обессмысливать и портить расчет.

Из силовых полей с металлами лучше будет драйдинг скорее всего.
PM7 есть в Мопаке и даже незнаю где еще.
PM6 в Гауссиане и ... хм. Загляните сюда через часок, если ничего не будет - значит не судьба.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Чт дек 15, 2016 12:33 am

PM6 причесало составные части но почему то решило что 2 заместителя это роскошь и выгнало 1 порфирин нафиг. Вот подтащил обратно, выглядит получше как для стартовой геометрии (я решил похвалить себя заранее)
[cut]166
symmetry c1
H 15.025988000 -7.040814000 0.300903000
H 15.598112000 -6.758939000 1.960413000
H 12.813138000 -7.180414000 1.100856000
H 13.417395000 -6.897097000 2.762608000
H 15.318642000 -3.057534000 1.793247000
H 15.794109000 -4.428543000 2.823991000
H 13.126415000 -3.194061000 2.610217000
H 13.597157000 -4.587691000 3.638289000
C 14.876713000 -6.389119000 1.193735000
N 15.249121000 -4.969432000 0.821291000
C 15.053026000 -4.111972000 2.050249000
C 13.600477000 -4.204502000 2.590020000
N 12.736257000 -5.123537000 1.739310000
C 13.420188000 -6.483935000 1.725652000
S 7.494659000 0.212171000 -2.719198000
S 12.216762000 -10.780587000 8.349133000
S 11.592549000 0.737964000 8.080288000
C 9.724157000 -5.986289000 -0.236954000
C 9.409754000 -7.155340000 -1.069591000
C 9.741455000 -8.298516000 -0.282304000
C 10.257323000 -7.792371000 0.993837000
N 10.282320000 -6.365074000 1.019381000
N 9.418148000 -4.738915000 -0.630371000
N 10.585028000 -8.617709000 1.996879000
C 10.966888000 -8.128035000 3.182600000
C 11.253680000 -9.018294000 4.318084000
C 11.601034000 -8.167572000 5.408641000
C 11.515845000 -6.790022000 4.908876000
N 11.131680000 -6.749510000 3.531222000
N 11.737448000 -5.749833000 5.717372000
C 11.537223000 -4.496704000 5.281549000
C 11.659931000 -3.342721000 6.182554000
C 11.301513000 -2.199959000 5.407201000
C 10.986588000 -2.692315000 4.060654000
N 11.132145000 -4.110210000 3.970901000
N 10.582164000 -1.869038000 3.086854000
C 10.202248000 -2.358047000 1.898314000
C 9.604091000 -1.485029000 0.877481000
C 9.222815000 -2.339803000 -0.198440000
C 9.624616000 -3.700090000 0.182272000
N 10.229695000 -3.724838000 1.482167000
C 11.282577000 -0.926486000 5.975939000
C 11.635689000 -0.816336000 7.326572000
C 12.008229000 -1.936985000 8.087867000
C 12.023337000 -3.219675000 7.522830000
C 8.577586000 -1.830291000 -1.324234000
C 8.328160000 -0.451976000 -1.358438000
C 8.723101000 0.396353000 -0.311176000
C 9.366180000 -0.112890000 0.826824000
C 9.526572000 -9.589712000 -0.763858000
C 8.986230000 -9.719986000 -2.049129000
C 8.679524000 -8.597089000 -2.836837000
C 8.884713000 -7.297247000 -2.353712000
C 11.913245000 -8.693375000 6.661776000
C 11.875561000 -10.086749000 6.803232000
C 11.549647000 -10.929566000 5.727820000
C 11.231349000 -10.403552000 4.466602000
Co 10.917100000 -5.225658000 2.414369000
H 11.004812000 -0.051519000 5.376739000
H 12.296024000 -1.809683000 9.140686000
H 12.306510000 -4.095896000 8.108076000
H 8.283238000 -2.492400000 -2.147431000
H 8.531593000 1.475804000 -0.380981000
H 9.670515000 0.537735000 1.648352000
H 9.778375000 -10.463372000 -0.150506000
H 8.275569000 -8.735445000 -3.848809000
H 8.637791000 -6.422691000 -2.957223000
H 12.178393000 -8.031579000 7.494271000
H 11.542670000 -12.019184000 5.872044000
H 10.972944000 -11.052605000 3.628550000
O 11.848819000 1.772260000 7.125913000
O 12.217369000 0.721526000 9.371361000
O 9.940747000 0.809486000 8.422348000
H 9.673622000 1.371068000 9.160582000
O 13.212601000 -10.024533000 9.043249000
O 12.245697000 -12.213295000 8.293087000
O 10.752156000 -10.423306000 9.111902000
H 10.510880000 -10.974431000 9.866407000
S 8.661925000 -11.302360000 -2.662055000
O 8.467689000 -11.298292000 -4.083873000
O 9.488667000 -12.276086000 -2.016064000
O 7.107276000 -11.507912000 -2.038230000
H 6.521806000 -12.103503000 -2.522410000
O 7.649308000 -0.632429000 -3.863939000
O 7.646074000 1.636308000 -2.794532000
O 5.907055000 0.003558000 -2.183496000
H 5.255512000 0.639428000 -2.506514000
S 19.287637000 0.196823000 6.347442000
S 15.832632000 -9.815097000 -6.295958000
S 15.178019000 1.714559000 -4.448876000
C 18.386296000 -5.813972000 2.777727000
C 18.695445000 -7.072499000 3.468924000
C 18.467849000 -8.120957000 2.521162000
C 18.028321000 -7.467928000 1.263406000
N 17.948990000 -6.101047000 1.426873000
N 18.521072000 -4.606857000 3.331359000
N 17.723370000 -8.202199000 0.162365000
C 17.324160000 -7.587503000 -0.979124000
C 17.054476000 -8.377219000 -2.215887000
C 16.576699000 -7.443698000 -3.187531000
C 16.606281000 -6.116423000 -2.557378000
N 17.048043000 -6.254095000 -1.179958000
N 16.305428000 -4.988688000 -3.189217000
C 16.428898000 -3.778388000 -2.596694000
C 16.115698000 -2.530050000 -3.302274000
C 16.350664000 -1.469197000 -2.371022000
C 16.834484000 -2.097444000 -1.134303000
N 16.855198000 -3.503688000 -1.279601000
N 17.193720000 -1.375679000 -0.052522000
C 17.659073000 -1.968323000 1.068527000
C 18.073901000 -1.192938000 2.248630000
C 18.438838000 -2.146540000 3.249435000
C 18.263332000 -3.478067000 2.646691000
N 17.784126000 -3.353191000 1.324967000
C 16.100025000 -0.141643000 -2.719788000
C 15.595862000 0.112074000 -4.000308000
C 15.397185000 -0.928786000 -4.930717000
C 15.652047000 -2.258993000 -4.592204000
C 18.844272000 -1.733859000 4.517562000
C 18.869866000 -0.357197000 4.774807000
C 18.539510000 0.585097000 3.783129000
C 18.135061000 0.177246000 2.507695000
C 18.640842000 -9.452636000 2.864454000
C 19.013100000 -9.742209000 4.188476000
C 19.266803000 -8.716997000 5.112148000
C 19.114030000 -7.367639000 4.763737000
C 16.204019000 -7.871445000 -4.459255000
C 16.322458000 -9.239565000 -4.746607000
C 16.816748000 -10.149810000 -3.801135000
C 17.187538000 -9.725133000 -2.512782000
Co 17.310948000 -4.802486000 0.105060000
H 16.284282000 0.661264000 -1.998365000
H 15.027925000 -0.690612000 -5.936306000
H 15.501981000 -3.069809000 -5.305293000
H 19.120714000 -2.472516000 5.276769000
H 18.592405000 1.656392000 4.013860000
H 17.877401000 0.898149000 1.730939000
H 18.485621000 -10.238081000 2.117195000
H 19.590959000 -8.969470000 6.130887000
H 19.317241000 -6.569701000 5.478739000
H 15.832360000 -7.155878000 -5.202934000
H 16.918083000 -11.209190000 -4.059030000
H 17.571488000 -10.426937000 -1.769973000
O 14.574963000 2.414330000 -3.350359000
O 14.584957000 1.768432000 -5.761137000
O 16.701836000 2.401833000 -4.667243000
H 16.774046000 3.068269000 -5.362248000
O 16.775985000 -10.730065000 -6.873775000
O 15.252332000 -8.762844000 -7.078111000
O 14.558420000 -10.816192000 -5.811363000
H 14.312501000 -11.525675000 -6.416777000
S 19.086927000 -11.386444000 4.682535000
O 17.793914000 -11.831817000 5.113807000
O 19.870341000 -12.205108000 3.799630000
O 20.040212000 -11.249025000 6.073053000
H 20.632065000 -11.990171000 6.256756000
O 18.718709000 -0.652418000 7.354507000
O 19.191043000 1.629152000 6.459319000
O 20.946715000 -0.100213000 6.360246000
H 21.490033000 0.519073000 6.863811000
H 14.504082000 -3.457938000 -0.513558000
H 14.393242000 -5.116905000 -1.140140000
C 14.252541000 -4.505342000 -0.216850000
H 12.319569000 -3.581401000 0.288823000
H 12.178641000 -5.252094000 -0.339882000
C 12.794662000 -4.590651000 0.312869000[/cut]

P.S. А, я протупил, оно ж у вас триплет а я запукал как синглет. возможно поэтому порвало. Счас переиграем.
Апдейтнул геометрию под катом.
это после 200 шагов оптимизации как триплета на PM6 в Empire, изменение энергии - менее 0.1 ккал за последние 8 шагов. Уточнять дальше не вижу много смысла, всеравно DFT будет менять геометрию.
Кстати о птичках. Когда вы дойдете до оптимизации.
Я не знаю как гамесс но думаю аналогично орке и гауссиану. Он юудет строить внутренние координаты по типу один порфирин, дабко, второй порфирин. В результате небольшие изменения в районе центра молекулы будут резко дергать ее края в стороны от чего пойдут проблемы со сходимостью оптимизации. ИМХО проще всего проблема решается расчетом в картезиановских координатах вместо внутренних.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение AlexKsen » Чт дек 15, 2016 8:00 am

Гесс, спасибо огромное. Посмотрю, что вышло и запушу заново, для начала в hf. Картезианские координаты - хорошая идея. Буду пробовать:) Спасибо.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение AlexKsen » Ср дек 21, 2016 6:11 pm

Гесс, подскажите, в какой программе можно сохранить в картезиановских координатах для Gamess. А то во внутренних опять не идет оптимизация.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение EvgeniX » Ср дек 21, 2016 6:42 pm

Никаких картезиановских координат нет! Есть декартовы координаты!
Так что ответ: ни в какой.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Ср дек 21, 2016 6:59 pm

EvgeniX писал(а):Никаких картезиановских координат нет! Есть декартовы координаты!
Так что ответ: ни в какой.
Окей, я буду в следующий раз писать слово на английском. Cartesian coordinates.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Ср дек 21, 2016 7:12 pm

AlexKsen писал(а):Гесс, подскажите, в какой программе можно сохранить в картезиановских координатах для Gamess. А то во внутренних опять не идет оптимизация.
Я не работаю ни с одним из гамесов. Гугл говорит что для Gamess-UK OPTXYZ
Для Gamess-US предположительно NZVAR = 0 (и это дефолт), но гарантий не даю, это беглый гуглеж мануала.
Собственно причин "не идти" у расчета может быть масса. Может у вас scf не сводится. Так что лечить без фотографии обычно пустая трата времени.

P.S. Вопрос прочитан как "как вести расчет в Cartesian координатах", а не "как создать инпут с декартовыми координатами", ибо второй вопрос на мой взгял имеет крайне мало смысла.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение AlexKsen » Ср дек 21, 2016 7:26 pm


Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Ср дек 21, 2016 8:10 pm

там по прежнему не свелось scf, так что городить огород вокруг оптимизации еще рано.

Посмотрю вечером или завтрану вообще может че гамесисты посовеуют по ключам, мне вцелом такая странная сходимость scf не ясна.
Пока она так выглядит можно сократить число итераций до 50, будет умирать в 2 раза быстрее с тем же успехом. Чтобы перебить общий ее вид - есть несколько предположений - перейти от ROHF к UHF, улучшить базис хотя бы на металлах, перейти к другой схеме сведения (я не знаю какая умолчательная в гамессе, небось диис, кдиис, маловероятно сосцф, также я не смотрел в мануал какие схемы доступны, но квадратичная схема (аналог гауссиановского qc) должна быть, возможно под именем Ньютона-Ра... нет времени гуглить правильное русское написание. Это будет ОЧЕНЬ дорого.

endlesslake
Сообщения: 209
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение endlesslake » Чт дек 22, 2016 9:46 pm

может быть еще стоит попробовать использовать чистый DFT без HF. По крайней мере в ZORA PBE def2-SVP никаких проблем со сходимостью не наблюдается.

[cut]166
Coordinates from ORCA-job CP2Co2DABCO_zora_pbe_svp_opt
H 15.06581054596596 -6.93184813859212 0.98324708246020
H 15.57848060729126 -6.22189138477849 2.53050755435508
H 12.87042184078895 -7.06211185435936 1.75621236480207
H 13.36884359715473 -6.36078181568023 3.31250394829476
H 15.01880084599632 -2.77719021290869 1.51462302494722
H 15.55993993749951 -3.83749857474727 2.83667886313134
H 12.79939493581697 -2.91134411420769 2.32754230239233
H 13.34350255075509 -3.98621915005893 3.63697516392908
C 14.85695016783588 -6.12540011198672 1.70339681975826
N 15.09238163975430 -4.82649274497007 1.03540982301285
C 14.83305058605905 -3.74391242180578 2.01262077048403
C 13.36207342535453 -3.83513956148896 2.54462834512647
N 12.65628551063505 -4.97134132532257 1.90576130623313
C 13.39681574862843 -6.21418011238445 2.22083704456912
S 7.33767901167685 -0.46412276273826 -3.34787880938070
S 12.16441281800037 -10.25080988964789 8.91101073103414
S 11.25820716785975 1.29480515489762 7.50452614258331
C 9.80698980237140 -6.25879206747486 -0.12568345178366
C 10.01996068524492 -7.42686623869716 -0.97039807809449
C 10.51287835933833 -8.44529005296916 -0.11970887859766
C 10.54413528006482 -7.87972430353225 1.22423563161338
N 10.18676102964852 -6.53935835905267 1.18066593399048
N 9.36666460494392 -5.10751064800296 -0.60406342642231
N 10.85861749139049 -8.59204210956084 2.29316474995148
C 10.94095618420424 -8.04178643214964 3.49186477827736
C 11.23173541010639 -8.81763187318607 4.69133145693824
C 11.34318903800873 -7.88501532899742 5.74696810207100
C 11.12496521089188 -6.56777862767316 5.15926247513634
N 10.85163359887866 -6.68875467614747 3.80385410393688
N 11.23613890144212 -5.45312163382987 5.86010325204266
C 11.02195771225588 -4.26636397718905 5.32048686043547
C 11.15921149564420 -3.02747104392668 6.07826336845321
C 10.81132618966318 -1.98261199450592 5.19324112224059
C 10.46745576248836 -2.61463127905100 3.92407684918836
N 10.62619816607235 -3.99067789685388 4.01767667300911
N 10.03462156928687 -1.92445695997694 2.88434004633738
C 9.68759021348843 -2.51512270625613 1.75328400873560
C 9.11733607643081 -1.77869152441928 0.63075532935335
C 8.88601281922192 -2.72887556744315 -0.38899937871180
C 9.34080968486233 -4.01296463905653 0.13275713633942
N 9.80068322000811 -3.86218514291366 1.43730991616567
C 10.83382749641424 -0.64283781676848 5.59725216203517
C 11.22119249088871 -0.40523520749842 6.92355882525852
C 11.58347830869663 -1.43489214349522 7.82144386382805
C 11.55042502199461 -2.77168151501134 7.40124240411265
C 8.35088739724740 -2.35765370205789 -1.62786510884898
C 8.04823096377280 -0.99802163314708 -1.78627760750933
C 8.27898621407719 -0.03047373631189 -0.78213664850945
C 8.82219627684653 -0.41884210880228 0.45011935927260
C 10.94118158748351 -9.67636440867038 -0.62704565851397
C 10.84594991834298 -9.83684152093386 -2.01902561117806
C 10.33168283458085 -8.84333630107657 -2.88462928436465
C 9.90972521631261 -7.61585089805898 -2.35607945444488
C 11.64056789346157 -8.28956073756155 7.05346299604668
C 11.80831058929604 -9.66738504149363 7.24926603637539
C 11.71440858584466 -10.61558957284122 6.20525980806947
C 11.42236797455235 -10.19198025172790 4.90169922360657
Co 10.47334768365643 -5.25305405042690 2.58124913092781
H 10.57827630313965 0.17861206632913 4.91924675740734
H 11.90514744631690 -1.16482668705817 8.83373351003470
H 11.82674789559025 -3.59226708730896 8.07274535395569
H 8.18724554231351 -3.07853186572990 -2.43615993742900
H 8.04696236235772 1.01908637818905 -0.99591818489367
H 9.02161265329560 0.30826424784177 1.24519243597714
H 11.36534335475887 -10.45182914165190 0.02025180457776
H 10.30868416545489 -9.01785738424232 -3.96488056481633
H 9.53629704512316 -6.81531117942103 -3.00414117640358
H 11.75018123455874 -7.57647805419271 7.87763639434094
H 11.89523220348711 -11.67224502532766 6.43307182993924
H 11.35322274487122 -10.90136529917025 4.06953143913975
O 11.44772347761773 2.17269321405721 6.34499738942766
O 12.09016298675036 1.36654765949551 8.72197932414631
O 9.67881641495348 1.50276231160878 7.98294557569973
H 9.68888738935466 1.46917700231061 8.95980187960554
O 12.78549138341843 -9.15367994586740 9.66049378998059
O 12.74107763033339 -11.60749341012760 8.82983849146726
O 10.62648178624672 -10.41534790571701 9.52426407857670
H 10.45361225102193 -11.37697586839897 9.55319078101611
S 11.48152235293350 -11.35687406839810 -2.71664709252305
O 11.45324608511200 -11.26706492633610 -4.20337101133219
O 12.69222223819677 -11.74756143350701 -1.98877506592781
O 10.32983774371916 -12.46504553855342 -2.31399684945149
H 9.74748715873393 -12.56688993021607 -3.09348945222443
O 7.73456740182839 -1.42239633179614 -4.38488201063705
O 7.51472567459953 0.99559116360314 -3.48076246509652
O 5.71977129610236 -0.73245474579872 -3.06955881865517
H 5.32430827943011 0.14966566588198 -2.92486343097231
S 19.90634282053015 -0.51805547456054 6.62283533492736
S 13.88091844748388 -9.14766569863800 -6.02254692006503
S 16.03557771161110 2.12284796222936 -4.05491637871661
C 18.45082012763094 -6.11599659140253 2.55221704722713
C 18.76786642560096 -7.42080383133381 3.12035861450889
C 18.31444628967032 -8.37834854486810 2.18625749948918
C 17.73540002314208 -7.63155680011846 1.07627610721715
N 17.84787568011626 -6.26659500200488 1.30868176731307
N 18.68914565227864 -4.98725112774364 3.19664077039649
N 17.15058895580427 -8.22956878430426 0.05287102969243
C 16.66175933899962 -7.54453498257616 -0.96714081446834
C 15.99912081742516 -8.18475055213721 -2.09853881854964
C 15.71297695535733 -7.15316536229418 -3.02137151194831
C 16.17942481002065 -5.91232009498697 -2.41188484797311
N 16.71212072825023 -6.16789738214569 -1.15394854659873
N 16.05510869873621 -4.73902731932877 -3.00593137870860
C 16.38699817991585 -3.61152042974810 -2.40205555673636
C 16.22980050078505 -2.31068977992893 -3.04166830995171
C 16.59478979866125 -1.34734007717908 -2.07444918285704
C 16.97604467888237 -2.08828957385740 -0.87727760737232
N 16.85086578933608 -3.45348531412320 -1.10075589925117
N 17.37219985059670 -1.48778916537186 0.23071235411474
C 17.78657123481068 -2.17159067640738 1.28365481041994
C 18.25903504433000 -1.52060233465942 2.49924662996635
C 18.65586437897649 -2.55754588325614 3.37357956432076
C 18.40806887195229 -3.80969357818910 2.66783724826733
N 17.86878607739317 -3.55192933101689 1.41432048003119
C 16.53961025764631 0.02387826616422 -2.34991394405864
C 16.10829061759161 0.37777509921246 -3.63598951307127
C 15.72772647952541 -0.56946334188064 -4.61409220408614
C 15.78665765222913 -1.93840982842635 -4.32021318327651
C 19.16285897637494 -2.28519385257163 4.64964190028781
C 19.25385422118092 -0.93119790616265 5.00117816822632
C 18.85511152674906 0.12067631844250 4.14477231947765
C 18.35193752016387 -0.17009404739214 2.86965277680019
C 18.43981571288962 -9.75228979095112 2.42736172908903
C 19.04242497097939 -10.11414754968221 3.63934423411747
C 19.49495129175839 -9.17163096992348 4.59236919037899
C 19.36124269436289 -7.80143380924829 4.33476558226941
C 15.06995598693053 -7.41726996601316 -4.23728007150064
C 14.71248790682949 -8.75159457021523 -4.47315708880806
C 14.98400282222621 -9.79664723236397 -3.55984960232530
C 15.63955643927285 -9.51793167173142 -2.35264208287566
Co 17.21692752156331 -4.85484954210502 0.16324421803758
H 16.80362572710295 0.78226568473171 -1.60499363326074
H 15.37035767643756 -0.21137516863350 -5.58627710471425
H 15.49158941895531 -2.69739403075387 -5.05340529294067
H 19.46004796465920 -3.07902359687257 5.34341200653134
H 18.92899547658160 1.15285778059718 4.50563108538707
H 18.03161686264728 0.62208784319613 2.18369808424189
H 18.07391603775406 -10.50652277717995 1.72204374271706
H 19.93052013753794 -9.53355747536220 5.53041595370873
H 19.69610362610826 -7.04662192219911 5.05500145800277
H 14.85717194356308 -6.63532171695008 -4.97431782756842
H 14.68156886624874 -10.81988096229377 -3.80853358543756
H 15.85635558236006 -10.30971864887800 -1.62725606955791
O 15.86981879597112 2.88888837914652 -2.81499599455547
O 15.16821535661042 2.29602844164295 -5.23715653475832
O 17.59792434253668 2.40077943463313 -4.55412217370112
H 17.56569928739475 2.43015109446110 -5.53055259816765
O 14.22938167891147 -10.53430585337627 -6.38305807124408
O 14.05556920744706 -8.01564924813760 -6.94097790081652
O 12.30118107202488 -9.11111307241434 -5.57057518614330
H 12.07171893151416 -9.99777710093735 -5.17835986925760
S 19.24187445690514 -11.86163601205872 4.00316847222395
O 19.21981490901670 -12.03937388506121 5.45847119266012
O 18.39263921667156 -12.63842981576692 3.07777789555017
O 20.82063817001967 -12.11194865011628 3.54463646786630
H 20.78215814850563 -12.51846680240390 2.65661548900426
O 19.67007834273641 -1.65548152255102 7.51839134345533
O 19.52189690723520 0.86849588334672 6.95466982383488
O 21.54206443008304 -0.50884877314535 6.32054605029371
H 21.80019510574417 0.43275244669769 6.27495455737444
H 14.33189623701089 -3.71405139465369 -0.57728700821563
H 14.32549096861916 -5.47738672582722 -0.81209237895481
C 14.13314498861078 -4.67749822559166 -0.08152323272540
H 12.11658855582823 -3.83119600332558 0.22368115236627
H 12.14163542318616 -5.58994141366349 -0.04059510472290
C 12.67412926276978 -4.75662819646831 0.44037860871445[/cut]

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Чт дек 22, 2016 10:56 pm

Ну ZORA здесь вряд ли понадобится в первом приближении, + неизвестно что больше повлияло - смена метода или базиса. Но в целом :up:
А в чем считали? Природа?

endlesslake
Сообщения: 209
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение endlesslake » Пт дек 23, 2016 12:17 am

Орка.
ZORA, если честно, только от того, что лень было в мануал лезть смотреть как там ECP задается.
И это unrestricted расчет, забыл сразу указать.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Гесс » Пт дек 23, 2016 12:25 am

endlesslake писал(а):Орка.
ZORA, если честно, только от того, что лень было в мануал лезть смотреть как там ECP задается.
И это unrestricted, расчет, забыл сразу указать.
C RI? (я своим любопытством задеру :lol: )
Просто очень быстро у вас получилось, даже принимая во внимание негибридный функционал. Чую хороший кластер :D

endlesslake
Сообщения: 209
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение endlesslake » Пт дек 23, 2016 1:24 am

да RI, 43 шага оптимизации, 34.5 часа. На 8 ядрах :D.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение amge » Пт дек 23, 2016 6:57 am

Природа PBE/L1 выдала практически такую же геометрию, как ORCA, с водородной связью. Любопытно, что у синглета и у квинтета (они на 30 ккал менее стабильны, чем триплет) водородная связь не образовалась.

У меня совет топикстартеру. Бросайте гамесс, им считать такую большую молекулу на приличном уровне теории ОЧЕНЬ долго. Кроме того, когда и если SCF сойдется, будут, возможно, еще проблемы с DLC. Переходите на ORCA.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение AlexKsen » Пт дек 23, 2016 7:49 am

Спасибо. Базисы Archils меня тоже сходимость по сравнению с Поплавскими больше устраивают. Просто сначала с 3-21G хотел начать. Попробую в def2-svp.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Не оптимизируется комплекс с Co

Сообщение Shorku » Пт дек 23, 2016 12:12 pm

ROHF, гамесс, большая молекула с невнятным зарядом и мультиплетностью...
очень, очень много боли в этой теме чувствую я
Make quantum chemistry, not war

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 36 гостей