Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Вт фев 21, 2017 10:46 am

У меня есть задача воспроизвести геометрию, полученную в GAMESS для анион-радикала С24F20, тем же методом, но быстрее.
Пробую ORCA. Действительно, считает существенно быстрее. Но получается фигня со сведением геометрии: энергия повышается.

Код: Выделить всё

! UKS B3LYP 6-31+G* RIJCOSX TightSCF Opt

Код: Выделить всё

Энергия                  Градиент
-2910.127648000 	0.008819906 
-2910.127761122 	0.004859031 
-2910.127663662 	0.005544365 
-2910.127528244 	0.006462580 
-2910.127472018 	0.005607324 
-2910.127449275 	0.004849325 
-2910.127430221 	0.005155109 
-2910.127485943 	0.005836383 
-2910.127551365 	0.006210977 
-2910.127517689 	0.005810738 
-2910.127430803 	0.004426516 
-2910.127315179 	0.003445350 
-2910.127195178 	0.003661041 
-2910.127085551 	0.003552089 
-2910.126994939 	0.003152585 
-2910.126924628 	0.002843354 
-2910.126877897 	0.003049897 
-2910.126843404 	0.003316600 
-2910.126822100 	0.003066230 
-2910.126806442 	0.002858432 
-2910.126794320 	0.003246946 
-2910.126780334 	0.003772416 
-2910.126767758 	0.003667768 
-2910.126749311 	0.003000649 
-2910.126724761 	0.002849783 
-2910.126684323 	0.003320831 
-2910.126632761 	0.003621068 
При этом на небольших молекулах все нормально.

Посоветуйте, пожалуйста, кто знает, как с этим можно бороться.

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение YuraM » Вт фев 21, 2017 12:09 pm

I think I remember the similar issues discussed either here or in the official ORCA forum. My guess that this is due to RIJCOSX approximation used, as it introduces some numerical noise. I believe it is safer to go for just RI approximation: just replace RIJCOSX with any Coulomb fitting basis, I think def2-qzvpp/J is more than sufficient (I am almost sure def2-tzvpp/J would also work):

! UKS B3LYP 6-31+G* def2-qzvpp/J TightSCF Opt Grid5 FinalGrid6

if this does not work, try:
! UKS B3LYP 6-31+G* def2-qzvpp/J TightSCF Opt Grid7 NoFinalGrid
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Вт фев 21, 2017 2:59 pm

Спасибо за отклик.

На такой инпут Орка говорит
There is an auxiliary basis set but the global RI flag is NOT set
при этом не включает RI и гладко сходится. Но медленно.

По мануалу, включить RI гибридному функционалу можно словами RIJCOSX или RI-JK. Но для последнего нет градиентов (и следовательно, оптимизации), так что от RIJCOSX не уйти. А при добавлении этого слова к предложенному инпуту начинается та же свистопляска. Похоже, проблема с RIJCOSX-градиентами.

Вот как выглядит одна из завершившихся оптимизаций геометрии (энергия на килокалорию выше начальной).
ORCA_opt.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение YuraM » Вт фев 21, 2017 3:15 pm

the other few things worth trying in my opinion:
a) RIJONX approximation, please have a look https://sites.google.com/site/orcainput ... basis-sets and also there is something in the manual.
b) try to tighten the criteria in RIJCOSX approximation. Perhaps, the defaults are not that good.

I have only limited experience with the optimizations in ORCA, but in my opinion RIJCOSX is not very robust.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Вт фев 21, 2017 4:48 pm

Понял. Завтра попробую.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение Гесс » Вт фев 21, 2017 10:56 pm

я такое наблюдал viewtopic.php?f=71&t=111783&hilit=RIJ%2 ... 20#p850768 но решения (кроме отказа от RI) не нашел (это не означает что его нет, проблема не была личным врагом и я не перепробовал все что можно)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Ср фев 22, 2017 10:47 am

Повышение точности RIJCOSX, похоже, помогает. В расчете, заданном словами

Код: Выделить всё

! UKS B3LYP 6-31+G* RIJCOSX AutoAux GridX6 TightOpt
пока (первые 10 шагов оптимизации) наблюдается равномерное снижение энергии. Но и считать стало существенно медленнее.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение Shorku » Ср фев 22, 2017 3:06 pm

Вообще стоит поиграться с gridx, gridx6 - довольно толсто, у меня часто и gridx4 прокатывает =)
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Чт фев 23, 2017 11:30 am

Shorku писал(а):
Ср фев 22, 2017 3:06 pm
Вообще стоит поиграться с gridx, gridx6 - довольно толсто, у меня часто и gridx4 прокатывает =)
Попробовал и gridx4, и gridx5 - ничего хорошего у меня не получается.
amge писал(а):
Ср фев 22, 2017 10:47 am
Повышение точности RIJCOSX, похоже, помогает... пока (первые 10 шагов оптимизации) наблюдается равномерное снижение энергии.
Фиг там. Рано радовался. Помогает только на начальном периоде, а дальше опять та же фигня.
without_and_with_RI.png
Слева - без RI, справа в качестве примера RIJCOSX AutoAux GridX5. И GridX6 не помогает, а дальше увеличивать точность фиттинга нет смысла, т.к. по скорости уже будет сравнимо с расчетом без RI. И GRID5 FINALGRID6 verytightSCF (как рекомендовали в соседней теме) тоже не помогает. Я уже близок к тому, чтобы бросить пока возиться с Оркой.

Кто нибудь может посоветовать еще бесплатные программы, способные быстро считать B3LYP/6-31+G* и т.п.?
Я уже пробовал Природу, но пришел к выводу, что в ней и B3LYP не тот, который мне нужен, и самодельный базис 6-31+G* плохой.
Кто-нибудь работал с LSDalton?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение Гесс » Чт фев 23, 2017 12:30 pm

amge писал(а):Кто нибудь может посоветовать еще бесплатные программы, способные быстро считать B3LYP/6-31+G* и т.п.?
Я уже пробовал Природу, но пришел к выводу, что в ней и B3LYP не тот, который мне нужен, и самодельный базис 6-31+G* плохой.
Кто-нибудь работал с LSDalton?
PSI4 должно мочь, наличие ускорялок не помню, я им мало занимался, там есть пара вкусных фишек, но один из девелоперов характеризовал ее как "песочницу" для обкатки методов. Результаты PSI4 не всегда совпадают с Gaussian и Molpro (на CC и MP методах), в частности по вопросам частот.
LSDalton - видел но не работал.
Потенциально должен уметь NWChem, но я в нем тоже не работал и мне его характеризовали как очень медленную программу отыгрывающую за счет безудержной параллельности на тысячах ядер. Дешево купил дешево продал, может быть ложью.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение Shorku » Пт фев 24, 2017 8:49 pm

Ну, альтернативно, на днях обещают четвертую орку, может быть, там пафиксят.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Вс мар 19, 2017 7:11 am

Попробовал ORCA 4.0. В ней появились градиенты для RI-JK.
! UKS B3LYP 6-31+G* RI-JK AutoAux TightOpt
Геометрию оптимизирует без закидонов, НО раз в пять медленнее, чем без RI :(

Проверил до кучи и RIJCOSX. Есть изменения. Не дождался, что там с оптимизацией геометрии, но тоже считать стало медленнее, чем без RI (в пару раз). Ускорялки превратились в замедлялки. Увы!.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение Shorku » Вс мар 19, 2017 11:53 am

Возможно, они поменяли autoaux. В принципе, по возможности стоит пользоваться зашитыми базисами вместо нее, должно быть дешевле.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение amge » Вс мар 19, 2017 12:46 pm

Не исключено. AutoAux действительно стал генерировать другие базисы, существенно более широкие (напр., для С было 18s8p4d2f, стало 16s13p12d2f). Но для Попловских базисов в Орке нет специально для них предназначенных дополнительных...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с оптимизацией геометрии в ORCA

Сообщение Гесс » Вс мар 19, 2017 2:41 pm

PSI4 считает что для 6-31 попплов можно использовать даннинговские ауксиларники http://www.psicode.org/psi4manual/maste ... amily.html - см низ страницы

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 38 гостей