B3LYP-D3

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

B3LYP-D3

Сообщение Vit Nhoc » Чт июн 29, 2017 9:11 am

Я провёл расчёты ЯМР некоторых органических молекул на B3LYP/6-31G(D,P) и на B3LYP-D3/6-31G(D,P). Получилось так, что эти расчёты дали практически одинаковый результат, а для некоторых больших ароматических молекул (антрацен, фенантрен) абсолютно одинаковый результат.
Вот два входных файла для антрацена:

1)

%CHK=bdp.chk
%NPROCSHARED=3
#p B3LYP/6-31G(D,P) SCF=xqc
OPT(LOOSE) scrf(pcm,solvent=Chloroform)

BODIPY

0 1
6 -0.305878726 -1.415257473 -4.696105189
6 -0.305878726 -1.439737522 -3.266364070
6 -0.305878726 -2.636068860 -2.538396724
6 -0.305878726 -0.182892723 -2.553070222
6 -0.305878726 -0.194446159 -1.152708967
6 -0.305878726 -1.390777497 -0.424741621
6 -0.305878726 -2.647622296 -1.138035469
6 -0.305878726 -0.228915339 -5.380501766
6 -0.305878726 1.032033938 -3.307200283
1 -0.305878726 0.751538833 -0.615836574
6 -0.305878726 -1.415257546 1.004999498
6 -0.305878726 -3.862548957 -0.383905408
6 -0.305878726 -3.841817536 0.985538472
6 -0.305878726 -2.601598810 1.689396568
1 -0.305878726 -0.468845400 1.539463976
1 -0.305878726 -4.806685704 -0.922379207
1 -0.305878726 -4.772562372 1.545150176
1 -0.305878726 -2.604796313 2.775416788
6 -0.305878726 1.011302517 -4.676644163
1 -0.305878726 -2.361669619 -5.230569667
1 -0.305878726 -3.582053852 -3.075269117
1 -0.305878726 -0.225718706 -6.466522479
1 -0.305878726 1.976170685 -2.768726484
1 -0.305878726 1.942047353 -5.236255867





--Link1--
%CHK=bdp.chk
%NPROCSHARED=3
#p B3LYP/6-31G(D,P) SCF=xqc
NMR scrf(pcm,solvent=Chloroform)
GUESS(READ) GEOM(ALLCHECK)



2)

%CHK=bdp.chk
%NPROCSHARED=3
#p B3LYP/6-31G(D,P) EmpiricalDispersion=GD3 SCF=xqc
OPT(LOOSE) scrf(pcm,solvent=Chloroform)

BODIPY

0 1
6 -0.305878726 -1.415257473 -4.696105189
6 -0.305878726 -1.439737522 -3.266364070
6 -0.305878726 -2.636068860 -2.538396724
6 -0.305878726 -0.182892723 -2.553070222
6 -0.305878726 -0.194446159 -1.152708967
6 -0.305878726 -1.390777497 -0.424741621
6 -0.305878726 -2.647622296 -1.138035469
6 -0.305878726 -0.228915339 -5.380501766
6 -0.305878726 1.032033938 -3.307200283
1 -0.305878726 0.751538833 -0.615836574
6 -0.305878726 -1.415257546 1.004999498
6 -0.305878726 -3.862548957 -0.383905408
6 -0.305878726 -3.841817536 0.985538472
6 -0.305878726 -2.601598810 1.689396568
1 -0.305878726 -0.468845400 1.539463976
1 -0.305878726 -4.806685704 -0.922379207
1 -0.305878726 -4.772562372 1.545150176
1 -0.305878726 -2.604796313 2.775416788
6 -0.305878726 1.011302517 -4.676644163
1 -0.305878726 -2.361669619 -5.230569667
1 -0.305878726 -3.582053852 -3.075269117
1 -0.305878726 -0.225718706 -6.466522479
1 -0.305878726 1.976170685 -2.768726484
1 -0.305878726 1.942047353 -5.236255867





--Link1--
%CHK=bdp.chk
%NPROCSHARED=3
#p B3LYP/6-31G(D,P) EmpiricalDispersion=GD3 SCF=xqc
NMR scrf(pcm,solvent=Chloroform)
GUESS(READ) GEOM(ALLCHECK)


Правильно ли я понимаю, что тут всё в порядке и для антрацена дисперсионной поправки просто нет? Или может я как-то неправильно задал расчёт B3LYP-D3?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: B3LYP-D3

Сообщение amge » Чт июн 29, 2017 10:29 am

Насколько я понимаю, влияние дисперсионной поправки на геометрию компактной жесткой молекулы и не должно быть большим.

Кстати, где-то читал, что неучет дисперсии функционалом B3LYP и несовершенство небольших Попловских базисов во многих случаях удачно взаимно компенсируются. Поэтому учет дисперсии в Вашем случае потенциально мог бы привести и к ухудшению результатов.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: B3LYP-D3

Сообщение Гесс » Чт июн 29, 2017 4:45 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт июн 29, 2017 9:11 am
а для некоторых больших ароматических молекул (антрацен, фенантрен)
это не большие ароматические молекулы. Большие это хотя бы гексабензокоронен. Но и для него одного дисперсионная поправка будет пренебрежимо малой.
Vit Nhoc писал(а):
Чт июн 29, 2017 9:11 am
Правильно ли я понимаю, что тут всё в порядке и для антрацена дисперсионной поправки просто нет?
+1 к amge. Для отдельно взятой малой жесткой молекулы в которой нет вандерваальсовского взаимодействия или пайпайстекинга учет дисперсии не меняет ответ. Зато поробуйте димер бензола (стоимость расчета даже меньше чем у антрацена). Там вы увидите влияние дисперсионной поправки во всей красе.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: B3LYP-D3

Сообщение YuraM » Чт июн 29, 2017 11:25 pm

На самом деле, для антрацена дисперсионная поправка есть и она, по моему мнению, существенна. Чтобы убедиться в этом - попробуйте расчитать энергию атомизации антроцена чистым b3lyp and b3lyp-d3 - думаю разница будет заметна. Другое дело, что на геометрию сравнительно жестких молекул внутримолекулярное дисперсионное взаимодействие оказывает незначительное вляние. Именно поэтому, во многих подходах при расчетах реакионной способности оптимизируют с классическими функциоанлами, например, тем же B3LYP, а SP расчт делают с базисом покруче и методом учитывающим дисперсионное взаимодействие. Исключение - это всякие димеры связанные за счет дисперсионного взаимодействия (димер бензола, думаю Хобза много занимался этим) и если у Вас молекула сравнительно нежесткая - те существуют фрагменты молекулы которые могут легко деформироватся - например вращаются фенильные кольци и пр - в этих случаях влияние дисперсии на геометрию будет велико.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: B3LYP-D3

Сообщение Vit Nhoc » Пт июн 30, 2017 12:12 am

например вращаются фенильные кольци и пр - в этих случаях влияние дисперсии на геометрию будет велико.
В том-то и дело, что для бифенила у меня также получилось практически одно и тоже на B3LYP и на B3LYP-D3. А для антрацена вообще получился абсолютно одинаковый результат. Может я всё-таки неправильно составил входной файл?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: B3LYP-D3

Сообщение Гесс » Пт июн 30, 2017 1:16 am

Total energy одинаковые? это крайне странно. Приложите аутпуты.
#p B3LYP/6-31G(D,P) EmpiricalDispersion=GD3 SCF=xqc - это корректное задание дисперсии как минимум начиная с С релиза.
По линкам не скажу, наши сервера не поддерживают сборные задачи поэтому я давно забыл как слинковывают.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: B3LYP-D3

Сообщение amge » Пт июн 30, 2017 6:25 am

Дисперсионная поправка к энергии должна быть заметной. Программа Гримме dftd3 дает для антрацена в B3LYP -35 ккал/мол. Но это вовсе не означает, что и геометрия должна измениться.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: B3LYP-D3

Сообщение Vit Nhoc » Пт июн 30, 2017 6:37 am

Действительно, для антрацена энергии SCF Done различаются на 46 кДж. А напечатанные заряды на атомах не отличаются вообще.

Версия гауссиана:
Gaussian 09: IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: B3LYP-D3

Сообщение Гесс » Пт июн 30, 2017 9:14 am

А дисперсионная поправка и не должна оказывать прямого эффекта на заряды, только за счет изменения геометрии системы, так как применяется на готовую электронную плотность. А изменение геометрии в случае антрацена ничтожно.
И будьте осторожны с SCF Done. У гауссиана ЕМНИП дисперсионная поправка входит в эту цифру, но у орки это опять же ЕМНИП - две отдельные цифры и в общем случае минимум для дисперсионно корректированного расчета может иметь не минимальную (некорректированную) SCF energy.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей