Как получить фуллерен?
Как получить фуллерен?
Коллеги, внезапно возник вопрос, а точнее задача, которая потребовала фуллерена C540-Ih и С960-Ih.
Я конечно первым делом полез по статьям с надеждой найти координаты последних. И был весьма удивлен. Практически нигде таковых координат нет. И если еще для С540 найти можно, но со скрипом, то для 960 мне полное представление найти не удалось!
Однако, удалось найти координаты для симметрично не эквивалентных атомов, которых для С540 -6 шт, а для 960 -10шт.
Казалось бы задача дальше относительно проста - требуется размножить такие атомы руководствуясь таблицами групп характеров для Ih группы симметрии.
Собственно вопрос, может кто знает ПО которое такое умеет из коробки, или у кого-нибудь есть самописный код, который такой трук умеет?
Заранее спасибо за любую подсказку.
Я конечно первым делом полез по статьям с надеждой найти координаты последних. И был весьма удивлен. Практически нигде таковых координат нет. И если еще для С540 найти можно, но со скрипом, то для 960 мне полное представление найти не удалось!
Однако, удалось найти координаты для симметрично не эквивалентных атомов, которых для С540 -6 шт, а для 960 -10шт.
Казалось бы задача дальше относительно проста - требуется размножить такие атомы руководствуясь таблицами групп характеров для Ih группы симметрии.
Собственно вопрос, может кто знает ПО которое такое умеет из коробки, или у кого-нибудь есть самописный код, который такой трук умеет?
Заранее спасибо за любую подсказку.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Как получить фуллерен?
Не надо извращаться. Фуллеренов (их *xyz координат) полно на сайте:
http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/f ... omers.html
http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/f ... omers.html
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Как получить фуллерен?
я с вами согласен, но 960 там и нет, к моему сожалению, а так да, милый ресурс, я там одно время сиделmadschumacher писал(а): ↑Сб июл 08, 2017 1:09 amНе надо извращаться. Фуллеренов (их *xyz координат) полно на сайте:
http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/f ... omers.html
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Как получить фуллерен?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Как получить фуллерен?
Упс, очень сильно извиняюсь, что не заметил, что там на C720 всё заканчивается. Я очень сильно лоханулся...
В дополнение к ответу kbob-а, ещё уникальные атомы размножает GAMESS US и Firefly (former PC GAMESS). Если приведены уникальные атомы, то велика вероятность, что они используются в качестве инпута для какого-то квант.хим. софта, и => из этого софта и надо вытягивать все координаты. Т.е. посмотрите в источнике для какого софта это всё дано, т.к. разные виды софта могут иметь свои особенности при "размножении" атомов по нужной симметрии (банально -- по каким осям направлены элементы симметрии).
P.S. таблица характеров, имхо, тут вообще никак не поможет, т.к. у в случае уникальных атомов разные координаты одного атома (т.е. x, y и z) могут принадлежать разным приводимым представлениям, и восстановить, по каким именно представлениям надо всё размножать, имхо, задача не тривиальная. В квант.-хим. софтах, насколько мне представляется, используются геометрические представления действий всех элементов симметрии (т.е. повороты вдоль заданных осей, отражения и инверсии). Собственно, поэтому задание уникальных атомов обычно подчиняется строгим правилам.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Как получить фуллерен?
В свое время при подготовке цикла статей "КОМПЬЮТОРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ СТРУКТУРЫ БОЛЬШИХ МОЛЕКУЛ", в одной из которых описано использование GAMESS с оригинальной программой диагонализации, разработанной мною (Intel кичится своими самыми быстрыми алгоритмами диагонализации плотных симметричных матриц в мире, но это далеко не так: https://software.intel.com/en-us/forums ... pic/288316 - им по-прежнему далеко до моих алгоритмов диагонализации). Эту программу я использовал и для уточнения координат произвольного фуллерена (PM3), грубые координаты атомов которого я предварительно получал методом наименьшим квадратов (моя оригинальная разработка). Подтверждение соответствующей симметрии я получал в Gaussian. Но как говорится, это было уже "давно и неправда".
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
Re: Как получить фуллерен?
товарищ kbob, ну или другие искушенные коллеги, а в данном инпутеkbob писал(а): ↑Сб июл 08, 2017 2:10 pmnwchem так умеет
например С60
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Rele ... rfullerene
Код: Выделить всё
geometry units angstroms # Bonds = 1.4445, 1.3945
symmetry group Ih
c -1.2287651 0.0 3.3143121
end
Ну и в догонку, может кто-нибудь может показать как должен выглядеть инпут файлик для С540 или С960ю Так чтоб я его только в NWChem сунул и получил координаты.
Код: Выделить всё
C540
10.3325 3.5198 0.0000
10.2803 0.7073 0.0000
10.2436 4.9086 0.0000
10.1695 2.8338 1.2476
10.1779 1.4142 1.2463
5.1271 6.9966 5.3981
Код: Выделить всё
C960
3.5432 5.8199 11.8037
4.9703 3.5496 12.7208
2.8466 4.7639 12.4593
5.6793 2.4027 13.1633
1.4252 4.8034 12.5708
3.5573 3.6032 12.8776
1.4201 0.0000 13.6515
2.8364 0.0000 13.6734
7.0406 0.0000 13.6930
5.6502 0.0000 13.7765
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Как получить фуллерен?
Yurii, А вы свои алгоритмы публикуете? Я бы с удовольствием посмотрел на суперэффективный код диагонализации. Потому те которые есть в G09 показывают эффективность пропорционально квадрату, в лучшем случае. Если вас шустрее, то это ценный вклад в науку.Yurii писал(а): ↑Сб июл 08, 2017 11:12 pm...оригинальной программой диагонализации, разработанной мною (Intel кичится своими самыми быстрыми алгоритмами диагонализации плотных симметричных матриц в мире, но это далеко не так: https://software.intel.com/en-us/forums ... pic/288316 - им по-прежнему далеко до моих алгоритмов диагонализации)...
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Как получить фуллерен?
Я что-то совсем лажаю. Второй плохой совет от меня, идиота: GAMESS US и Firefly не поддерживают икосоэдрические группы симметрии.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Как получить фуллерен?
только абелевы?madschumacher писал(а): ↑Вс июл 09, 2017 12:12 amGAMESS US и Firefly не поддерживают икосоэдрические группы симметрии.
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Как получить фуллерен?
Почему это?Гесс писал(а): ↑Вс июл 09, 2017 12:13 amтолько абелевы?madschumacher писал(а): ↑Вс июл 09, 2017 12:12 amGAMESS US и Firefly не поддерживают икосоэдрические группы симметрии.
Группы C3v, D3, D3h, D3d, (в качестве примера), ну и, конечно T, Th, O, Oh (которые поддерживает Firefly) являются неабелевыми.
Просто икосоэдрические группы симметрии, куда входит Ih, являются самыми большими группами высшей категории, поэтому программирование их "размножалки" потребует в жертву приобретение программистом очень жуткого геморроя.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Как получить фуллерен?
Ой, да ладно вам. Сегодня суббота и вообще нужно сидеть с пивом и любимой девушкой в обнимку, а не с полоумными химиками на форуме.madschumacher писал(а): ↑Вс июл 09, 2017 12:12 amЯ что-то совсем лажаю. Второй плохой совет от меня, идиота: GAMESS US и Firefly не поддерживают икосоэдрические группы симметрии.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Как получить фуллерен?
sirius вы взяли координаты атомов из статьи https://arxiv.org/pdf/cond-mat/0603225.pdf, там сказано что оси координат являются осями симметрии второго порядка, в отличии от input nwchem где ось 5-го порядка совпадает с осью-z.
Рисунок который описывает отличие есть в википедии.
В группе симметрии Ih - 15 осей второго порядка, 10 осей третьего порядка, 6 осей пятого порядка и инверсия.
Из одной точки, путем вращения вокруг всех осей второго порядка можно получить еще 15 точек, путем вращения вокруг всех осей третьего порядка - еще 10*2 точек и для осей пятого порядка 6*4 точки.
Итого 1+15+20+24=60. Инверсия ничего нового не добавляет в случае координат для С60 (z координата равна 0), для С240 инверсия удваивает только точки cгенерированные из (6.7860, 0.7115, 1.2648). Для остальных фуллеренов аналогично..
Матрица преобразования для вращения вокруг произвольной оси
https://en.wikipedia.org/wiki/Rotation_ ... _and_angle
а дальше нужно найти единичные вектора для всех осей симметрии икосаедра (в системе координат использованной в статье) и дело сделано.
Рисунок который описывает отличие есть в википедии.
В группе симметрии Ih - 15 осей второго порядка, 10 осей третьего порядка, 6 осей пятого порядка и инверсия.
Из одной точки, путем вращения вокруг всех осей второго порядка можно получить еще 15 точек, путем вращения вокруг всех осей третьего порядка - еще 10*2 точек и для осей пятого порядка 6*4 точки.
Итого 1+15+20+24=60. Инверсия ничего нового не добавляет в случае координат для С60 (z координата равна 0), для С240 инверсия удваивает только точки cгенерированные из (6.7860, 0.7115, 1.2648). Для остальных фуллеренов аналогично..
Матрица преобразования для вращения вокруг произвольной оси
https://en.wikipedia.org/wiki/Rotation_ ... _and_angle
а дальше нужно найти единичные вектора для всех осей симметрии икосаедра (в системе координат использованной в статье) и дело сделано.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.
Re: Как получить фуллерен?
Да, спасибо за пояснение. Действительно, в статье, и это я думаю наиболее распространено, приводятся координаты уникальныз атомов для системы координат построеной на С2 осях. A вот то что в NWChem ось пятого порядка (как самая старшая) берется дефолтно за Z, это я прозевал.kbob писал(а): ↑Вс июл 09, 2017 9:42 amsirius вы взяли координаты атомов из статьи https://arxiv.org/pdf/cond-mat/0603225.pdf, там сказано что оси координат являются осями симметрии второго порядка, в отличии от input nwchem где ось 5-го порядка совпадает с осью-z.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
-
- Сообщения: 34
- Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am
Re: Как получить фуллерен?
.
Есть программы для генерации фуллеренов, включая различные изомеры:
Program FULLERENE: http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?page=fullerenes
Nanotube Modeler: http://www.jcrystal.com/products/wincnt/
Есть программы для генерации фуллеренов, включая различные изомеры:
Program FULLERENE: http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?page=fullerenes
Nanotube Modeler: http://www.jcrystal.com/products/wincnt/
Re: Как получить фуллерен?
Программа хорошая (в частности позволяет junction нанотрубок через ConTub который более нигде не скачивается), но отсутствие экспорта координат в демоверсии делает вывод геометрии крайне небанальной задачей. (я принтскринил координатное окно несколько десятков раз сдвигаясь по координатам, потом все распознавал и собирал вместе). А 50 евро меня жаба давит.Tatyana111 писал(а): ↑Сб авг 19, 2017 2:47 amNanotube Modeler: http://www.jcrystal.com/products/wincnt/
А вот этого не знал, спасибо.Tatyana111 писал(а):Program FULLERENE: http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?page=fullerenes
-
- Сообщения: 34
- Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am
Re: Как получить фуллерен?
.
Под Windows вот такая есть:
WinCage (A Windows version of the CaGe program for generating fullerenes ):
https://sourceforge.net/projects/wincag ... Cage_v1.0/
Там можно приспособиться вытягивать всю информацию и без активационного ключа.
Гесс писал(а):Не, не поиграю, на кластер ставить сегодня настроения нет, а другого линукса у меня нет.
Под Windows вот такая есть:
WinCage (A Windows version of the CaGe program for generating fullerenes ):
https://sourceforge.net/projects/wincag ... Cage_v1.0/
Там можно приспособиться вытягивать всю информацию и без активационного ключа.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей