открыть файл в Chem3D - есть ли опции оптимизации?

[гаер*]

В качестве чайника хочу спросить - при открывании cdx файлов в Chem3D можно ли как-то отрегулировать степень "оптимизации структуры"? Необходимо минимизировать оптимизацию - чтобы было больше похоже на ChemDraw, только шаростержневое или шариковое.

[surius]

В качестве чайника хочу спросить - при открывании cdx файлов в Chem3D можно ли как-то отрегулировать степень "оптимизации структуры"? Необходимо минимизировать оптимизацию - чтобы было больше похоже на ChemDraw, только шаростержневое или шариковое.

Сформулируйте по другому, пожалуйста. Не совсем понятно что вы хотите сделать.

[гаер*]

Хочу, чтобы сложную структуру не слишком корёжило и скручивало.

[surius]

Хочу, чтобы сложную структуру не слишком корёжило и скручивало.

Ясно. Если я правильно помню то Chem3D, использует какую-то простенькую мол.механику. И может так получиться что вашы структуры карёжит потому оги сильно выходят (отличаются) за выборку на которой вшитый алгоритм параметризрвался. Тогда решения в рамках Chem3D может быть нет...?!

Скажите, а вы какой расчет делаете? Минимализируете энергию с ММ2 или что-то другое?

[гаер*]

Всё проще - никакого расчёта у меня нет, мне нужно тупо изображение, картинку молекулы, не из связей и букв, а, к примеру, из шариков. Молекула большая - олигонуклеотид с приличным довеском. И он открывается в Chem3D сурово (больше нужного) оптимизированный...

[surius]

Всё проще - никакого расчёта у меня нет, мне нужно тупо изображение, картинку молекулы, не из связей и букв, а, к примеру, из шариков. Молекула большая - олигонуклеотид с приличным довеском. И он открывается в Chem3D сурово (больше нужного) оптимизированный...

Ясно. Тогда вынужден признаться, что хорошего совета я вам дать не смогу. Однако, если вам нужно его разово нарисовать в шаростержневом стиле, 3D, то я могу вам его каким-либо иным образом построить. Если же вам нужен постоянный источник 3D картинок, то может кто из коллего даст вам более дельный совет.

[Гесс]

VMD, Chimera, Chemcraft - мой традиционный набор визуализаторов. Первые два бесплатные, у третьего длительный триальник.
Только учтите - исключительно визуализаторов, никаких предоптимизаций и оптимизаций в ММ или как либо еще эти программы не делают. (Я так и не понял что делает слово "оптимизация" в вопросе, Кем3Д не проводит оптимизации если его об этом специально не просить.).
Шаростержневые модели есть во всех 3 вышеуказанных, возможности их подкручивания под свое чувство вкуса - бесконечны.
Если по каким то причинам все 3 визуализатора вам не подошли то можно попробовать MaterialStudio, Travis и если душа требует чего то странного то GView (Гауссиана), GV (молкаса), ТмольХ (турбомоля), IQMol (Кьюкема), JMol, wxMacMolPlt, Mercury

[гаер*]

VMD, Chimera, Chemcraft - мой традиционный набор визуализаторов

Спасибо, попробовал. Ни в одном из них не смог открыть ChemDraw файл (cdx). А из остального набора какой визуализатор способен открыть кемдрошный файл?

[Гесс]

Сохраните его из кемдро в универсальных форматах типа xyz или pdb. Mol2 тоже можно если не кемкрафт

[Ahha]

Ни в одном из них не смог открыть ChemDraw файл (cdx).

Сохраните его из кемдро в универсальных форматах

Если с этим возникнут проблемы (на нашей лаб-ной версии ChemDraw они возникли ), выложите этот cdx файл здесь. Или, если это что-то очень конфиденциальное, пришлите в ЛС.

[Гесс]

кстати говоря я не уверен что cdx файлы содержат информацию о расположении в пространстве.
Но они открываются в Chem3D откуда могут быть сохранены в желаемый формат.
Мой ответ "Сохраните его из кемдро в универсальных форматах" некорректен в том отношении что из ChemDraw (двухмерной рисовалки) в трехмерные форматы сохранения нет. Только из Chem3D.

[Гесс]

Я еще раз перечитал тему, пытаясь понять в чем вопрос.

Вы нарисовали молекулу в КемДро и она вам более менее нравится, так?
Потом вы открываете соответствующий cdx файл в кем3д, кем3д строит молекулу в пространстве, но результат вас не устраивает, так?
Причем не изза формата атомов и связей а потому что какие то элементы которые были хорошо видны в двухмерной прорисовке стали плохонаблюдаемы в трехмерной? При этом вы считаете что оптимизация не улучшит отображения, правильно?

Гм. Ну тут нелегко что-то сделать. Можно взять трехмерную струкутуру и попробовать ее отредактировать (меняя длины связей и углы на нефизические, но более "красивые"). Это можно в самом кем3д, кемкрафте и материалстудии, но картинку надо будет сохранять сразу, ибо если сохранить в трехмерный формат, а потом открыть в другом визуализаторе, то он осознает связи заново и если вы чтобы продемонстрировать центр комплекса отодвинули какой-то фрагмент удлинив связь до скажем 5 ангстремов - то визуализатор эту связь уже не покажет.

[гаер*]

Сохраните его из кемдро в универсальных форматах

Спасибо, помогло!
Потом в Chemcraft получилось сделать картинку.
Коллеги, спасибо!!!

[гаер*]

Вы нарисовали молекулу в КемДро и она вам более менее нравится, так?
Потом вы открываете соответствующий cdx файл в кем3д, кем3д строит молекулу в пространстве, но результат вас не устраивает, так?

Да, так и было!

Причем не изза формата атомов и связей а потому что какие то элементы которые были хорошо видны в двухмерной прорисовке стали плохонаблюдаемы в трехмерной? При этом вы считаете что оптимизация не улучшит отображения, правильно?

Именно что плохонаблюдаемы. Мне была нужна банальная шаростержневая картинка из нарисованной в ChemDraw формулы, а Chem3D безбожно расположил всё в пространстве.

Но всё получилось - сохранил из ChemDraw в MDL Molfile V3000, потом открыл его в Chemcraft, выставил тип отображения (Display), повернул как нужно, и скопировал как jpeg в буфер обмена, выставив ширину 10000 пикселей. В результате получилось приемлемо.