TD DFT анализ конъюгата

[AlexKsen]

Уважаемые форумчане, добрый день.
Борюсь с коньюгатом порфирината и фуллерена. Никак не посчитается TD DFT спектр. Пишет проблему с памятью. Все перепробовал менял память. Но ничего не помогает. Прошу Вашего совета!

https://cloud.mail.ru/public/5i5J/MqesaKnrY

[Гесс]

Вы запрашиваете 300 Mwords = 2.4 Gb памяти на каждое ядро, то есть без малого 20 Гб с каждой из 8 нод.
У вас есть эта память? Если у вас есть больше - то увеличивайте MWORDS.
Если есть только по 20 Гб на ноду - уменьшайте число процов с одновременным увеличением памяти (так чтоб их произведение оставалось в рамках имеющейся памяти минус хотя бы 10%.
базис сокращать дальше уже некуда, способов удешевить задачу я особо не вижу.
Ну можете попробовать поискать кластер побольше...

7. If you are in doubt whether you have reqeusted enough memory to perform a calculation it is possible to use GAMESS to check using

$contrl exetyp=check $end

This keyword will simulate an actual GAMESS run by skipping the most time consuming steps so it is very fast.

[AlexKsen]

Увеличивал MWORDS до 400. Не помогло.

[Гесс]

Нужна какая то хоть приблизительная оценка. У вас другие молекулы сравнимого размера считались на TDDFT? Если нет - то попробуйте половину вашей системы на 300 мвордах. Есть подозрение что для системы такого размера надо увеличивать память не на треть а на порядки, но это лишь предположение, поэтому интересно посмотреть на успешные расчеты (я не считаю в Гамессе и не играю в системы больше нескольких десятков атомов на ТДДФТ, поэтому у меня такой статистики нет).

[AlexKsen]

Систему подобного размера первый раз ТДДФТ анализирую. Увеличить память больше 400 не получиться. Тогда даже не знаю, что делать, если нужно память в разы увеличить.

[Гесс]

Систему подобного размера первый раз ТДДФТ анализирую. Увеличить память больше 400 не получиться. Тогда даже не знаю, что делать, если нужно память в разы увеличить.

Если у вас на ноде 20 гигов памяти (вы так и не ответили на этот вопрос), то вы вполне можете поднять свои MWORDS до 2400, просто сократив число процессоров до 1 на ноду. Считать правда будет в 8 раз медленнее (кстати не факт, скорее падение будет не таким значительным). Не факт конечно что спасет, но попробовать стоит. В своих старых DLPNO расчетах я доводил память до 30 гигабайт на ядро снижением числа ядер с 16 до 2.
И попробуйте с половиной системы. Будет хоть ясно есть ли хоть какие то шансы.