Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Rusia » Ср окт 11, 2017 3:48 am

Даже у тетраметилсилана иногда при простой оптимизации остаётся одна мнимая частота (хоть и не большая по модулю, но всё равно отрицательная).

Уже дошёл до такого:

Код: Выделить всё

OPT=(gdiis,verytight) Int=UltraFine B3LYP/6-311++G(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ GFInput NMR SCRF=(PCM, Solvent=Chloroform) Freq pop(FULL,nboread) gfoldprin 
при этом у TMS мнимые частоты иногда пропадают и при

Код: Выделить всё

OPT B3LYP/6-311++G(d,p).....
Может сменить метод DFT? Или базис взять побольше? Обычно советуют увеличить точность и интегралы - уже пробовал...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Гесс » Ср окт 11, 2017 4:43 am

1) а может это реально не минимум? Как вообще выглядит колебание - вращение метильной группы?
2) попробуйте сделать IRC, правда если это артефакт то расчет умрет на первых же итерациях сколько не играй с шагом.
3) очень может быть эффектом от континиумного растворителся. Если проблема не воспроизводится в газофазном расчете надо либо пересчитывать все с сольватацией несколькими молекулами настоящего растворителя либо долго играть с параметрами SCRF
4) дальнейшее увеличение базиса для столь малой молекулы мне кажется бесполезным и вредным.
5) ежели че - то могу найти до десятка архивных блоков гауссиана для тетраметилсилана с частотами на B3LYP, разные меньшие базисы, все минимумы, кажется растворителя нет.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение YuraM » Ср окт 11, 2017 10:15 am

just a few quick hints/comments:
a) when increasing the grid size (Integral(Grid=ultrafine)) did you try to add "CPH(Grid=ultrafine)"? The problem is that for some strange reasons Gaussian 09 reduce the grid size significantly upon calculation of the energy second derivative, no matter which grid size is initially specified. This was pointed out by the reviewer of one of our paper, I checked it out and it turned out to be true.
b) The problem might be also coming from the dispersion correction and/or SCRF. If the option above does not help, then could you perform two separate calculations: one with dispersion/ no SCRF and another with SCRF and no dispersion.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1136
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Vit Nhoc » Ср окт 11, 2017 12:18 pm

У меня тоже постоянно с методом wB97XD/6-31++G(D,P) при оптимизации в C1 вылезают отрицательные частоты.

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Rusia » Ср окт 11, 2017 12:40 pm

Гесс писал(а):
Ср окт 11, 2017 4:43 am
1) а может это реально не минимум? Как вообще выглядит колебание - вращение метильной группы?
2) попробуйте сделать IRC, правда если это артефакт то расчет умрет на первых же итерациях сколько не играй с шагом.
3) очень может быть эффектом от континиумного растворителся. Если проблема не воспроизводится в газофазном расчете надо либо пересчитывать все с сольватацией несколькими молекулами настоящего растворителя либо долго играть с параметрами SCRF
4) дальнейшее увеличение базиса для столь малой молекулы мне кажется бесполезным и вредным.
5) ежели че - то могу найти до десятка архивных блоков гауссиана для тетраметилсилана с частотами на B3LYP, разные меньшие базисы, все минимумы, кажется растворителя нет.

1. Похоже на минимум - у аналогичных соединений геометрия не отличается и нет негативных значений у частот. Не похоже на вращение.

Изображение

2. Тут я не сомневаюсь, что это не седловая точка.
3. Брать не континуальную модель? Какие параметры менять?
4. Да и время на расчёты увеличивается слишком непростительно.
5. У TMS пропадает мнимая частота при

Код: Выделить всё

OPT B3LYP/6-311++G(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ...
Vit Nhoc писал(а):
Ср окт 11, 2017 12:18 pm
У меня тоже постоянно с методом wB97XD/6-31++G(D,P) при оптимизации в C1 вылезают отрицательные частоты.
Когда просто нужна геометрия "для себя", небольшие значения можно почти смело игнорировать. Но если людям показывать - не солидно.

YuraM писал(а):
Ср окт 11, 2017 10:15 am
just a few quick hints/comments:
a) when increasing the grid size (Integral(Grid=ultrafine)) did you try to add "CPH(Grid=ultrafine)"? The problem is that for some strange reasons Gaussian 09 reduce the grid size significantly upon calculation of the energy second derivative, no matter which grid size is initially specified. This was pointed out by the reviewer of one of our paper, I checked it out and it turned out to be true.
b) The problem might be also coming from the dispersion correction and/or SCRF. If the option above does not help, then could you perform two separate calculations: one with dispersion/ no SCRF and another with SCRF and no dispersion.
Спасибо! Попробую

Код: Выделить всё

CPH(Grid=ultrafine)
или может надо

Код: Выделить всё

CPHF(Grid=ultrafine)
.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение amge » Ср окт 11, 2017 1:03 pm

Rusia писал(а):
Ср окт 11, 2017 12:40 pm
Не похоже на вращение
Точно? Группы CH2SR?

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Rusia » Ср окт 11, 2017 2:42 pm

amge писал(а):
Ср окт 11, 2017 1:03 pm
Точно? Группы CH2SR?
Если так посмотреть - то да, есть скручивание.
Изображение

Тогда что с этим делать? Брать крайний конформер и его оптимизировать?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Гесс » Ср окт 11, 2017 7:14 pm

Rusia писал(а):
Ср окт 11, 2017 2:42 pm
amge писал(а):
Ср окт 11, 2017 1:03 pm
Точно? Группы CH2SR?
Если так посмотреть - то да, есть скручивание.

Тогда что с этим делать? Брать крайний конформер и его оптимизировать?
Ну "крайний" это зависит от настройки амплитуды колебаний, с тем размахом как на гифке думаю будет перебор. Но да, с несколько сдвинутой геометрии или IRC. Опять же можно подрезать базис для скорости. Если это не анион (желтый это сера? это тиоанион?) то можно было бы с чистой совестью отказаться скажем от второго плюса.

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Rusia » Ср окт 11, 2017 10:05 pm

Гесс писал(а):
Ср окт 11, 2017 7:14 pm
Ну "крайний" это зависит от настройки амплитуды колебаний, с тем размахом как на гифке думаю будет перебор. Но да, с несколько сдвинутой геометрии или IRC. Опять же можно подрезать базис для скорости. Если это не анион (желтый это сера? это тиоанион?) то можно было бы с чистой совестью отказаться скажем от второго плюса.

Размах тут для масштаба, иначе совсем слабенько двигается.

Да, жёлтый - это просто сера (C-S-C).
Изначально я думал брать AUG-cc-pVTZ, но решил что жирновато будет для таких соединений (учитывая что разницы в геометрии относительно "стандарта" - 6-311++G(d,p) будет очень мало).
Скоро будут частоты от использования

Код: Выделить всё

CPH(Grid=ultrafine)
может это позволит избежать поиска наиболее удачных конформеров.

alex7851
Сообщения: 101
Зарегистрирован: Сб сен 04, 2010 11:22 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение alex7851 » Вт окт 31, 2017 11:33 am

А в каких случаях нужен и помогает nosymm?
У меня были структуры, которые без него сходились с мнимой частотой (я подозреваю, хотели стать высокосимметричной группой), а с ним - без, но с большим трудом. Не случай ли это TMSа?

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Rusia » Пн ноя 27, 2017 12:49 pm

alex7851 писал(а):
Вт окт 31, 2017 11:33 am
А в каких случаях нужен и помогает nosymm?
У меня были структуры, которые без него сходились с мнимой частотой (я подозреваю, хотели стать высокосимметричной группой), а с ним - без, но с большим трудом. Не случай ли это TMSа?
Насколько я понял, для TMS это ещё может и сработает - все остальные соединения не симметричные.
Я уже давно использую остановку поиска симметрии для именно из-за того, что тогда эти мнимые частоты вылязят ещё чаще.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение YuraM » Пт дек 08, 2017 5:11 pm

btw, did the option "CPH(Grid=ultrafine)" help to get rid of/ eliminate the imaginary frequency?
Кто смел тот и съел

alex7851
Сообщения: 101
Зарегистрирован: Сб сен 04, 2010 11:22 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение alex7851 » Вс дек 17, 2017 11:00 am

Как раз недавно столкнулся с вылезающей мнимой частотой от -10 до -30, реже до -100. Как ни странно, мне помогло искажение начальной структуры (например, в кемкрафте есть опция "make small random displacement") и переоптимизация из нее.
Кстати, часто слышу, что маленькую мнимую можно просто игнорировать. Вопрос в том, что считать маленькой. Между структурами без и с -30 частотой у меня была разница H и G 1кКал/моль, между -30 и -55 - 20кКал/моль, т.е. дичь вообще.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian оптимизация простых молекул без мнимых частот

Сообщение Гесс » Вс дек 17, 2017 11:23 am

В принципе я стараюсь пересчитывать любые мнимые частоты если это не занимает месяцы, но до -10 я готов пойти на сделку с совестью если пересчитывать слишком долго.
до -30 - я бы пересчитывал но я знаю это мнение (прямым текстом прописанное у Турбомоля) и смирился с тем что люди игнорят эти частоты если это не цель статьи.
частоты в -50 это зачастую реальные (неартефактные) с игнорированием чего я не согласен. Если от него не удается избавиться на данном методе но его артефактность подтверждается другими методами - я бы потратил пару фраз в статье чтоб описать что система проблемна и имеет такого рода нестабильность/артефакт.
игнорирование частот в -100 это имхо мухлеж такого уровня что можно частоты и не считать, а просто придумать.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 20 гостей