Orca: сходимость, grid, перенос геометрии с др.программ

[Любитель_Манниха]

Коллеги, подскажите, какие параметры следует выставить Орке, чтобы строгость оптимизации геометрии была аналогично природовским

$grid accur=1e-9 $end
$optimize tol=1e-5

Взял я оптимизированную в Природе геометрию, запихнул её в Орку, думая глянуть влияние дисперсионной поправки и/или сольватации,
и тут оно начало колбаситься (аут raskolbas). Посмотрел в мануал, увеличил grid до Grid4 FinalGrid5 и убрал D3+CPCM - результат примерно такой же (аут ...increased1), заабортил. Поставил такие параметры: TightOpt TightSCF PAL2 Grid7 NoFinalGrid. Результат - в ауте "...increased2".
Причём этот расчёт был прерван перезагрузкой, после чего я его перезапустил с последней точки, и... с первой же точки всё сошлось

[Shorku]

Я никогда не пользовал природу, а что значат эти цифры из природы?
За СРСМ не скажу, но дисперсионные поправки у меня обычно наоборот, улучшали сходимость в не очень жестких модельках
Зыы Таки обратите внимание, что в последнем логе геометрия сошлась, поэтому ничего удивительного, что при перезапуске оно не стало оптимизироваться дальше.

[Любитель_Манниха]

Я никогда не пользовал природу, а что значат эти цифры из природы?

Из мануала краткого описания Природы:

grid accuracy - accuracy of xc-energy per atom of the adaptively generated grid (for DFT methods). Value 1e-8 is default (fine grid). Value 1e-9 can be used for very accurate calculations.

tolerance=%f,%f - tolerance in gradient (first value) and displacement (second value) in au. Default is 0.0001, 0.01. If only the first is given, the second is computed 100 times as much (recommended default)

Зыы Таки обратите внимание, что в последнем логе геометрия сошлась, поэтому ничего удивительного, что при перезапуске оно не стало оптимизироваться дальше.

А откуда видно, что оно сошлось?
Если смотреть на относительные энергии, то разница между шагом 29 и шагом 30 - 0.000144... ккал/моль. На шаге 31 расчёт оборвался. Маловероятно, что разница между 30-м и 31-м была бы на порядки.

Ну и вообще, функционал тот же, базис примерно аналогичный, и даже при использовании, насколько я понимаю, почти максимально закрученных гаек (можно ещё какие-нибудь SlowConv включить и ExtremeTightScf или как его там) - такая болтанка (не говоря уж о затратах времени).

[Shorku]

Я никогда не пользовал природу, а что значат эти цифры из природы?

Из мануала краткого описания Природы:

grid accuracy - accuracy of xc-energy per atom of the adaptively generated grid (for DFT methods). Value 1e-8 is default (fine grid). Value 1e-9 can be used for very accurate calculations.

tolerance=%f,%f - tolerance in gradient (first value) and displacement (second value) in au. Default is 0.0001, 0.01. If only the first is given, the second is computed 100 times as much (recommended default)

Зыы Таки обратите внимание, что в последнем логе геометрия сошлась, поэтому ничего удивительного, что при перезапуске оно не стало оптимизироваться дальше.

А откуда видно, что оно сошлось?
Если смотреть на относительные энергии, то разница между шагом 29 и шагом 30 - 0.000144... ккал/моль. На шаге 31 расчёт оборвался. Маловероятно, что разница между 30-м и 31-м была бы на порядки.

Ну и вообще, функционал тот же, базис примерно аналогичный, и даже при использовании, насколько я понимаю, почти максимально закрученных гаек (можно ещё какие-нибудь SlowConv включить и ExtremeTightScf или как его там) - такая болтанка (не говоря уж о затратах времени).

Код: Выделить всё

                    ***********************HURRAY********************
                    ***        THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED     ***
                    *************************************************

Кемкрафт, скажем, должен был это заметить. Вообще, орка после завершения оптимизации делает еще одну итерацию, т.к. по дефолту оптимизация считается с сеткой пореже, а энергия на финальной итерации с сеткой погуще (такое поведение легко отключается, если надо)

Попробовал Ваш первый инпут без cpcm, получилось как у Вас. Было бы любопытно посмотреть, получилось бы также с другими пакетами (с D3)? Вероятно, лечится это расчетом нормального гессиана перед стартом оптимизации. А вот критерии сходимости электронной задачи здесь, скорее всего, не при чем.

[Любитель_Манниха]

Ааа. Слона-то и не заметил
Просто у меня сложилось впечатление, что Кемкрафт на абортнутых оптимизациях Орки тупо на последний шаг пишет - Optimized geometry. Вкупе с видом кривой сходимости это привело к нежеланию копаться в логе.

А вот критерии сходимости электронной задачи здесь, скорее всего, не при чем.

Буквально только что оптимизировал одну структуру с похожим органическим фрагментом. Юзал Grid4 FinalGrid5 и TightSCF - на первом же шаге не сходился SCF. Помог кейворд SlowConv. Попробую и здесь также сделать.

[endlesslake]

кажется можно убрать начальные скачки геометрии (по идее оно и проблемы со сходимостью SCF вылечит) связав концы не ковалентно взаимодействующих хвостов вручную дополнительными внутренними координатами.

[Любитель_Манниха]

Хм. Если обрубить хвосты, то получается, что сочетание CPCM+D3 даёт какую-то дичь
а самым адекватным выглядит отсутствие того и другого наворота которые как раз хотелось задействовать

[Гесс]

Я посмотрел 2 упомянутых файла, имхо возможно что это 2 локальных минимума. Основная разница в положении молекулы не давшей водородной связи. Без примочек она не впечатляюще торчит в сторону, а с примочками она дает вполне приличный пайпай стекинг, см димер бензола.

[Любитель_Манниха]

Напрягает, что для появления "стекинга" нужны обе примочки. Типа дисперсионное взаимодействие перевешивает эл-стат? В "растворе"?

[Гесс]

D3 однозначно усиливает стекинг против электростатики. Континиумный растворитель ослабляет электростатику за счет диэлектрической константы. Так что тут все более менее непротиворечиво.