MD in Orca 4

[Любитель_Манниха]

Коллеги, насколько православно/богомерзко использовать встроенные в Орку возможности молдинамики?
Поиграться c МД хочется, а трахаться со всякими там громаксами - нет

[Гесс]

Гы. И православно и богомерзко! Смотря чего вы хотите. Если "немного" упрощать то существует 2 вида МД - "классическое-каноническое-форсфилдовое" и "абиницио МД". Первое это "атомы на пружинках", а второе - "практически кванты". В первом связи не образуются и не рвутся, а во втором - да. Вот в Громаксе - "классика", а в Орке - "абинишиа".
Прежде чем в меня полетят тапки - 1) я знаю о ReaxFF и думаю что Топикстартеру оно не надо. 2) Полуэмпирическое МД упускается по тем же причинам. 3) Большая часть того что делается под маркой Abinitio MD это CPMD и/или DFT-MD, но имхо это неважно.
Классическое МД позволяет считать системы в десятки тысяч - миллионы атомов и очень любимо народом занимающимся протеинами и мембранами. Там есть десяток классических растворителей, среди которых центральное место занимает вода, и симуляция в каком нибудь ацетонитриле уже становится нетрадиционной (но решаемой) задачей. CPMD работает с десятками атомов, прорывная работа по симуляции реакции Urey-Miller (искать на ютюбе возможно со словами Nanoreactor или Terachem) включала сотню неводородных атомов, в прошлом году видел бенчмарк атомов на 300, но это реально дорого.

Так что сначала надо определить, а че вам от МД надо. И если это порфирины - то не каждый форсфилд с ними корректно поработает.

Громакс кстати сравнительно легко ставится, зато для него несколько напряжно на мой взгляд делать инпуты. Я делал через амбертулсы. Код громакса пишется сообществом поэтому собственно никто ничего не гарантирует. Подробнее о том как это нехорошо тут уже высказывался uchebnik fiziki. Основной альтернативой является Амбер, он не бесплатен, но можете попробовать выклянчить, говорят людям из бедных стран раньше давали. Его ставить не пробовал.

И то и другое может быть весьма эффективно посчитано на видеокартах. Зачем вам эта инфа не знаю, живите с ней.

[madschumacher]

В догонку. Не знаю как в 4й, но в предыдущих версиях Орки не было термостатов (или был, но Брендсеновский). А сие есть хрень собачья. Подразумевалось, что Орку надо прикручивать как источник градиентов к Громаксу (емнип), для этого в Громаксе реализован интерфейс к Орке.

[Shorku]

1. Не всякую связь не всякая ab initio молдинамика порвет (ну потому что дфт в орке или гамесе не совсем то же дфт, что в молдинамическом цпмд, например =) )
2. В орке только Берендсен
3. Может быть то был баг, но у меня шаге на 400 орочья динамика обычно падала (но то было еще паруо багфиксрелизов назад)
4. Если есть гауссиан, то, говорят, лучше пользовать ADMP, ибо быстрее. В орке за разумное время получится только RI-PBE

[uchebnik fiziki]

Основной альтернативой является Амбер, он не бесплатен, но можете попробовать выклянчить, говорят людям из бедных стран раньше давали. Его ставить не пробовал.

Сандер щас в составе AmberTools идёт, если не нужен функционал PMEMD -- будет более чем достаточно.

[Гесс]

Ого, прикольно. Ну то что я делал в амбере - шло одинаково хорошо и в pmemd и в sanders. У меня пока и есть сервера с лицензионным амбером и крайне редко надо его пользовать (я все таки не по мд), но на будущее может пригодиться. Спасибо.

[Любитель_Манниха]

Гы. И православно и богомерзко!

Хм. Пока из богомерзкого углядел скорость, а что из православного?

И если это порфирины - то не каждый форсфилд с ними корректно поработает.

Таки они, а ещё я более-менее хочу тяжёлые этомы которые, насколько понимаю, совсем не в каждом форсфилде есть.
Одна из хотелок - посмотреть возможность "цис-транс" изомеризации атропоизомеров некоторых порфиринов в присутствии "субстратов".
Когда-то делал, прости Яхве, в Химофисе, соответственно MM2 или MMFF94 и оно как-то получалось. через жопу и в зависимости от фазы Марса

Пока запустил для прикидки. Для голого тетрафенилпорфирина 10 итераций МД с RI-PBE с базисом def2-SVP делается за 3 часа на одном ядре ноута с дохлым целероном, ну жить можно.

[iChem]

Гы. И православно и богомерзко!

Хм. Пока из богомерзкого углядел скорость, а что из православного?

И если это порфирины - то не каждый форсфилд с ними корректно поработает.

Таки они, а ещё я более-менее хочу тяжёлые этомы которые, насколько понимаю, совсем не в каждом форсфилде есть.
Одна из хотелок - посмотреть возможность "цис-транс" изомеризации атропоизомеров некоторых порфиринов в присутствии "субстратов".
Когда-то делал, прости Яхве, в Химофисе, соответственно MM2 или MMFF94 и оно как-то получалось. через жопу и в зависимости от фазы Марса

Пока запустил для прикидки. Для голого тетрафенилпорфирина 10 итераций МД с RI-PBE с базисом def2-SVP делается за 3 часа на одном ядре ноута с дохлым целероном, ну жить можно.

Могу прогнать вашу динамику на gpu с pbe/def2-svp, если выложите координаты и скажете нужную температуру

[Любитель_Манниха]

Спасибо за предложение!
Через недельку, когда созрею в плане круга задач, Вам напишу