Тут говорили, что EFP – хорошая вещь. Я хочу просчитать с помощью EFP энергии протонирования и депротонирования ряда молекул, но у меня нет Gamess-а, и я хочу провести расчёты в Gaussian-е.
Если я правильно понимаю, для этого можно использовать ONIOM: центральную молекулу просчитать на DFT, и добавить к ней 40 молекул воды, которые считаются полуэмпирикой или MM. Далее всё прооптимизировать.
Что лучше выбрать для такой задачи – полуэмпирика или MM? И можно ли назвать такой подход EFP?
EFP в Гауссиане
Re: EFP в Гауссиане
нет, это не EFP, это ONIOM, но подход использовать можно.
Что лучше сказать не могу, ИМХО выше шансы что полуэмпирика корректнее опишет специфичную сольватацию, но в то же время ММ корректнее описывает вандерваальс. Хотя разумеется зависит от того какая полуэмпирика и какой форсфилд ММ.
Что лучше сказать не могу, ИМХО выше шансы что полуэмпирика корректнее опишет специфичную сольватацию, но в то же время ММ корректнее описывает вандерваальс. Хотя разумеется зависит от того какая полуэмпирика и какой форсфилд ММ.
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: EFP в Гауссиане
Тут ещё вопрос, не покорёжит ли полуэмпирика основную молекулу. Помнится, какой-то из методов, имеющихся в G9, мне порфирин жутко деформировал.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: EFP в Гауссиане
1) А MM не покорёжит?Любитель_Манниха писал(а): ↑Пн ноя 27, 2017 11:38 pmТут ещё вопрос, не покорёжит ли полуэмпирика основную молекулу. Помнится, какой-то из методов, имеющихся в G9, мне порфирин жутко деформировал.
2) Чтобы считать в MM, надо просто указать этот метод в route section, а всё остальное как для других методов? Мне показалось, что раз MM, то надо отдельно указывать какие в молекуле типы связей.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 35 гостей