Металическая связь
Металическая связь
Здравствуйте!
Еще один вопрос.
Вот захотелось мне нарисовать кластер из 5-6 атомов индия, допустим, и нагрев, посмотреть как он разваливается.
Встают вопросы:
1. Какой потенциал для моделирования лучше использовать?
2. Как собственно, в программах типа HyperChem или Gaussian задать эту металическую связь. Ковалентную понятно - линии нарисовал и ок, а металлическую? Или у объеков таких размеров еще не металлическая связь? \
Просвятите пожалуйста.
Еще один вопрос.
Вот захотелось мне нарисовать кластер из 5-6 атомов индия, допустим, и нагрев, посмотреть как он разваливается.
Встают вопросы:
1. Какой потенциал для моделирования лучше использовать?
2. Как собственно, в программах типа HyperChem или Gaussian задать эту металическую связь. Ковалентную понятно - линии нарисовал и ок, а металлическую? Или у объеков таких размеров еще не металлическая связь? \
Просвятите пожалуйста.
Re: Металическая связь
Используйте ДФТ и не будете иметь проблем со связями. Но не B3LYP, а скажем PBE.
Палочка на экране это больше эффект визуализации нежели реальный объект, ну или надо лезть в бейдеровский анализ. Так линии между атомами можете ставить сколько угодно и каких угодно, ДФТ и все более высокоуровневые методы их проигнорит. Полуэмпирика кстати тоже, но я бы не рассчитывал ни на что похожее на правду на полуэмпирике с металлическими кластерами. Как вы это намерены греть - тоже загадка, больше всего смахивает на abinitio MD, но тогда это не гиперхем и гауссиан, а чтото типа Terachem или VASP, впрочем я таким не занимаюсь.
ПросвЕщать - КультпросвЕт - освЯщать
Палочка на экране это больше эффект визуализации нежели реальный объект, ну или надо лезть в бейдеровский анализ. Так линии между атомами можете ставить сколько угодно и каких угодно, ДФТ и все более высокоуровневые методы их проигнорит. Полуэмпирика кстати тоже, но я бы не рассчитывал ни на что похожее на правду на полуэмпирике с металлическими кластерами. Как вы это намерены греть - тоже загадка, больше всего смахивает на abinitio MD, но тогда это не гиперхем и гауссиан, а чтото типа Terachem или VASP, впрочем я таким не занимаюсь.
ПросвЕщать - КультпросвЕт - освЯщать
Re: Металическая связь
Да, развал кластеров от температуры -- это мол.динамика. Случай простой, так что можно даже без ab initio обойтись. Насчет имплементации товарищ Гесс прав: TeraChem и VASP подходят. Но если хочется чего-то со свободной лицензией, то рассмотрите CP2K и NWChem.
Re: Металическая связь
Мощно ещё использовать ПРИРОДУ!mizuchi писал(а): ↑Пн дек 11, 2017 5:37 pmДа, развал кластеров от температуры -- это мол.динамика. Случай простой, так что можно даже без ab initio обойтись. Насчет имплементации товарищ Гесс прав: TeraChem и VASP подходят. Но если хочется чего-то со свободной лицензией, то рассмотрите CP2K и NWChem.
Re: Металическая связь
ну да, ну да, минус все квантовые эффекты, характерные для маленьких кластеров =)mizuchi писал(а): ↑Пт дек 15, 2017 8:17 pmДва примера:
https://www.cp2k.org/exercises:2017_ethz_mmm:pythonmd
https://www.cp2k.org/exercises:2017_eth ... lting_2017
Make quantum chemistry, not war
Re: Металическая связь
Сомневаюсь, что человеку, который не знает, что "металлическая" связь проявляется только в периодической структуре, нужны эти квантовые эффекты. Сергей просто хочет посмотреть, как разваливается индиевый кластер, а не тратить кучу вычислительных ресурсов на какой-нибудь там CCSD(T), дабы увидеть размерно согласованный распад.
Впрочем, если кванты нужны, никто не запрещает взять качественные GTH псевдопотенциалы и PBE функционал для того же CP2K.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 23 гостя