Расчеты физ. свойств по рентгену в PC Gamess

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Mojahed
Сообщения: 78
Зарегистрирован: Ср окт 27, 2010 6:20 am

Расчеты физ. свойств по рентгену в PC Gamess

Сообщение Mojahed » Вт дек 19, 2017 10:03 am

Доброго времени, уважаемые форумчане!
Мне необходимо рассчитать в PC Gamess физические свойства (в частности, дипольный момент) кристалла одного органического вещества. Имеются рентгенографические данные - точное расположение атомов и кристаллизационной воды в элементарной ячейке.
Опыта у меня не много, раньше я считал только отдельные молекулы и всегда сначала делал оптимизацию геометрии полуэмпирикой, после чего конвергенция поля в DFT-расчетах достигалась нормально. Однако в данном случае нужен расчет свойств без оптимизации геометрии, т.к. она уже известна. Я решил сначала посчитать (runtyp=energy, DFT B3LYP, 6-31G+) одну молекулу из кристалла из опасения, что поле может не свестись. Ну и действительно, оно не свелось (в молекуле чуть больше 30 атомов), причем не свелось от слова совсем - энергия все время менялась хаотически. Получается, что "оптимизированная природой" геометрия молекул недостаточно оптимизирована для расчетов?
Подскажите, пожалуйста, как мне рассчитать дипольный момент в этом случае? Стоит ли считать сразу всю элементарную ячейку, несмотря на то, что поле не свелось? Планируется публикация результатов, поэтому нужны как можно более точные расчеты (железо соответствующее имеется).
Боже, храни Элбакян!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты физ. свойств по рентгену в PC Gamess

Сообщение Гесс » Вт дек 19, 2017 11:13 am

Я не считаю в Гамессе, но из общего:
1) оптимально таки показать аутпут
2) можно играть с конвержерами - скажем Newton-Raphson обычно способен свести даже очень тяжелые случаи, хотя и за очень большое время. Опять же надо смотреть что там происходит.
3)
Получается, что "оптимизированная природой" геометрия молекул недостаточно оптимизирована для расчетов?
нет. Если бы вы запустили оптимизацию то на первом шаге расчету бы пришлось сводить scf в этой геометрии, то есть по сути делать тот же самый синглпоинт (если предположить что вы не внесли каких то искажений в инпут допустим удалив важные слова).
4) считать ячейку - непереиодически и не дополняя молекулы до полных (а в большинстве ячеек в ячейке находятся куски от разных молекул) - категорически неверно, такие расчеты гарантированно не будут сходиться. Считать непериодически, кластер из молекул вырезанный из кристалла (размноженной ячейки) в замороженной геометрии - корректно, но свойства вы будете получать для кластера целиком. Считать ячейку периодически - корректно, свойства будут для ячейки, но это делают не в Гамессе. Считать одну молекулу в вакууме в замороженной геометрии - отчасти корректно, но надо учитывать что вакуум и кристалл все же отличаются.
5) неисключено что следует брать больший базис и/или учитывать дисперсионное взаимодействие, но не зная что за система это непредугадабельно. 30 атомов это совсем немного.

Аватара пользователя
Mojahed
Сообщения: 78
Зарегистрирован: Ср окт 27, 2010 6:20 am

Re: Расчеты физ. свойств по рентгену в PC Gamess

Сообщение Mojahed » Ср дек 20, 2017 3:50 pm

Спасибо, Гесс, за столь развернутый ответ!
На деле всё оказалось довольно тривиально - при создании .inp-файла в Avogadro почему-то исказилась геометрия атомов: сохраняешь из нормального .mol, потом открываешь получившийся .inp, а он уже корявый:( Пока не смог выяснить, почему координаты бьются. Так что просто надо было не лениться и ручками написать инпут, скопировав координаты. Посчитал пока в Гауссиане DFT B3LYP в 6-31G(d,p)+ - поле нормально свелось, завтра в Гамесс загоню.
В молекулах есть ионизированные карбоксильные и аминогруппы. Базис на "боевых" расчетах планируется 6-31G(d,p)+ или даже ++.В ячейке все молекулы сделаны целыми, срезанные я бы не стал обсчитывать, но всё равно спасибо за разъяснения, они были очень полезны!
Боже, храни Элбакян!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 26 гостей