MCSCF ошибка чтения

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

MCSCF ошибка чтения

Сообщение iAlex » Ср дек 20, 2017 2:53 pm

Привет всем :wink: . Делаю MCSCF расчет оптимизации геометрии TeI6 2- в Gamess-US:

Код: Выделить всё

$CONTRL SCFTYP=MCSCF EXETYP=RUN RUNTYP=OPTIMIZE COORD=UNIQUE MAXIT=200         
ICHARG=-2 MULT=1 UNITS=ANGS $END                                               
$MCSCF CISTEP=GUGA $END                                                        
$SYSTEM TIMLIM=144000 MWORDS=2500 $END                                         
$STATPT OPTTOL=0.000001 NSTEP=200000 $END                                      
$SCF CONV=1.0d-06 DIRSCF=.T. $END                                              
$BASIS extfil=.t. GBASIS=tzp $END                                              
$GUESS GUESS=HUCKEL $END                                                       
$DATA                                                                          
TeI6 2- MCSCF geometry optimization TZP                                        
C1                                                                             
TELLURIUM  52.0      0.000000000         0.000000000         0.000000000       
IODINE     53.0     -3.061719401         0.000000000         0.000000000       
IODINE     53.0      0.000000000         3.061719401         0.000000000       
IODINE     53.0      0.000000000        -3.061719401         0.000000000       
IODINE     53.0      0.000000000         0.000000000         3.061719401       
IODINE     53.0      0.000000000         0.000000000        -3.061719401       
IODINE     53.0      3.061719401         0.000000000         0.000000000       
$END                                                                           
$DRT GROUP=D4H FORS=.TRUE. NMCC=161 NDOC=25 NVAL=3 $END                        
Активное пространство:

Код: Выделить всё

 SYMMETRIES FOR THE 161 CORE,  28 ACTIVE,   0 EXTERNAL MO-S ARE
     CORE= A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           A   
   ACTIVE= A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC 
   ACTIVE= A     A     A     A     A     A     A     A     A     A   
           DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   DOC 
   ACTIVE= A     A     A     A     A     A     A     A   
           DOC   DOC   DOC   DOC   DOC   VAL   VAL   VAL 

 MOLECULAR CHARGE          =   -2
 NUMBER OF ALPHA ELECTRONS =  186
 NUMBER OF  BETA ELECTRONS =  186
Расчет делается на одном ядре, доступное ОЗУ 32Гб, свободно на жестком диске порядка 105Гб.
Вроде всё считается, но доходя до блока GUGA-CI INTEGRAL SORTING выдает ошибку: PKWRT: NODE 0 ENCOUNTERED I/O ERROR WRITING UNIT 16

Код: Выделить всё

          ------------------------
          GUGA-CI INTEGRAL SORTING
          ------------------------

    131682 WORDS NEEDED TO SORT          89579 GUGA INTEGRALS IN MEMORY
2499999916 WORDS ARE AVAILABLE
 CHOOSING IN-MEMORY SORTING...
 IN CORE ALGORITHM SORTED            406 NON-ZERO 1E- INTEGRALS
 IN CORE ALGORITHM SORTED          80315 NON-ZERO 2E- INTEGRALS
 ...... END OF INTEGRAL SORTING ...... 
 STEP CPU TIME =     0.07 TOTAL CPU TIME =     1084.8 (   18.1 MIN)
 TOTAL WALL CLOCK TIME=     1084.8 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 100.00%

 -------------------------     ---------------------------------------
 ENERGY MATRIX CALCULATION     WRITTEN BY B.R.BROOKS,W.D.LAIDIG,P.SAXE
 -------------------------     ---------------------------------------

 COMPUTING THE HAMILTONIAN FOR THE   2992626 CSF-S...
 PKWRT: NODE   0 ENCOUNTERED I/O ERROR WRITING UNIT  16
 EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Wed Dec 20 20:36:19 2017
               1815113173  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
 STEP CPU TIME =  1547.31 TOTAL CPU TIME =     2632.1 (   43.9 MIN)
 TOTAL WALL CLOCK TIME=     2632.1 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 100.00%

job aborted:
[ranks] message

[0] process exited without calling finalize

[1] terminated

---- error analysis -----
Насколько я понимаю, она означает, что Gamess-US столкнулся с проблемой чтения/записи на жесткий диск :issue:. В чем может быть проблема может кто подскажет?

P.S. Это первые мои MCSCF расчеты :mrgreen: (до этого работал с DFT/TDDFT, но их уже не хватает для решения моих задач). Необходимо всё это для последующего расчета MCSCF + MCQDPT (MP2) и дальнейшего использования дырок на МО (псевдоэффект Яна-Теллера) и расчета спин-орбитальных каплингов (в идеале переходов с учетом спин-орбитального взаимодействия).
Последний раз редактировалось iAlex Ср дек 20, 2017 3:12 pm, всего редактировалось 1 раз.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: MCSCF ошибка чтения

Сообщение amge » Ср дек 20, 2017 3:04 pm

Может, 105Гб не хватает? Попробуйте запустить задачку вновь и последить за местом на диске (если уже этого не сделали).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: MCSCF ошибка чтения

Сообщение Гесс » Ср дек 20, 2017 3:59 pm

28 не многовато будет? Гамесс (не файерфлай) может быть не заточен на такие огромные активные пространства. Да и для файерфлая думаю 28 это некисло. К тому же может нехватать и оперативы. Попробуйте сначала проверить на этой же системе с активным пространством урезанным раза в 4-5 (химический смысл результата не столь важен).
И как то 25 занятых на 3 свободных мне кажется несколько странным выбором. Вы уверены что вы хотите именно так?
Я не специалист но я привык видеть активные пространства состоящие из занятых и свободных примерно поровну.

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: MCSCF ошибка чтения

Сообщение iAlex » Ср дек 20, 2017 4:03 pm

amge писал(а):
Ср дек 20, 2017 3:04 pm
Может, 105Гб не хватает? Попробуйте запустить задачку вновь и последить за местом на диске (если уже этого не сделали).
Действительно :shock: объем жесткого диска поглощается бешеными темпами, сначала по 1Гб/сек., потом на GUGA-CI INTEGRAL SORTING примерно по 200-500 Мб/сек. и это только 7 атомов, офигеть :shock: Думаю придется идти в магазин за новым HDD и дополнительной ОЗУ. :D
28 не многовато будет? Гамесс (не файерфлай) может быть не заточен на такие огромные активные пространства. Да и для файерфлая думаю 28 это некисло. К тому же может нехватать и оперативы. Попробуйте сначала проверить на этой же системе с активным пространством урезанным раза в 4-5 (химический смысл результата не столь важен).
Попробую. :beer:
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: MCSCF ошибка чтения

Сообщение Гесс » Ср дек 20, 2017 4:28 pm

iAlex писал(а):
Ср дек 20, 2017 4:03 pm
Действительно :shock: объем жесткого диска поглощается бешеными темпами, сначала по 1Гб/сек., потом на GUGA-CI INTEGRAL SORTING примерно по 200-500 Мб/сек. и это только 7 атомов, офигеть :shock: Думаю придется идти в магазин за новым HDD и дополнительной ОЗУ. :D
Ой искали бы вы лучше кластер с скретчем от пары терабайт на ноду...

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 16 гостей