Графическое представление молекул.

[MantaCoeno]

Подскажите, пожалуйста, с помочью каких программ делаете изображения молекул?

Сам до этого рисовал с помощью Ortep3, однако он не удовлетворяет с точки зрения стилей и невозможности их сохранения.
Мне советовали использовать MalDraw, однако его упоминание я нашел только среди ссылок учебника по квантовой химии, а больше нет. Меня предупреждали, что программа старая, но должна быть в этом плане достаточно простой и функциональной, поэтому искал. Если кто-то знает или владеет ссылкой, буду признателен.

Возможно, есть какой-либо другой удобный и простой софт?

Интересует именно возможность построения красивых и понятных изображений молекул, достаточно большого размера - объемных кластеров 20-40 атомов, возможность изменения стилей длины, формы, размера и цвета связей и самих атомов, и возможность сохранения этих стилей. Безусловно, должна принимать xyz-формат. Желательно иметь возможность сохранять в формате с хорошим качеством (ai, eps), ну или хотя бы обычным png.

Был бы очень признателен если поделитесь ссылками и, по-возможности, объяснениями работы.



Спасибо.

[EvgeniX]

ChemCraft
http://chemcraftprog.com/description.html

[Гесс]

VMD - очень мощная бесплатная прога с множеством стилей и широчайшими возможностями для анализа за счет встроенного программирования
Chimera
Chemport - мой основной пакет для визуализации. Ряд разных стилей + возможность их подгонки. На форуме присутствует автор откликающийся на запросы. Платно но долгий триал
MaterialStudio - удобно строить кластеры и прочие большие структуры, множество подпакетов, сильноплатно, искать на торрентах.
Еще бесплатное Avogadro, IQmol, TmoleX

[uchebnik fiziki]

VMD, разумеется.

[MantaCoeno]

Авогадро и КемКрафт знаю, но они не дают именно той визуализации, что я хочу. Да, я могу посмотреть, покрутить, подвигать, но это не то, что нужно, это больше для себя, а не для отчета или будущей публикации.

За все остальное большое спасибо.

[MantaCoeno]

Извиняюсь за продолжение нубо-вопросов.

Если я работаю с кластерами, а не с органикой, для которой VMD подразумевается, и программа у меня не хочет находить связи, пишет что их 0? Как заставить её думать, что там есть связи или как принудительно нарисовать их?

[Гесс]

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mai ... 22994.html
в обсуждении они ссылаются на http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mai ... /0268.html
см также http://cgmartini.nl/index.php/rb
Вцелом выглядит довольно утомительным занятием.

В кемкрафте это регулируктся кнопкой "Incorrectly identifies bonds", где для каждой пары атомов задаются собственные значения для разных типов связей.
В MaterialStudio - кнопкой параметры связи, под которой ползунком выбирается диапазон значений от стандартного при котором связь рисуется.

[madschumacher]

Я посоветую ещё Jmol и Gabedit (помимо упомянутых VMD и Авогадро). Все проги бесплатные.
Ещё (для всяких научных хипстеров) могу порекламировать программку UMV:
http://unexprog.org/umv.html
Вроде, легкая, симпатичная и простая.

[ihammers]

Кроме выше упомянутых программ:

1. VESTA --- построение кристаллов и их анализ.
2. Ovito --- анализ расчётных данных.

[Гесс]

кстати на тему кристаллов - p4vasp
Очень популярна у пользователей VASPa мне не понравилась потому что смог поставить только на виртуальный линь и много лишних телодвижений с переброской файлов.