Chemoffice MM2

[Rupreht]

Доброго дня

Подскажите пожалуйста. Есть такая задача, прикинуть оптимальную конфигурацию для двух молекул, т.е. одна фрагмент макромолекулы, а вторая, например, вода или что то вроде того. Или фрагмент и несколько молекул воды и.т.п. В общем надо методом ММ2 найти минимумы, чтобы потом уже посчитать мопаком, например.
В принципе понятно, где будет происходит взаимодействие и большая часть молекулы это просто лишний кусок, но как выделить для расчета определенный объем, чтобы сократить расчет?
Извините за сумбурность, на рисунке примерно то, что я хочу.
Можно ли это как то реализовать в Chemoffice?

мол расчет.jpg

[Rupreht]

И ещё маленький вопрос, можно ли в ММ2 оптимизировать натриевые соли органики? У меня при попытке выдает ошибку
Warning! No atom type was assigned to the selected atom
Я так понимаю натрий мешает.

[mizuchi]

За молмех не в курсе, но точно знаю, что соли - суть периодические структуры - так грубо обрабатывать нельзя.

[Rupreht]

А как можно?

[mizuchi]

Так или иначе учитывая условия периодического связывания, они же PBC. Насколько мне известно, ChemOffice такого делать не умеет, а некоторые его интерфейсы, например, Gaussian, используют их неявно, продуцируя чудовищные ошибки при крайне высокой вычислительной сложности.

[Rupreht]

А gaussian интерфейс chemoffice? До гауссиана ещё можно прикинуть мопаком.

[mizuchi]

MOPAC не поможет. Не умеет адекватно с PBC работать. Я бы посоветовал подергать CP2K, который работает с периодической молмеханикой.

[Гесс]

ИМХО надо сначала прояснить очень четко задачу. Зачем все это надо. А то может оказаться что это забивание шурупов микроскопом в темной комнате, причем в кошку. То есть советы mizuchi наверняка правильные, вопрос в том стоит ли свеч эта игра с CP2K и прочей периодикой. Автора как то очень сильно клонит в полуэмпирику.

Насчет мопака незнаю но периодическую полуэмпирическую молдинамину умеет Empire (для академии бесплатна версия параллельная на 1 ноду (потому как основная продвигаемая фишка - суперпараллельность между нодами), но этого достаточно для системы в тысячу атомов).

Впрочем на межмолекулярное взаимодействие полуэмпирика будет врать как дышит, даже с пришитыми к ней в эмпайере коррекциями гримме.

Опять же не факт что действительно неизбежна периодика - может достаточно взять достаточно большой кластер. Или облепить его растворителем.

Так или иначе если это не совсем позднешкольно-раннестуденческие игры в кванты то я бы рекомендовал какой то другой игструмент вместо кемофиса. Если вас привлекает его "наглядность, интерфейснутость и пр" - возьмите например MaterialStudio (всеравно что то что другое платное).

[Rupreht]

Мол динамика нужна для того, чтобы "облепить" растворителем и найти оптимальный вариант для дальнейшего расчета полуэмпирикой. Т.е. не вручную подставлять и не сажать по принципу "думаю так лучше", а найти минимум в молдинамике.
В некоторых случаях, это даже не соль. Надо допустим облепить фрагмент макромолекулы растворителем.
Ну и как вариант, облепить фрагмент макромолекулы не только растворителем, но и солевым раствором водным.
А в Chemoffice, действительно привлекает наглядность, наличие и молдинамики и полуэмпирики. Да и привычка.

[YuraM]

Добрый день, а просто для самообразования, почему MOPAC не умеет нормально работать с PBC? Личный опыт или есть какие-то публикации?

[Гесс]

Тогда подойдите к этому "повзрослому" - Amber (платно но очень детальные мануалы и туториалы, очень активный имейллист), или Gromacs (бесплатно, вцелом принцип тот же, тоже очень активный имейллист).
Куча силовых полей на выбор, самостоятельно умеет окружать растворителем, самостоятельно (по команде) расставляет противоионы и т.д.
Систему в несколько тысяч или десятков тысяч атомов будет щелкать как орехи. uchebnik fiziki (в том числе) таким профессионально занимается, насколько мне изменяет склероз.

[amge]

Добрый день, а просто для самообразования, почему MOPAC не умеет нормально работать с PBC? Личный опыт или есть какие-то публикации?

У меня есть небольшой личный опыт. На сайте MOPAC приведены очень много примеров расчета кристаллов - посмотришь и кажется, что все отлично. Но засада в том, что они там используют GNORM=4, а с таким градиентом рентгеновская структура лишь чуток искажается. Но если использовать более разумное ограничение на градиент (например, PRECISE, т.е. GNORM=0.01), то сразу становится не так радужно. С таким GNORM в тех примерах, что я у себя прогонял, исходные рентгеновские структуры не просто сильно искажались, а становились откровенно бредовыми. Почему так происходит - вопрос к авторам MOPAC.

[YuraM]

[мы заботимся о вашей анонимности], спасибо за ответ. То что Вы описываете очень интересно. Главное понять причину того что Вы описываете - что то не то с имплементаций PBC в MOPAC или что то не то с PM6 or PM7. Я наблюдая похожие вещи склоняюсь к последнему, но, может быть и первое вносит вклад. Есть идеи?

[Rupreht]

В тоге, можно ли запустить в Chemoffice расчет соли в ММ2?
Может я параметр какой то неверно указываю?
Можно ли не соль, а ион запустить? Как это сделать в этом софте?
Извините, конечно, я все понял про выбор софта, но нужно быструю прикидку сделать, а уже разбираться с остальными вариантами чуть позже.