Chemoffice MM2
Chemoffice MM2
Доброго дня
Подскажите пожалуйста. Есть такая задача, прикинуть оптимальную конфигурацию для двух молекул, т.е. одна фрагмент макромолекулы, а вторая, например, вода или что то вроде того. Или фрагмент и несколько молекул воды и.т.п. В общем надо методом ММ2 найти минимумы, чтобы потом уже посчитать мопаком, например.
В принципе понятно, где будет происходит взаимодействие и большая часть молекулы это просто лишний кусок, но как выделить для расчета определенный объем, чтобы сократить расчет?
Извините за сумбурность, на рисунке примерно то, что я хочу.
Можно ли это как то реализовать в Chemoffice?
Подскажите пожалуйста. Есть такая задача, прикинуть оптимальную конфигурацию для двух молекул, т.е. одна фрагмент макромолекулы, а вторая, например, вода или что то вроде того. Или фрагмент и несколько молекул воды и.т.п. В общем надо методом ММ2 найти минимумы, чтобы потом уже посчитать мопаком, например.
В принципе понятно, где будет происходит взаимодействие и большая часть молекулы это просто лишний кусок, но как выделить для расчета определенный объем, чтобы сократить расчет?
Извините за сумбурность, на рисунке примерно то, что я хочу.
Можно ли это как то реализовать в Chemoffice?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Chemoffice MM2
И ещё маленький вопрос, можно ли в ММ2 оптимизировать натриевые соли органики? У меня при попытке выдает ошибку
Warning! No atom type was assigned to the selected atom
Я так понимаю натрий мешает.
Warning! No atom type was assigned to the selected atom
Я так понимаю натрий мешает.
Re: Chemoffice MM2
За молмех не в курсе, но точно знаю, что соли - суть периодические структуры - так грубо обрабатывать нельзя.
Re: Chemoffice MM2
А как можно?
Re: Chemoffice MM2
Так или иначе учитывая условия периодического связывания, они же PBC. Насколько мне известно, ChemOffice такого делать не умеет, а некоторые его интерфейсы, например, Gaussian, используют их неявно, продуцируя чудовищные ошибки при крайне высокой вычислительной сложности.
Re: Chemoffice MM2
А gaussian интерфейс chemoffice? До гауссиана ещё можно прикинуть мопаком.
Re: Chemoffice MM2
MOPAC не поможет. Не умеет адекватно с PBC работать. Я бы посоветовал подергать CP2K, который работает с периодической молмеханикой.
Re: Chemoffice MM2
ИМХО надо сначала прояснить очень четко задачу. Зачем все это надо. А то может оказаться что это забивание шурупов микроскопом в темной комнате, причем в кошку. То есть советы mizuchi наверняка правильные, вопрос в том стоит ли свеч эта игра с CP2K и прочей периодикой. Автора как то очень сильно клонит в полуэмпирику.
Насчет мопака незнаю но периодическую полуэмпирическую молдинамину умеет Empire (для академии бесплатна версия параллельная на 1 ноду (потому как основная продвигаемая фишка - суперпараллельность между нодами), но этого достаточно для системы в тысячу атомов).
Впрочем на межмолекулярное взаимодействие полуэмпирика будет врать как дышит, даже с пришитыми к ней в эмпайере коррекциями гримме.
Опять же не факт что действительно неизбежна периодика - может достаточно взять достаточно большой кластер. Или облепить его растворителем.
Так или иначе если это не совсем позднешкольно-раннестуденческие игры в кванты то я бы рекомендовал какой то другой игструмент вместо кемофиса. Если вас привлекает его "наглядность, интерфейснутость и пр" - возьмите например MaterialStudio (всеравно что то что другое платное).
Насчет мопака незнаю но периодическую полуэмпирическую молдинамину умеет Empire (для академии бесплатна версия параллельная на 1 ноду (потому как основная продвигаемая фишка - суперпараллельность между нодами), но этого достаточно для системы в тысячу атомов).
Впрочем на межмолекулярное взаимодействие полуэмпирика будет врать как дышит, даже с пришитыми к ней в эмпайере коррекциями гримме.
Опять же не факт что действительно неизбежна периодика - может достаточно взять достаточно большой кластер. Или облепить его растворителем.
Так или иначе если это не совсем позднешкольно-раннестуденческие игры в кванты то я бы рекомендовал какой то другой игструмент вместо кемофиса. Если вас привлекает его "наглядность, интерфейснутость и пр" - возьмите например MaterialStudio (всеравно что то что другое платное).
Re: Chemoffice MM2
Мол динамика нужна для того, чтобы "облепить" растворителем и найти оптимальный вариант для дальнейшего расчета полуэмпирикой. Т.е. не вручную подставлять и не сажать по принципу "думаю так лучше", а найти минимум в молдинамике.
В некоторых случаях, это даже не соль. Надо допустим облепить фрагмент макромолекулы растворителем.
Ну и как вариант, облепить фрагмент макромолекулы не только растворителем, но и солевым раствором водным.
А в Chemoffice, действительно привлекает наглядность, наличие и молдинамики и полуэмпирики. Да и привычка.
В некоторых случаях, это даже не соль. Надо допустим облепить фрагмент макромолекулы растворителем.
Ну и как вариант, облепить фрагмент макромолекулы не только растворителем, но и солевым раствором водным.
А в Chemoffice, действительно привлекает наглядность, наличие и молдинамики и полуэмпирики. Да и привычка.
Re: Chemoffice MM2
Добрый день, а просто для самообразования, почему MOPAC не умеет нормально работать с PBC? Личный опыт или есть какие-то публикации?
Кто смел тот и съел
Re: Chemoffice MM2
Тогда подойдите к этому "повзрослому" - Amber (платно но очень детальные мануалы и туториалы, очень активный имейллист), или Gromacs (бесплатно, вцелом принцип тот же, тоже очень активный имейллист).
Куча силовых полей на выбор, самостоятельно умеет окружать растворителем, самостоятельно (по команде) расставляет противоионы и т.д.
Систему в несколько тысяч или десятков тысяч атомов будет щелкать как орехи. uchebnik fiziki (в том числе) таким профессионально занимается, насколько мне изменяет склероз.
Куча силовых полей на выбор, самостоятельно умеет окружать растворителем, самостоятельно (по команде) расставляет противоионы и т.д.
Систему в несколько тысяч или десятков тысяч атомов будет щелкать как орехи. uchebnik fiziki (в том числе) таким профессионально занимается, насколько мне изменяет склероз.
Re: Chemoffice MM2
У меня есть небольшой личный опыт. На сайте MOPAC приведены очень много примеров расчета кристаллов - посмотришь и кажется, что все отлично. Но засада в том, что они там используют GNORM=4, а с таким градиентом рентгеновская структура лишь чуток искажается. Но если использовать более разумное ограничение на градиент (например, PRECISE, т.е. GNORM=0.01), то сразу становится не так радужно. С таким GNORM в тех примерах, что я у себя прогонял, исходные рентгеновские структуры не просто сильно искажались, а становились откровенно бредовыми. Почему так происходит - вопрос к авторам MOPAC.
Re: Chemoffice MM2
[мы заботимся о вашей анонимности], спасибо за ответ. То что Вы описываете очень интересно. Главное понять причину того что Вы описываете - что то не то с имплементаций PBC в MOPAC или что то не то с PM6 or PM7. Я наблюдая похожие вещи склоняюсь к последнему, но, может быть и первое вносит вклад. Есть идеи?
Кто смел тот и съел
Re: Chemoffice MM2
В тоге, можно ли запустить в Chemoffice расчет соли в ММ2?
Может я параметр какой то неверно указываю?
Можно ли не соль, а ион запустить? Как это сделать в этом софте?
Извините, конечно, я все понял про выбор софта, но нужно быструю прикидку сделать, а уже разбираться с остальными вариантами чуть позже.
Может я параметр какой то неверно указываю?
Можно ли не соль, а ион запустить? Как это сделать в этом софте?
Извините, конечно, я все понял про выбор софта, но нужно быструю прикидку сделать, а уже разбираться с остальными вариантами чуть позже.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 28 гостей