Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10413
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Гесс » Ср апр 04, 2018 9:53 am

оффтоп - вот по таким причинам гауссиан с оркой и популярнее файерфлая. В обоих программах оптимизация, частоты и раман влезают в одну задачу, ничего ниоткуда ненадо копировать, в орке раман включается добавлением одного блока с одним ключем а в гауссиане вообще считается автоматически дефолтно при расчете частот и мне его вырубать приходиться чтоб экономить время.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1707
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение amge » Ср апр 04, 2018 9:55 am

Greggon писал(а):
Ср апр 04, 2018 8:36 am
В PUNCH'e гессиана в нужном виде нет.
Странно. Я Firefly почти не использую, советы даю на основе опыта с GAMEESS (программы весьма похожи), но сейчас попробовал запускал Firefly, и все получилось, даже распараллеленно.

Запускал такой командой:
$HOME/firefly/firefly820 -r -f -p -stdext -i bench01.inp -o bench01.out -ex $HOME/firefly -p4pg $HOME/firefly/procgrp
В bench01.inp из примеров заменил RUNTYP=ENERGY на RUNTYP=hessian.
За то, чтобы PUNCH был с нормальным именем, отвечают опции -p -stdext и надо аутпут задать через -o. Получился bench01.dat, в котором есть нужные вам секции $HESS и $DIPDR

YuraM
Сообщения: 358
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение YuraM » Ср апр 04, 2018 10:16 am

+1 to Hess: Priroda and Gaussian are much easier-to-use and user-friendly codes
Кто смел тот и съел

Greggon
Сообщения: 89
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Ср апр 04, 2018 10:34 am

amge писал(а):
Ср апр 04, 2018 9:55 am
Greggon писал(а):
Ср апр 04, 2018 8:36 am
В PUNCH'e гессиана в нужном виде нет.
Странно. Я Firefly почти не использую, советы даю на основе опыта с GAMEESS (программы весьма похожи), но сейчас попробовал запускал Firefly, и все получилось, даже распараллеленно.

Запускал такой командой:
$HOME/firefly/firefly820 -r -f -p -stdext -i bench01.inp -o bench01.out -ex $HOME/firefly -p4pg $HOME/firefly/procgrp
В bench01.inp из примеров заменил RUNTYP=ENERGY на RUNTYP=hessian.
За то, чтобы PUNCH был с нормальным именем, отвечают опции -p -stdext и надо аутпут задать через -o. Получился bench01.dat, в котором есть нужные вам секции $HESS и $DIPDR
Я просто ошибся в формировании инпут-файла, так как прописал двойной пересчет гессиана, а двойной пересчет под ключом $DIPDR не включил. Ошибка из мануала, которую я упомянул выше. После того, как строчку о двойном просчете убрал, у меня получился PUNCH с необходимой информацией. Просчет Рамана также пошел.

А в спор о том, какая программа лучше и удобнее, я вступать не могу, ибо куда мне со свиным рылом в калашный ряд... Мне бы сначала освоить хоть что-нибудь. Из бесплатных выбор остановился на FireFly, как наиболее понятной на первоначальных стадиях. С ПРИРОДОЙ пока не разобрался даже в том, где брать исходник программы, кроме как обращаться на прямую к разработчику. С Гауссианом и ГиперКемом и так все ясно - это коммерческие продукты, и быстро получить к ним доступ у меня не могло получиться. Но в дальнейшем, если квантовохимические расчеты станут регулярными, то эти вопросы будут решаться.

Огромное спасибо всем за помощь в освоении программы и советах, которые привели к тому, что я хотя бы просто начал считать. Теперь буду разбираться, что именно считаю, как оптимизировать свои расчеты и т.п.
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1707
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение amge » Ср апр 04, 2018 10:40 am

Гесс писал(а):
Ср апр 04, 2018 9:53 am
оффтоп - вот по таким причинам гауссиан с оркой и популярнее файерфлая.
Видел какое-то исследование, согласно которому в индексе популярности "усредненной" компьютерной программы ее реальное качество занимает около 30% (это всего лишь реплика в сторону, а не попытка сопоставления квантово-химических программ).

Мне вот, например, рамановские спектры считать ни разу не было нужно, поэтому то что
Гесс писал(а):
Ср апр 04, 2018 9:53 am
в гауссиане вообще считается автоматически дефолтно при расчете частот и мне его вырубать приходиться чтоб экономить время.
для меня недостаток, а не достоинство.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10413
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Гесс » Ср апр 04, 2018 12:10 pm

А че бы и не завести в десятый раз волынку о разных кодах?

Greggon - гауссиан, гиперкем и много чего другого можно найти на самом большом российском торренте. Публтковаться с этим разумеется нельзя.
amge - а что есть "реальное качество"? параметров же куча - присутствие тех или иных методов и их скорость например.
А относительно того что это недостаток - пожалуй да, но Freq=Noraman это все же попроще чем вырезание секций из файлов созданных специальным перенаправлением части аутпута. :D

Greggon
Сообщения: 89
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Ср апр 04, 2018 12:15 pm

Гесс писал(а):
Ср апр 04, 2018 12:10 pm
А че бы и не завести в десятый раз волынку о разных кодах?

Greggon - гауссиан, гиперкем и много чего другого можно найти на самом большом российском торренте. Публтковаться с этим разумеется нельзя.
Ну, во-первых, у меня контора серьезная, и пиратский софт недопустим. А во-вторых, публикация - это хороший стимул этим заниматься.
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1707
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение amge » Ср апр 04, 2018 12:23 pm

Гесс писал(а):
Ср апр 04, 2018 12:10 pm
amge - а что есть "реальное качество"? параметров же куча - присутствие тех или иных методов и их скорость например.
А фиг его знает. Но, вне всякого сомнения, нечто весьма субъективное. И вообще, в том исследовании речь шла отнюдь не о вычислительных программах.

ЗЫ В самом деле, пошел флуд, в котором я, к своему стыду, активно участвую.

Greggon
Сообщения: 89
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пт май 04, 2018 12:59 pm

Получил, в принципе, более-ли-менее адекватный просчет для одной из структур. Расчетный раман-спектр похож настоящий, правда, со заметным смещением по положению частот на примерно 100 см-1. Возникла другая сложность - в соотнесении частот с типом колебаний. Если сложности с определением группы атомов, которые ответственны за колебание, все понятно, то с анализом типа колебания по изменению координат атомов очень туго. То ли у меня беда с пространственным воображением, то ли еще в чем дело, но очень нужна консультация специалиста. Может кто помочь?
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1707
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение amge » Пт май 04, 2018 1:29 pm

А визуализация колебаний не помогает?

Greggon
Сообщения: 89
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пт май 04, 2018 1:45 pm

amge писал(а):
Пт май 04, 2018 1:29 pm
А визуализация колебаний не помогает?
Отличное решение для моего больного пространственного воображения. Что-то об этом я не подумал... Просто не до конца разобрался с функционалом ChemCraft'a, поэтому не пришло в голову такое простое решение. Теперь бы еще разобраться, как такой тип колебания называется (и обозначается), а то у меня с колебательной спектроскопией всегда было не очень...
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя