Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

вопросы строения молекул и квантовой химии
Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пт мар 30, 2018 2:00 pm

Добрый день всем профессионалам. Мне требуется обсчет раман-спектров новых органических соединений класса хромонов. У самого опыта работы ни с одной программой, которые считают B3LYP+6-31G* или чем-то подобным, у меня нет. Помимо подтвержденной химической структуры, для соединений есть данные рентгена. Так что если они могут помочь, то предоставлю.
Что хотелось бы получить в результате: соотнесение полученных пиков в раман-спектре соответствующим колебаниям в молекуле. Работа за разумное вознаграждение.

Либо есть путь самостоятельно разобраться, как правильно делать исходный файл для расчетных программ. В настоящее время я скачал себе FireFly и HyperChem. Установил только первую, так как она бесплатная. Пытаюсь разобраться во входных данных, но у меня сложность с преобразованием координат из данных РСА в уникальные XYZ-координаты. Визуализация в ChemCraft показывает, что пространственное расположение атомов друг относительно друга верное, но неправильные длины связей не соответствуют чему-то адекватному. В принципе, у меня есть все длины связей и углов из РСА, но как эти значения могут быть использованы для расчетов в FireFly для меня осталось загадкой. Может кто помочь с базовыми умениями работы в FireFly?
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Гесс » Сб мар 31, 2018 12:32 am

Greggon писал(а):
Пт мар 30, 2018 2:00 pm
Пытаюсь разобраться во входных данных, но у меня сложность с преобразованием координат из данных РСА в уникальные XYZ-координаты. Визуализация в ChemCraft показывает, что пространственное расположение атомов друг относительно друга верное, но неправильные длины связей не соответствуют чему-то адекватному.
Это не относится к фаерфлаю, всем программам нужны адекватные XYZ. Покажите здесь или пришлите мне cif - я вам выгрызу оттуда молекулу.

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пн апр 02, 2018 9:03 am

Гесс писал(а):
Сб мар 31, 2018 12:32 am
Greggon писал(а):
Пт мар 30, 2018 2:00 pm
Пытаюсь разобраться во входных данных, но у меня сложность с преобразованием координат из данных РСА в уникальные XYZ-координаты. Визуализация в ChemCraft показывает, что пространственное расположение атомов друг относительно друга верное, но неправильные длины связей не соответствуют чему-то адекватному.
Это не относится к фаерфлаю, всем программам нужны адекватные XYZ. Покажите здесь или пришлите мне cif - я вам выгрызу оттуда молекулу.
У меня не cif - данные по РСА предоставлены в виде doc-файла, в котором приведены таблицы. Атомов много, так что таблица очень большая, и приводить её здесь - это просто не уважать читающих тему. Я могу прислать файл на почту, чтобы вы посмотрели (если почту дадите). Возможно, у вас в силу опыта найдется "быстрое" решение. А сам попытаюсь определить соответствие данных по координатам и данных по длинам связей и углов по геометрическим соображениям в предположении, что координаты всё-таки декартовы ))). Пока получается неахти, так как идет какая-то очень большая погрешность. Впрочем, может, она для такого метода обсчета такая погрешность нормальная. В общем, пока буду набирать статистку.
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пн апр 02, 2018 10:07 am

Гесс писал(а):
Сб мар 31, 2018 12:32 am
Greggon писал(а):
Пт мар 30, 2018 2:00 pm
Пытаюсь разобраться во входных данных, но у меня сложность с преобразованием координат из данных РСА в уникальные XYZ-координаты. Визуализация в ChemCraft показывает, что пространственное расположение атомов друг относительно друга верное, но неправильные длины связей не соответствуют чему-то адекватному.
Это не относится к фаерфлаю, всем программам нужны адекватные XYZ. Покажите здесь или пришлите мне cif - я вам выгрызу оттуда молекулу.
Справился. Получил адекватные данные по молекуле, по крайней мере, в виртуализации ChemCraft. Теперь следующий шаг - написать адекватный импут в соответствующие проги. Чтобы считали именно то, что мне надо. Курю мануалы ))).
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение YuraM » Пн апр 02, 2018 10:59 am

Григорий, Ваша задача не очень сложная, я делал такое пару месяцев назад как приду в оффис пошлю Вам статью.
Лучше считайте Гауссианом и потом Вам надо будет получить распределение потенциальной энергии ко колебаниям
Кто смел тот и съел

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пн апр 02, 2018 12:40 pm

Глупый вопрос - точечная группа симметрии молекулы С 2/с. Как её прописать в инпуте?
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Гесс » Пн апр 02, 2018 2:45 pm

а вот это уже зависит от программы.
Орка до последних версий симметрию не поддерживала. Природа ЕМНИП тоже.
Гауссиан сможет идентифицировать сам если исходная геометрия достаточно близка к точечной группе и предпочтительно иметь Symm=Loose
досимметризовать до нужной группы можно в кемкрафте или гаусвью.
В файерфлае незнаю, но чисто интуитивно на основе некоторой схожести инпутов с гамессом - я думаю там нужно вводить специальный блок и в нем указывать конкретную точечную группу.

Я предполагаю что у вас опечатка и имелся в виду С2v ибо С2с не существует.

Использование симметрии в случае гауссиана сэкономит некоторое время, впрочем за счет RI апроксимаций орка и вцелом природа всеравно могут оказаться быстрее. У гауссиана эта апроксимация называется DensityFitting и как минимум в 9ом релизе работала лишь для негибридных функционалов. У природы RI невключаем для GGA и невыключаем для гибридов. Я вас достаточно запутал? Тогда не используйте RI пока не сможете сделать расчет без него. И определитесь с одной программой, а то все сразу вы получите кашу. Ну и помогать сложнее, хрустальный гар в ремонте.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение madschumacher » Пн апр 02, 2018 3:41 pm

Гесс писал(а):
Пн апр 02, 2018 2:45 pm
Я предполагаю что у вас опечатка и имелся в виду С2v ибо С2с не существует.
Да нет, C2/c вполне существует: http://pd.chem.ucl.ac.uk/pdnn/symm3/sg15a1.htm, правда она названа по международной кристаллографической номенклатуре (вместо символики Шёнфлиса) и к точечным группам (к которым должна относиться единичная молекула) отношения не имеет, т.к. является одной из кристаллографических групп (т.е. включает в себя ещё и трансляционную симметрию).
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Гесс » Пн апр 02, 2018 3:45 pm

ух ты ё. Не знал. Но орка, природа, гауссиан и файерфлай тоже не знают.
Лучше спросите у кемкрафта какая у молекулы симметрия (autodetect и выбрать с минимальнм отклонением)

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение madschumacher » Пн апр 02, 2018 3:49 pm

Гесс писал(а):
Пн апр 02, 2018 3:45 pm
ух ты ё. Не знал. Но орка, природа, гауссиан и файерфлай тоже не знают.
Конечно не знают (даже не уверен, что VASP, CP2K и другие софты с PBC знают)! Это же кристаллографические группы. Очевидно, что ТС спёр её из данных рентгенщиков, но к молекуле она отношение имеет опосредованное, т.к. она описывает симметрию кристалла.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пн апр 02, 2018 4:25 pm

madschumacher писал(а):
Пн апр 02, 2018 3:49 pm
Гесс писал(а):
Пн апр 02, 2018 3:45 pm
ух ты ё. Не знал. Но орка, природа, гауссиан и файерфлай тоже не знают.
Конечно не знают (даже не уверен, что VASP, CP2K и другие софты с PBC знают)! Это же кристаллографические группы. Очевидно, что ТС спёр её из данных рентгенщиков, но к молекуле она отношение имеет опосредованное, т.к. она описывает симметрию кристалла.
Каюсь, грешен. Не туда посмотрел в запарке. Все именно так - это кристаллографическая группа, а не точечная. У меня точечная С1 (что логично, т.к. молекула совсем не симметричная). Правда, FireFly пытается меня убедить в другом, но я её попробую победить. Инпут пока не рождается...
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение madschumacher » Пн апр 02, 2018 4:34 pm

Greggon писал(а):
Пн апр 02, 2018 4:25 pm
Правда, FireFly пытается меня убедить в другом, но я её попробую победить. Инпут пока не рождается...
Firefly точно Вас ни в чём не может убеждать: в него эта группа задаётся извне, сам он ничего не определяет.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Пн апр 02, 2018 5:01 pm

madschumacher писал(а):
Пн апр 02, 2018 4:34 pm
Greggon писал(а):
Пн апр 02, 2018 4:25 pm
Правда, FireFly пытается меня убедить в другом, но я её попробую победить. Инпут пока не рождается...
Firefly точно Вас ни в чём не может убеждать: в него эта группа задаётся извне, сам он ничего не определяет.
В конечном файле он мне пишет:
" *** ERROR!
BLANK CARD FOUND WHILE TRYING TO READ INPUT ATOM 1
POSSIBLE ERRORS INCLUDE:
1. C1 GROUP SHOULD NOT HAVE A BLANK CARD AFTER IT.
2. BOTH $BASIS GROUP AND BASIS SET IN $DATA GIVEN?
3. EXTRANEOUS BLANK CARDS IN $DATA OR $NEWGEO?"
Так что согласно первой строчке он меня пытается в чем-то убедить )). Я шучу, конечно. Если первое точно нет, то пытаюсь разобраться со вторым и третьим пунктом...
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение EvgeniX » Пн апр 02, 2018 5:03 pm

Greggon писал(а):
Пн апр 02, 2018 5:01 pm
Так что согласно первой строчке он меня пытается в чем-то убедить )). Я шучу, конечно. Если первое точно нет, то пытаюсь разобраться со вторым и третьим пунктом...
Что вы задали в исходном файле (симметрию), то оно и в конце выводит.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Гесс » Пн апр 02, 2018 6:21 pm

Ну вы бы показали если не весь инпут то хотя бы его шапку. Инпут разумеется лучше.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение amge » Вт апр 03, 2018 6:28 am

Если группа С1, то начало группы $data должно выглядеть так:

Код: Выделить всё

 $data
 
 C1
 C    6.0   1.519  -0.016  -0.045
...........................
А с симметрией так:

Код: Выделить всё

 $data
 
 Cnv 2

 C    6.0   0.000   0.815   1.283
...........................
Обратите внимание на отсутствие пустой строки между С1 и первым атомом. Следите, чтобы $data и другие слова с долларом не начинались с 1-й позиции строки. Строки д.б. не длиннее 80 символов.

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Вт апр 03, 2018 8:33 am

amge писал(а):
Вт апр 03, 2018 6:28 am
Если группа С1, то начало группы $data должно выглядеть так:

Код: Выделить всё

 $data
 
 C1
 C    6.0   1.519  -0.016  -0.045
...........................
А с симметрией так:

Код: Выделить всё

 $data
 
 Cnv 2

 C    6.0   0.000   0.815   1.283
...........................
Обратите внимание на отсутствие пустой строки между С1 и первым атомом. Следите, чтобы $data и другие слова с долларом не начинались с 1-й позиции строки. Строки д.б. не длиннее 80 символов.
Спасибо за подсказку - оставил пустую строку между С1 и координатами. Считать начало. Посмотрим на результат.
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Вт апр 03, 2018 4:53 pm

Провел расчет гессиана, чтобы получить данные, которые необходимо ставить в просчет раман-спектра. Вот только совершенно не могу понять, какие именно данные необходимо вставать в конечный файл для конечного обсчета. В мануале просто говорится "--Hessian data--". Там же есть другая фраза "a vibrational analysis is performed at the end of a RUNTYP=HESSIAN". Однако полученных данных так много, что я просто утонул в цифрах и не разобрался, какие из них необходимо мне использовать.
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение amge » Ср апр 04, 2018 6:15 am

Гессиан в нужном виде находится в PUNCH-файле *.dat. Из этого файла нужно выкусить секцию $HESS...$END и вставить ее в конец инпута.

А оптимизацию рентгеновской геометрии вы делали? Насколько я понимаю, считать частоты имеет смысл только в минимуме ППЭ.

Greggon
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2005 11:58 am
Контактная информация:

Re: Требуется обсчет раман-спектров новых хромонов методом B3LYP+6-31G*

Сообщение Greggon » Ср апр 04, 2018 8:36 am

amge писал(а):
Ср апр 04, 2018 6:15 am
Гессиан в нужном виде находится в PUNCH-файле *.dat. Из этого файла нужно выкусить секцию $HESS...$END и вставить ее в конец инпута.

А оптимизацию рентгеновской геометрии вы делали? Насколько я понимаю, считать частоты имеет смысл только в минимуме ППЭ.
Спасибо. Оптимизацию не делал, так как это мой следующий шаг в данной задаче. Сделаю обязательно, просто сейчас я пока учусь работать в программе, поэтому разбираюсь в ключевых моментах. В PUNCH'e гессиана в нужном виде нет. По всей видимости, по вот этой причине: "If a Hessian calculation is rerun by supplying the $HESS group in the input stream, the $DIPDR
group should also be supplied, otherwise IR intensities will not be printed." Сегодня буду разбираться, как решать эти вопросы. По крайней мере, я понимаю, где в инпуте у меня возникает эта проблема.
Зовут меня Григорий Адамов, выпуск Химфака МГУ 2001 года

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей