Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Опять о нековаленте ну и прочий флуд
прикольная статья https://www.tandfonline.com/doi/full/10 ... 17.1333644
отдельно прилагаю Figure 35. Sorted NCED RMSDs in kcal/mol for all 200 benchmarked density functionals. NCED contains 1744 non-covalent dimer interactions. Итого:
1) первые 6 функционалов я не встречал
2) B3LYP-D3BJ на восьмом месте из 200
2.1) при этом внезапно разница с B3LYP-NL
2.2) при это в заключительной рекомендационной таблице 43 главному функционалу ДФТ места почти не досталось.
3) VV10 внезапно не так отличен как должен был бы быть для этой цели
4) чтобы хоть как то фурычить поправки гримме нужны даже перепараметризированной Минесотте (кстати отдельно доставляет Figure 12 показывающая сколько у нас подгонометрии в функционале)
отдельно прилагаю Figure 35. Sorted NCED RMSDs in kcal/mol for all 200 benchmarked density functionals. NCED contains 1744 non-covalent dimer interactions. Итого:
1) первые 6 функционалов я не встречал
2) B3LYP-D3BJ на восьмом месте из 200
2.1) при этом внезапно разница с B3LYP-NL
2.2) при это в заключительной рекомендационной таблице 43 главному функционалу ДФТ места почти не досталось.
3) VV10 внезапно не так отличен как должен был бы быть для этой цели
4) чтобы хоть как то фурычить поправки гримме нужны даже перепараметризированной Минесотте (кстати отдельно доставляет Figure 12 показывающая сколько у нас подгонометрии в функционале)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
А цифирька, что значит? Чем меньше, тем лучше?
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Если термодинамика правильная, то не значит что зависимость потенциальной энергии правильно будет от координат. А orca из этого что реально умеет?
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Фиг 30 умиляет, аж рука к пистолету тянется.
P.S. Я вернулся, только пока зомби.
P.S. Я вернулся, только пока зомби.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Да
Очень многое. Там довольно человечный формат сбора функционала и мне даже вроде удавалось создать там спин-оппозит даблгибрид с NL коррекцией. Это касается настроек коэффициентов типа на ХФ, ГГА и пр. минесотовцев (и прочих сверхпараметризнуитых товарищей) я думаю задать через инпут не выйдет (кроме тех что уже вшиты). Я не видел там -V, это похоже какая то внешняя поправка. D3 параметры вариабельны так что если CSO не какое то очень чудесатое его возможно можно туда впихнуть. О BEEF до недавно не слышал. Ну можно попробовать написать слезное письмо на их форум, они через пару месяцев новый релиз готовят, может вошьют то что очень надо, если правильно мотивировать.
А че, ничего прям необычного. Кривые минесоты лечат густыми сетками (Grid6 для орки например) но и то не всегда помогает. То что кривые на первых двух картинках не совпадают по положению минимума тоже не прям новость. Без гримме и его аналогов большая часть вообще бы отталкивание дала.
А че?
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Так метод обещал, как раз для таких задач, со следующих выходных буду возрождать работу. Через год чем и порадую.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Вернулся из трёхмесячного аврала. Проведение олимпиады НТИ называется http://nanolab.physdep.ru/node/274.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Не, ну не удивительно, что первые места достались ф-лам одного из автора статьи. Только из известных пакетов они вроде были только в Q-Chem.
Кто смел тот и съел
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Это интересно! Я погуглил, тут http://octopus-code.org/wiki/Libxc есть список пакетов которые с ней завязаны. С одной стороны список большой, с другой половину кодов я и не слышал, а работал только с АДФ и ПСИ4, интересно что много planewave кодов и даже на вейлетах BigDFT оно идет. Неожиданно что в списке нет "гигантов" - Гауссиан, Гамесс, Орка, Нвкем, ВАСП. (кстати Кьюкема в списке тоже нет, необновили после добавления?).
P.S. В кьюкеме -V функционалам всякоположено быть, это разработка Хед-Гордона который сооснователь Кьюкема. Ну и оба автора обзора - авторы этих функционалов, это да.
P.P.S Отсмотр https://gitlab.com/libxc/libxc/wikis/Fu ... list-4.0.4 показал наличие wB97M-V, wB97X-V и B97M-V (первый, третий и четвертый номера списка).
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Ага, только что libxc компилировал. Для PySCF. C PySCF кто-нибудь работал? Могёт ли чего-нибудь?
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2669
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Он присутстовал в этом тесте https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf ... /jcc.23263
В самой статье помянут предельно кратко и невнятно
Рекомендации статьи довольно неожиданные (для меня), в списке рекомендованных функционалов:
две минесоты (M06L и M05, это на мой взгляд может обьясняться тем что чтото из тестовых систем статьи входило в тренинговый сет трулара)
два не слишком употтребимых даблгибрида (B2PLYPD, mPW2PLYPD)
4 просто редких (я ни разу их не использовал и 3 не видел в статьях) функционала (B971, PBEB95, LC-G96KCIS and LCPKZBPKZB).
CAM-B3LYP (хоть на этом спасибо)
В самой статье помянут предельно кратко и невнятно
В свободно доступном саплементари - довольно удручающая статистика - в 9 из 9 таблиц где он встречается (без LC), и RMSD и %dEint примерно в 5-10 раз больше чем у выделенных красным функционалов.In the case of CO2 dimer, functionals with B, BRx, G96, O,
mPW, PKZB, S, TPSS, and XA exchange with all types of correlation
gave good results in the LC forms. The geometries and
energies given by some of them without LC were very poor,
but after LC incorporation, some of them (BB95, G96B95,
OB95, mPWB5, PKZBB95, SB95, and TPSSB95) were improved
to the recommended levels.
Рекомендации статьи довольно неожиданные (для меня), в списке рекомендованных функционалов:
две минесоты (M06L и M05, это на мой взгляд может обьясняться тем что чтото из тестовых систем статьи входило в тренинговый сет трулара)
два не слишком употтребимых даблгибрида (B2PLYPD, mPW2PLYPD)
4 просто редких (я ни разу их не использовал и 3 не видел в статьях) функционала (B971, PBEB95, LC-G96KCIS and LCPKZBPKZB).
CAM-B3LYP (хоть на этом спасибо)
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Не понял почему миннесотовские ф-лы используют для энергии взаимодейтсвия без дисперсионной поправки? (Fig. 30)
Предполагается что они учитывают дисперсию?
Статья интересная как обзор существующих функционалов, но для меня подобные статитистические тестирования являются черной магией.
Нет гарантии что для моей конкретной системы данный функционал даст хорошие результаты, всё равно нужно тестировать по крайней несколько.
Предполагается что они учитывают дисперсию?
Статья интересная как обзор существующих функционалов, но для меня подобные статитистические тестирования являются черной магией.
Нет гарантии что для моей конкретной системы данный функционал даст хорошие результаты, всё равно нужно тестировать по крайней несколько.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
да, минесотовские функционалы в некоторой степени учитывают вандерваальс. В последних их функционалах (с 2015 самое позднее) у них имеется отдельный обучающий сет на нековалент (а может конкретно на вандерваальс, уже непомню). Моя фуллереновая система имела на M06 без коррекции недооцененный attraction (большинство других недаблгибридов без коррекции имели repulsion) а с добавлением коррекции Гримме - переоценку связывния
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
В смысле обучающий сет? Типа специальный мануал?
Те кривые для бензола с неоном это полный трэш, CCSD(T) дает 0.42 kcal/mol, MN15-L переоценивает энергию связи в несколько раз,
уж не говоря про какие-то осцилляции. Более менее похоже на правду только функционалы с D3 или V поправками, и то не все.
Те кривые для бензола с неоном это полный трэш, CCSD(T) дает 0.42 kcal/mol, MN15-L переоценивает энергию связи в несколько раз,
уж не говоря про какие-то осцилляции. Более менее похоже на правду только функционалы с D3 или V поправками, и то не все.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
минесотовские функционалы - подгонометрические. В них по нескольку десятков параметров (смотреть fig 12) причем значения этих параметров подобраны так чтоб наилучшим образом (максимально близко к бенчмарку) описывать соединения входящие в training sets. Если вы считаете систему которая была в обучающем сете - у вас будут ООООчень хорошие результаты. Если родственную/похожую, то все может быть не плохо. Если же ваша система какая-то особенная и ничего подобного в обучающих сетах Трулара небыло - будет дрянь.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Понятно, тут вроде недавно промывались косточки MN функционалам в связи со статьёй Medvedev et. al в Science, что-то не могу найти тему.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Ищите по слову Bushmarinov. Я с телефона. Ссылку не скопирую.
Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд
Код: Выделить всё
By far the most ill-behaved functional is
PW6B95-D3(BJ) by Truhlar and co-workers, as it wildly
oscillates across the entire range that is plotted.This
behavior is entirely due to the B95 correlation functional
[71], and other functionals that utilise this correlation
component are similarly ill-behaved. Furthermore, in the
process of generating the data for this review, function-
als that contained B95-like components were by far the
most difficult to converge, and as a result, use of the B95
correlation functional is not recommended in future den-
sity functionals either (despite the fact that some recent
functionals, particularly double hybrids, still utilise it
[196,223]).
Make quantum chemistry, not war
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 14 гостей