Опять о нековаленте ну и прочий флуд

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Сб апр 07, 2018 2:11 am

прикольная статья https://www.tandfonline.com/doi/full/10 ... 17.1333644
отдельно прилагаю Figure 35. Sorted NCED RMSDs in kcal/mol for all 200 benchmarked density functionals. NCED contains 1744 non-covalent dimer interactions.
tmph_a_1333644_f0035_oc.jpeg
Итого:
1) первые 6 функционалов я не встречал
2) B3LYP-D3BJ на восьмом месте из 200
2.1) при этом внезапно разница с B3LYP-NL
2.2) при это в заключительной рекомендационной таблице 43 главному функционалу ДФТ места почти не досталось.
3) VV10 внезапно не так отличен как должен был бы быть для этой цели
4) чтобы хоть как то фурычить поправки гримме нужны даже перепараметризированной Минесотте (кстати отдельно доставляет Figure 12 показывающая сколько у нас подгонометрии в функционале)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение alien308 » Сб апр 07, 2018 7:36 pm

А цифирька, что значит? Чем меньше, тем лучше?

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение alien308 » Сб апр 07, 2018 7:40 pm

Если термодинамика правильная, то не значит что зависимость потенциальной энергии правильно будет от координат. А orca из этого что реально умеет?

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение alien308 » Сб апр 07, 2018 8:23 pm

Фиг 30 умиляет, аж рука к пистолету тянется.
P.S. Я вернулся, только пока зомби.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Сб апр 07, 2018 10:58 pm

alien308 писал(а):
Сб апр 07, 2018 7:36 pm
А цифирька, что значит? Чем меньше, тем лучше?
Да
alien308 писал(а):
Сб апр 07, 2018 7:40 pm
Если термодинамика правильная, то не значит что зависимость потенциальной энергии правильно будет от координат. А orca из этого что реально умеет?
Очень многое. Там довольно человечный формат сбора функционала и мне даже вроде удавалось создать там спин-оппозит даблгибрид с NL коррекцией. Это касается настроек коэффициентов типа на ХФ, ГГА и пр. минесотовцев (и прочих сверхпараметризнуитых товарищей) я думаю задать через инпут не выйдет (кроме тех что уже вшиты). Я не видел там -V, это похоже какая то внешняя поправка. D3 параметры вариабельны так что если CSO не какое то очень чудесатое его возможно можно туда впихнуть. О BEEF до недавно не слышал. Ну можно попробовать написать слезное письмо на их форум, они через пару месяцев новый релиз готовят, может вошьют то что очень надо, если правильно мотивировать.
alien308 писал(а):
Сб апр 07, 2018 8:23 pm
Фиг 30 умиляет, аж рука к пистолету тянется.
А че, ничего прям необычного. Кривые минесоты лечат густыми сетками (Grid6 для орки например) но и то не всегда помогает. То что кривые на первых двух картинках не совпадают по положению минимума тоже не прям новость. Без гримме и его аналогов большая часть вообще бы отталкивание дала.
alien308 писал(а):
Сб апр 07, 2018 8:23 pm
P.S. Я вернулся, только пока зомби.
А че?

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение alien308 » Вс апр 08, 2018 5:13 pm

Так метод обещал, как раз для таких задач, со следующих выходных буду возрождать работу. Через год чем и порадую.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение alien308 » Вс апр 08, 2018 5:24 pm

Вернулся из трёхмесячного аврала. Проведение олимпиады НТИ называется http://nanolab.physdep.ru/node/274.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение YuraM » Пн апр 09, 2018 1:14 pm

Не, ну не удивительно, что первые места достались ф-лам одного из автора статьи. Только из известных пакетов они вроде были только в Q-Chem.
Кто смел тот и съел

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение mizuchi » Пн апр 09, 2018 2:47 pm

YuraM писал(а):
Пн апр 09, 2018 1:14 pm
Только из известных пакетов они вроде были только в Q-Chem.
Почти все из топа списка есть в открытой библиотеке LIBXC, которая является зависимостью Q-Chem и еще приличного набора кодов для кв. химии.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Пн апр 09, 2018 3:47 pm

mizuchi писал(а):
Пн апр 09, 2018 2:47 pm
Почти все из топа списка есть в открытой библиотеке LIBXC, которая является зависимостью Q-Chem и еще приличного набора кодов для кв. химии.
Это интересно! Я погуглил, тут http://octopus-code.org/wiki/Libxc есть список пакетов которые с ней завязаны. С одной стороны список большой, с другой половину кодов я и не слышал, а работал только с АДФ и ПСИ4, интересно что много planewave кодов и даже на вейлетах BigDFT оно идет. Неожиданно что в списке нет "гигантов" - Гауссиан, Гамесс, Орка, Нвкем, ВАСП. (кстати Кьюкема в списке тоже нет, необновили после добавления?).

P.S. В кьюкеме -V функционалам всякоположено быть, это разработка Хед-Гордона который сооснователь Кьюкема. Ну и оба автора обзора - авторы этих функционалов, это да. :D

P.P.S Отсмотр https://gitlab.com/libxc/libxc/wikis/Fu ... list-4.0.4 показал наличие wB97M-V, wB97X-V и B97M-V (первый, третий и четвертый номера списка).

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 548
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение alien308 » Пн апр 09, 2018 9:25 pm

Ага, только что libxc компилировал. Для PySCF. C PySCF кто-нибудь работал? Могёт ли чего-нибудь?

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2669
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Droog_Andrey » Сб апр 14, 2018 1:39 am

Жаль что не потестили OB95.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Сб апр 14, 2018 5:56 am

Он присутстовал в этом тесте https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf ... /jcc.23263
В самой статье помянут предельно кратко и невнятно
In the case of CO2 dimer, functionals with B, BRx, G96, O,
mPW, PKZB, S, TPSS, and XA exchange with all types of correlation
gave good results in the LC forms. The geometries and
energies given by some of them without LC were very poor,
but after LC incorporation, some of them (BB95, G96B95,
OB95, mPWB5, PKZBB95, SB95, and TPSSB95) were improved
to the recommended levels.
В свободно доступном саплементари - довольно удручающая статистика - в 9 из 9 таблиц где он встречается (без LC), и RMSD и %dEint примерно в 5-10 раз больше чем у выделенных красным функционалов.


Рекомендации статьи довольно неожиданные (для меня), в списке рекомендованных функционалов:
:arrow: две минесоты (M06L и M05, это на мой взгляд может обьясняться тем что чтото из тестовых систем статьи входило в тренинговый сет трулара)
:arrow: два не слишком употтребимых даблгибрида (B2PLYPD, mPW2PLYPD)
:arrow: 4 просто редких (я ни разу их не использовал и 3 не видел в статьях) функционала (B971, PBEB95, LC-G96KCIS and LCPKZBPKZB).
:arrow: CAM-B3LYP (хоть на этом спасибо)

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение leonidas » Вс апр 15, 2018 9:25 am

Не понял почему миннесотовские ф-лы используют для энергии взаимодейтсвия без дисперсионной поправки? (Fig. 30)
Предполагается что они учитывают дисперсию?

Статья интересная как обзор существующих функционалов, но для меня подобные статитистические тестирования являются черной магией.
Нет гарантии что для моей конкретной системы данный функционал даст хорошие результаты, всё равно нужно тестировать по крайней несколько.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Вс апр 15, 2018 9:45 am

да, минесотовские функционалы в некоторой степени учитывают вандерваальс. В последних их функционалах (с 2015 самое позднее) у них имеется отдельный обучающий сет на нековалент (а может конкретно на вандерваальс, уже непомню). Моя фуллереновая система имела на M06 без коррекции недооцененный attraction (большинство других недаблгибридов без коррекции имели repulsion) а с добавлением коррекции Гримме - переоценку связывния

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение leonidas » Вс апр 15, 2018 2:29 pm

В смысле обучающий сет? Типа специальный мануал?

Те кривые для бензола с неоном это полный трэш, CCSD(T) дает 0.42 kcal/mol, MN15-L переоценивает энергию связи в несколько раз,
уж не говоря про какие-то осцилляции. Более менее похоже на правду только функционалы с D3 или V поправками, и то не все.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Вс апр 15, 2018 4:36 pm

минесотовские функционалы - подгонометрические. В них по нескольку десятков параметров (смотреть fig 12) причем значения этих параметров подобраны так чтоб наилучшим образом (максимально близко к бенчмарку) описывать соединения входящие в training sets. Если вы считаете систему которая была в обучающем сете - у вас будут ООООчень хорошие результаты. Если родственную/похожую, то все может быть не плохо. Если же ваша система какая-то особенная и ничего подобного в обучающих сетах Трулара небыло - будет дрянь.

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение leonidas » Пн апр 16, 2018 8:25 am

Понятно, тут вроде недавно промывались косточки MN функционалам в связи со статьёй Medvedev et. al в Science, что-то не могу найти тему.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Гесс » Пн апр 16, 2018 8:39 am

Ищите по слову Bushmarinov. Я с телефона. Ссылку не скопирую.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Опять о нековаленте ну и прочий флуд

Сообщение Shorku » Ср апр 25, 2018 2:36 pm

Droog_Andrey писал(а):
Сб апр 14, 2018 1:39 am
Жаль что не потестили OB95.

Код: Выделить всё

By far the most ill-behaved functional is
PW6B95-D3(BJ) by Truhlar and co-workers, as it wildly
oscillates across the entire range that is plotted.This
behavior is entirely due to the B95 correlation functional
[71], and other functionals that utilise this correlation
component are similarly ill-behaved. Furthermore, in the
process of generating the data for this review, function-
als that contained B95-like components were by far the
most difficult to converge, and as a result, use of the B95
correlation functional is not recommended in future den-
sity functionals either (despite the fact that some recent
functionals, particularly double hybrids, still utilise it
[196,223]).
Make quantum chemistry, not war

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя