TDDFT GAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Пн апр 23, 2018 9:29 am

Всем привет.
Столкнулся с проблемой, все время слетает TDDFT расчет. Из ошибки видно, что не хватает памяти. Однако, как я понял из собственного опыта, больше 500 MW на кластере MBC 100K задать я не могу. Помогите найти способ решения возникшей проблемы.
Спасибо.
OUT GAMESS.txt
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Чт апр 26, 2018 7:00 pm

Как я понимаю, никто не знает, как помочь с этим вопросом. Может у кого-нибудь имеются в данный момент свободные ресурсы и время, чтобы поставить TDDFT. Однако, понимая, что это слишком нагло, я не ожидаю положительного ответа:)))

mizuchi
Сообщения: 38
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение mizuchi » Чт апр 26, 2018 11:02 pm

В принципе, можно попробовать уменьшить количество используемых процессоров, перераспределив память между ними. Я не специалист в GAMESS, но, по-моему, вы забыли указать значение MEMDDI, которое отвечает за распределение памяти между узлами, не исключено, что именно там и кроется ошибка. Быть может, MEMDDI=1300 MWORDS=260 исправят дело, и не придется клянчить ресурсы, имея аж 16 узлов на МВС. Столько есть мало у кого.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10434
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение Гесс » Чт апр 26, 2018 11:11 pm

У гамесса очень специфичный формат задачи памяти, там помнится два кейворда, один отвечающий за память на процесс а другой за память вцелом причем жти две памяти кажется независимы и в разных типах расчетах они требуются по разному. Вообщем очень загадочная комната с швабрами.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Пн апр 30, 2018 11:34 am

mizuchi, спасибо за совет. Однако, MEMDDI не помогло решить проблему :dontknow:
TDZNPFULL.txt
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

mizuchi
Сообщения: 38
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение mizuchi » Пн апр 30, 2018 3:47 pm

Тогда попробуйте сократить число процессоров до 48 (3 ядра на узел) и выставить MEMDDI=1600 MWORDS=1300. Если и это не поможет, сокращайте размер задачи.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Пн апр 30, 2018 4:11 pm

mizuchi, ок, сейчас попробуем. Однако, размер задачи уже уменьшен до нельзя:)

endlesslake
Сообщения: 150
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение endlesslake » Пн апр 30, 2018 9:56 pm

насколько я понимаю написанное в мануале - MEMDDI в этом расчете не используется.

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 203
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение leonidas » Вт май 01, 2018 8:31 am

Тут где-то обсуждалось что оригинальный GAMESS это ведро с гайками с точки зрения кода.
Может попробовать Firefly или Orca?

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Вт май 01, 2018 8:43 am

mizuchi писал(а):
Пн апр 30, 2018 3:47 pm
Тогда попробуйте сократить число процессоров до 48 (3 ядра на узел) и выставить MEMDDI=1600 MWORDS=1300. Если и это не поможет, сокращайте размер задачи.
mizuchi, к сожалению, неудача. Спасибо за совет.
leonidas писал(а):
Вт май 01, 2018 8:31 am
Тут где-то обсуждалось что оригинальный GAMESS это ведро с гайками с точки зрения кода.
Может попробовать Firefly или Orca?
Может есть, кто считает на МСЦ (MBC 100K) в Firefly? Если не жалко поделитесь софтом :very_shuffle:

endlesslake
Сообщения: 150
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение endlesslake » Вт май 01, 2018 4:30 pm

ну, орка с использованием RIJCOSX с этой системой и на 8 ядрах довольно быстро справляется. Результаты правда довольно странные, на первый взгляд, хотя, может быть, для такой молекулы это и закономерно.
test_b3lyp_svp_tddft10_notda_inToluene2.log
с 3-21G совсем ему не хорошо.
test_b3lyp_321G_tddft10_notda_inToluene2.log
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Вт май 01, 2018 4:52 pm

endlesslake, спасибо Вам огромное. Результаты действительно странные. Подскажите, такие маленькие f и большие длины волн - это особенности orca?
TDDFT.JPG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

endlesslake
Сообщения: 150
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение endlesslake » Вт май 01, 2018 5:17 pm

Больше похоже на занижение энергии дальнего переноса заряда в tddft, возможно усиленное континуумным растворителем. Это вроде довольно известная проблема, но в методы борьбы я не вникал.

Там, по крайней мере первые 8 состояний - перенос заряда с комплекса на фуллерены.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10434
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение Гесс » Вт май 01, 2018 6:42 pm

для системы фуллерен-линкер-порфирин - перенос заряда это обязательное и очень интенсивное явление.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Вт май 01, 2018 7:11 pm

Гесс писал(а):
Вт май 01, 2018 6:42 pm
для системы фуллерен-линкер-порфирин - перенос заряда это обязательное и очень интенсивное явление.
Гесс, совершенно прав. Сильный фотоиндуцированный перенос энергии.

endlesslake
Сообщения: 150
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение endlesslake » Ср май 02, 2018 6:02 pm

Да, вот вроде с range separated функционалом - по приличнее выглядит, на первый взгляд. Но тоже не без странностей. Как то перенос на оба фуллерена одновременно подозрительно выглядит.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Чт май 03, 2018 12:00 pm

endlesslake писал(а):
Ср май 02, 2018 6:02 pm
Да, вот вроде с range separated функционалом - по приличнее выглядит, на первый взгляд. Но тоже не без странностей. Как то перенос на оба фуллерена одновременно подозрительно выглядит.
endlesslake, спасибо большое. Однако, такой перенос вполне может быть.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Пт май 04, 2018 7:40 pm

endlesslake, еще раз вы ражую благодарность за проделанную работу. Если Вы не против (напишите в ЛС), то я хотел бы ее выразить Вам в статье.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1461
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение surius » Пт май 04, 2018 9:47 pm

AlexKsen писал(а):
Пт май 04, 2018 7:40 pm
endlesslake, еще раз вы ражую благодарность за проделанную работу. Если Вы не против (напишите в ЛС), то я хотел бы ее выразить Вам в статье.
проходя мимо: если не трудно, покажите потом статью. Можно просто "дойку" в этом топике оставить.
Спасибо
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TDDFT GAMESS

Сообщение AlexKsen » Пт май 04, 2018 9:51 pm

С удовольствием.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя