Геометрия DFT vs PM7

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
alex7851
Сообщения: 80
Зарегистрирован: Сб сен 04, 2010 11:22 pm

Геометрия DFT vs PM7

Сообщение alex7851 » Ср апр 25, 2018 12:50 pm

Оптимизация геометрии DFT (последняя ORCA)

Код: Выделить всё

! Opt
! RKS PBE def2-TZVP
! NoFinalGrid Grid5
! RI def2/J
%scf
	convergence verytight
end
%geom
	TolE 1e-7
	TolRMSG 1e-5
	TolMaxG 1e-4
	TolRMSD 1e-5
	TolMaxD 1e-4
end
Дает такую геометрию (в центре парациклофан, а все остальное плоское):
Изображение

MOPAC2016 (то есть полуэмпирика PM7) со стандартными параметрами (в которых я не шарю) дает такую геометрию (боковые кольца смотрят друг на друга, что даже слегка изгибает тройные связи):
Изображение

Мне следует верить DFT, а полуэмпирика врет?
Последний раз редактировалось alex7851 Вт май 22, 2018 11:27 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 936
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Геометрия DFT vs PM7

Сообщение Shorku » Ср апр 25, 2018 1:53 pm

Возможно, стоило бы включить дисперсионные поправки у DFT. И в целом выбор функционала и набора поправок в данном случае, вероятно, позволит нарисовать что угодно :mrgreen:
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10906
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Геометрия DFT vs PM7

Сообщение Гесс » Ср апр 25, 2018 1:56 pm

возьмите геометрию pm7 и сделайте оптимизацию с D3 коррекцией, качеством сведения scf можно пренебречь. Если коррекция гримме несможет удержать пайпай стекинг и структуру развернет наподобие первой - то однозначно полуэмпирика врет.

alex7851
Сообщения: 80
Зарегистрирован: Сб сен 04, 2010 11:22 pm

Re: Геометрия DFT vs PM7

Сообщение alex7851 » Чт апр 26, 2018 9:26 am

Гесс писал(а):
Ср апр 25, 2018 1:56 pm
возьмите геометрию pm7 и сделайте оптимизацию с D3 коррекцией, качеством сведения scf можно пренебречь. Если коррекция гримме несможет удержать пайпай стекинг и структуру развернет наподобие первой - то однозначно полуэмпирика врет.
Добавил D3 и сделал две оптимизиации, первая из геометрии pm7 - внешний вид такой же, но менее скрюченный:
Изображение
Вторая из геометрии DFT - слегка скрутились по сравнению с недисперсионным DFT:
Изображение
Вторая геометрия по E на 0.0007 выгоднее первой (уровни теории идентичные).
Последний раз редактировалось alex7851 Вт май 22, 2018 11:27 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10906
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Геометрия DFT vs PM7

Сообщение Гесс » Чт апр 26, 2018 9:49 am

Ну значит у вас два минимума на ППЭ, с разницей менее полукилокалории, что меньше точности метода. Надо или оперировать обоими геометриями либо пытаться более высокоуровневыми методами определить кто всетаки ниже (а в реальности скорее всего обе и есть, даже если разница не 0.5 а 1.5). Под высокоуровневым я имею в виду DLPNO-CCSD(T) в орке, с TightPNO изза роли дисперсии и базисом не менее триплзета. Если у вас на это достаточно оперативы (понадобится наверняка больше 64Гб)

alex7851
Сообщения: 80
Зарегистрирован: Сб сен 04, 2010 11:22 pm

Re: Геометрия DFT vs PM7

Сообщение alex7851 » Чт апр 26, 2018 11:35 pm

Гесс писал(а):
Чт апр 26, 2018 9:49 am
DLPNO-CCSD(T) в орке, с TightPNO изза роли дисперсии и базисом не менее триплзета. Если у вас на это достаточно оперативы (понадобится наверняка больше 64Гб)
Да уж, наверняка больше. Тут проще подход к задаче сменить или задачу.

Спасибо!

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 204
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Геометрия DFT vs PM7

Сообщение leonidas » Пт апр 27, 2018 12:02 pm

Я не спец по большим системам, но разве такие вещи нельзя как-то фрагментами оптимизировать? Сначала отдельно ветви, а потом фиксируя в них параметры всю систему?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя