Gromacs - нужна помощь!!

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Чт апр 26, 2018 10:09 pm

Здравствуйте, формучане :)

Я новичок! Хочу заняться моделированием систем (полимер метилметакрилата с хромофорами) в программе Gromacs. На первом же этапе создания топологии молекулы (команда pdb2gmx) выскочила ошибка (см. картинку). :very_shuffle: Как я правильно понял, она указывает, что в данное силовое поле (oplsaa) не добавлено описание полимера и хромофора.

В общем, я не знаю, как добавить описание моих молекул в силовое поле. Может кто-нибудь сталкивался с этой проблемой. Хоть как-нибудь помогите, туториалы и тд. Может есть программы которые это делают...

А может я неправильно интерпретирую ошибку, тогда, пожалуйста, исправьте меня и если можете помогите. :(
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось 6apu_aJlu6acoB Пт апр 27, 2018 9:42 am, всего редактировалось 2 раза.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11072
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение Гесс » Чт апр 26, 2018 11:06 pm

ярковыраженно нехватает инпута. Громакс определил у вас 22 residue как он их определил мне неизвестно. Как они у вас обозначены - неизвестно. Есть ли подобные residue в библиотеке oplsaa - понятия не имею, я оплсаа не считал. У громакса очень активный имейллист, в нем у вас есть шанс получить квалифицированный ответ причем намного быстрее чем тут.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4242
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение uchebnik fiziki » Пт апр 27, 2018 12:48 am

Вообще ошибка расписана настолько подробно, насколько можно: у вас какая-то ерунда с типами остатков. Очень помогает в таких случаях гуглить сообщение об ошибке и проходить тьюториалы по подготовке систем.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт апр 27, 2018 9:43 am

Обновил) скинул зипом, так как файл больше 500 весит

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение amge » Пт апр 27, 2018 11:11 am

Я так понимаю, проблема в том, чтобы присвоить атомам вашего полимера нужные, характерные для Oplsaa типы атомов. Это общая проблема молекулярной механики: если молекулы не биополимеры, то присваивать типы атомов приходится вручную. Не вариант, если молекула огромная (типа вашей) или молекул много. Можно попробовать поискать, может есть автоматизированное решение для связки громакс-Oplsaa. Я знаю такое для Tinker-MMFF94. Если эта связка вам подходит, то могу рассказать.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт апр 27, 2018 12:17 pm

Да-да, меня как раз интересует, как задать эти параметры вручную

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11072
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение Гесс » Пт апр 27, 2018 12:36 pm

тогда, если вы не намеряны прописывать их как самостоятельный остаток (как сделано для аминокислот) у вас будет число остатков равное числу атомов, либо вся молекула один residue, помоему второй вариант правильный.
название residue в файле топологии и в .гро должны совпадать.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт апр 27, 2018 2:13 pm

Гесс писал(а):
Пт апр 27, 2018 12:36 pm
тогда, если вы не намеряны прописывать их как самостоятельный остаток (как сделано для аминокислот) у вас будет число остатков равное числу атомов, либо вся молекула один residue, помоему второй вариант правильный.
название residue в файле топологии и в .гро должны совпадать.
А Вы не знаете как примерно хотя бы это описывать?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение amge » Пт апр 27, 2018 2:14 pm

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Пт апр 27, 2018 12:17 pm
Да-да, меня как раз интересует, как задать эти параметры вручную
Ну, если вы в самом деле не намерены прописывать звенья полимера как самостоятельный остаток (я не имел дела с громаксом и совсем не знаю, как это делается), то вот, прикладываю файлик с MMFF94-типами атомов. Всего-то 12 типов. Смотрите, как они называются у вас в /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomtypes.atp и прописываете для каждого из 6690 атомов (их номера есть в проложенном файле). Только, боюсь, вам такой рецепт не понравится :).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт апр 27, 2018 2:41 pm

amge писал(а):
Пт апр 27, 2018 2:14 pm
6apu_aJlu6acoB писал(а):
Пт апр 27, 2018 12:17 pm
Да-да, меня как раз интересует, как задать эти параметры вручную
Ну, если вы в самом деле не намерены прописывать звенья полимера как самостоятельный остаток (я не имел дела с громаксом и совсем не знаю, как это делается), то вот, прикладываю файлик с MMFF94-типами атомов. Всего-то 12 типов. Смотрите, как они называются у вас в /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomtypes.atp и прописываете для каждого из 6690 атомов (их номера есть в проложенном файле). Только, боюсь, вам такой рецепт не понравится :).
Спасибо!
А чтоб прописать их как самостоятельный остаток надо тоже потрудиться?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11072
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение Гесс » Пт апр 27, 2018 4:36 pm

надо начать откуда то отсюда http://www.gromacs.org/Documentation/Ho ... orce_Field и по мере непонятностей мучать архив громксовского имейллиста, при том что там проходит по нескольку десятков писем в неделю то думаю за 10 лет они пережевали любые вопросы.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение amge » Сб апр 28, 2018 6:03 am

Раз уж у меня появился инпут для тинкера, пустил его на оптимизацию геометрии. 11 ч тинкер считал, правда, на одном и довольно медленном ядре. Что бросилось в глаза - клубок полимера по сравнению с исходным стал более круглым и компактным.

Прикладываю sdf-файл с исходной и конечной геометриями.

Upd Кстати, у меня еще есть автоматически сгенеренный файл с зарядами на атомах. Не знаю, насколько заряды, сгенеренные для MMFF94 подходят для oplsaa, но имейте в виду, если что.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Сб апр 28, 2018 10:06 am

Гесс писал(а):
Пт апр 27, 2018 4:36 pm
надо начать откуда то отсюда http://www.gromacs.org/Documentation/Ho ... orce_Field и по мере непонятностей мучать архив громксовского имейллиста, при том что там проходит по нескольку десятков писем в неделю то думаю за 10 лет они пережевали любые вопросы.
Спасибо! :up: Начну потихоньку что к чему)

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Сб апр 28, 2018 10:09 am

amge писал(а):
Сб апр 28, 2018 6:03 am
Раз уж у меня появился инпут для тинкера, пустил его на оптимизацию геометрии. 11 ч тинкер считал, правда, на одном и довольно медленном ядре. Что бросилось в глаза - клубок полимера по сравнению с исходным стал более круглым и компактным.

Прикладываю sdf-файл с исходной и конечной геометриями.

Upd Кстати, у меня еще есть автоматически сгенеренный файл с зарядами на атомах. Не знаю, насколько заряды, сгенеренные для MMFF94 подходят для oplsaa, но имейте в виду, если что.
Спасибо, что Вам не лень было посчитать даже)) :up:
А почему Вы пользуетесь тинкером, а не громаксом?

P.s. Начала использовать громакс, так как там можно приложить электрическое поле, что в десмонде пока нет(

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение amge » Сб апр 28, 2018 11:42 am

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Сб апр 28, 2018 10:09 am
Спасибо, что Вам не лень было посчитать даже)) :up:
А почему Вы пользуетесь тинкером, а не громаксом?
У меня же инпут все равно готов был. А запустить на счет - это дело нескольких секунд. А дальше уже компьютер, причем ночью.
Почему тинкером? В нем есть хороший генератор конформеров (я много занимаюсь конформационным анализом). И для меня критически важно, чтобы расчет обычных органических молекул можно было осуществлять полностью автоматически, начиная с голых xyz-координат, без всяких топологий, связей и типов атомов (только символ элемента). Для тинкера я знаю рецепт, как это делать, причем с весьма приличным силовым полем MMFF94. Для громакса, возможно, тоже можно, но я не знаю как, и после очень беглого ознакомления показалось, что там это сложнее.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение amge » Сб апр 28, 2018 2:33 pm

Кстати, вот здесь смотрели? Там утилиты TopolGen и topolbuild.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 37
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт май 08, 2018 11:04 am

amge писал(а):
Сб апр 28, 2018 2:33 pm
Кстати, вот здесь смотрели? Там утилиты TopolGen и topolbuild.
Спасибо большое) :D сейчас попробую разобраться что к чему)

А в тинкере есть опция electric field? (чтобы приложить электрическое поле)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gromacs - нужна помощь!!

Сообщение amge » Вт май 08, 2018 1:43 pm

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Вт май 08, 2018 11:04 am
А в тинкере есть опция electric field? (чтобы приложить электрическое поле)
Не увидел. Где-то в потрохах наложение электрического поля используется, но чтобы обычный юзер мог это делать - не нашел такой возможности.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя