Это безусловно хорошо что вы посмотрели где на графике максимум. Плохо что вы не посмотрели на саму геометрию.
связь HN в этой точке скана 1.9 ангстрема (чрезвычайно далеко для такого контакта), связь HO 0.98 ангстрема (вообще неудлиненная связь), разница без малого в два раза, при том что переходное состояние должно быть умеренно "симметричным". Из соображений симметрии я бы искал точку переноса вблизи 17ого шага, но там против вас во всю силу играет разделение заряда (которое можно было бы пытаться несколько снизить специфичной сольватацией, но это весьма сложная затея без которой я бы предпочел обойтись если это возможно).
В кемкрафте с помощью Add atom и Add fragment в меню Edit.Yeugen2018 писал(а): ↑Пн июл 16, 2018 3:05 pmСпасибо! Пробую Avogadro, в GaussView тяжело, а в Chemcraft не пойму как "рисовать".
Но авогадро тоже вполне себе вариант.
Нужно. Как понять - замораживайте все что есть в системе из статьи и в вашей системе, удаляйте все чего у вас нет, добавляйте все чего нет у них.Yeugen2018 писал(а): ↑Пн июл 16, 2018 3:02 pmнужно ли "замораживать" ключевые атомы ПС из статьи и как понять какой атом нужно "заморозить" в декартовых координатах?
Как заморозить в оптимизации гауссиана - я писал выше - ключ "-1" между символом элемента и первой координатой.